В сентябре 1948 года Одесскому институту селекции и генетики было присвоено имя Т.Д. Лысенко.

8 апреля 1949 года за создание учебника «Агробиология» Т.Д. Лысенко была присуждена Сталинская премия первой степени.

27 октября 1949 года Т.Д. Лысенко был награжден орденом Ленина — за выдающиеся достижения в области сельскохозяйственной науки, в связи с 20-летием Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук имени В.И. Ленина.

21 июня 1950 года Т.Д. Лысенко была присуждена золотая медаль имени И.И. Мечникова — за выдающиеся научные достижения в области биологии Президиумом Академии наук СССР.

Орденом Ленина Т.Д. Лысенко награждался в 1953, 1958, 1961 гг.

В 1952 году Болгарская Академия наук, а в 1959 году Чехословацкая Академия сельскохозяйственных наук избрали Т.Д. Лысенко своим почетным членом.

После сессии ВАСХНИЛ 1948 года в биологии установилась практически монополия мичуринцев. Т.Д. Лысенко занял исключительное, «некритикуемое» положение. Но оно держалось недолго. В 1952 году возобновились нападки на поддерживавшуюся Лысенко теорию отсутствия внутривидовой борьбы за существование и преобразования одного вида в другой. Вместе с научными аргументами критические статьи повторяли стандартные обвинения прежних лет Лысенко в не-дарвинизме. В этой критике участвовали и сторонники Лысенко. По свидетельству Ю. Жданова, Сталин также заметил, что «в этом вопросе <видообразования> товарищ Лысенко, видимо, ошибается и надо его поправить». В том же году Сталин дал указание «ликвидировать монополию Лысенко» и ввести в состав президиума ВАСХНИЛ его оппонентов.

После 1953 года критика Лысенко в печати стала ещё более резкой. Осуждались как теоретические взгляды самого Лысенко, так и поддерживавшиеся им проекты других учёных, реализованные в сталинское время, — травопольная система, план лесозащитных полос. Возобновилась дискриминация мичуринцев «прогрессивным научным сообществом», нападки на них со стороны их политических врагов, уцелевших троцкистов, а также со стороны «полезных идиотов». В июне 1954 года на заседании президиума АН СССР ученый секретарь И. Глущенко, сторонник Лысенко, с возмущением говорил: «В настоящее время статьи сторонников мичуринской биологии не печатают в газетах, журналах; мичуринцев не включают в состав делегаций, в состав бюро отделения биологических наук и т. д.».

Осенью 1955 года в Президиум ЦК КПСС было направлено письмо, подписанное многими научными работниками — как биологами, так и не-биологами[13] — с осуждением деятельности Т.Д. Лысенко и с требованием изменения ситуации в биологической науке.

Определённую роль в ухудшении положения Лысенко сыграли его практические неудачи — провал работ по ветвистой пшенице, начатых ещё при Сталине, и административные просчёты — поддержка ошибочных работ О. Лепешинской.

Но, по-видимому, самым большим политическим «просчётом» Т.Д. Лысенко явилось его прохладное отношение к освоению целины, ставшей для Н. Хрущёва приоритетом сельскохозяйственной политики. Вопрос об освоении целинных земель рассматривался ещё комиссией по разработке долговременной государственной агрополитики под руководством Лысенко- Немчинова, созданной осенью 1946 года. Комиссия отметила, что распашка под пшеницу целинно-залежных земель даст лишь кратковременное увеличение урожая и будет сопровождаться неблагоприятными экологическими последствиями.[14] С точки зрения сегодняшнего дня совершенно ясно, что громадные средства, направленные в своё время на освоение целинных земель Казахстана, было бы гораздо лучше вложить в развитие традиционных сельскохозяйственных районов и русских деревень. Впрочем, врагам русского народа тогда тоже было совершенно ясно, что нужно делать всё наоборот — труд русских крестьян, рабочих и инженеров направлять куда угодно, только не на развитие России.

В 1956 году Т.Д. Лысенко был отправлен в отставку с поста президента ВАСХНИЛ. Его заменил академик П.П. Лобанов, председательствовавший на сессии ВАСХНИЛ 1948 года.

Без энтузиазма относился Т.Д. Лысенко и к «борьбе за кукурузу» — повсеместному насаждению этой культуры по личному («волюнтаристскому») решению Хрущёва.

Зато противники Т.Д. Лысенко охотно пользовались пристрастиями и капризами «нашего дорогого Никиты Сергеевича», чтобы войти к нему в фавор и повысить свой общественно-политический статус. Целинная, как и кукурузная кампании поддерживались, в основном, вейсманистами. Например, директор ВИРа П. Жуковский пропагандировал кукурузу ещё в 1955 году, напечатав хвалебную оду ей в журнале «Нева».[15]

В начале 1960-х гг. цифры развития сельского хозяйства показали его заметное снижение. Видимо, это послужило основной причиной решения Хрущёва вернуть Т.Д. Лысенко в 1961 году на пост президента ВАСХНИЛ. Хотя снова, и уже окончательно, он ушел в отставку в следующем году, однако до конца своего пребывания у власти Н. Хрущёв всё же ценил Т.Д. Лысенко и общее направление работ его соратников.

Политическими изменениями после смещения Хрущева сумели воспользоваться противники Лысенко. В 1965 г. он был снят с последнего важного поста — директора Института Генетики АН СССР. Сам институт был реорганизован в Институт Общей Генетики. Его директором стал Н.П. Дубинин[16] . Оставшуюся часть жизни Т.Д. Лысенко работал руководителем опытного хозяйства АН СССР «Горки Ленинские».

Отстранив от привычных кормушек многих бездельников, помешав беззаботной и бесполезной жизни за государственный счёт многих «чисто академических учёных», Т.Д. Лысенко нажил себе многих личных врагов. Занимаясь развитием сельского хозяйства, разрабатывая и внедряя методы повышения урожайности, он нажил ещё больше врагов уже не только личных, но и общественных. Наконец, встав на сторону сталинского руководства в его борьбе против фашизма, троцкизма и евгеники — близких, даже родственных явлений — Т.Д. Лысенко нажил ещё больше врагов, притом куда более опасных и злопамятных. Нетрудно заметить, что в том множестве клеветнических «антилысенковских» измышлений, которые появлялись в мутной воде очередной «перестройки», доминировали троцкисты и близкие к ним «представители «творческой интеллигенции». Клевета на Лысенко распространялась одновременно с клеветой на Сталина и из примерно сходных кругов.

Что касается объективных исследователей, то даже научные противники Трофима Денисовича Лысенко отмечали пользу от его деятельности. Так, директор Института Общей Генетики академик Н.П. Дубинин писал:

«Введение яровизации в агротехнику — бесспорная заслуга Лысенко «…»

В чём правы лысенковцы в своей критике генетики? Первое — искусственная связь генетики с евгеникой, ставшей в 1930-х гг. прислужницей расовых теорий — одной из основ гитлеровского национал-социализма. Второе — распространенный среди генетиков в 20-30-х гг. автогенез, по которому из источников наследственной изменчивости исключалось влияние естественных внешних факторов. Третье — наличие определённого отрыва в развитии генетики от непосредственных задач сельского хозяйства».[17]

Хотя за этими признаниями Н. Дубинина следовали многочисленные критические замечания теоретических воззрений Т.Д. Лысенко, до грубой клеветы, характерной для «демократических историков», он не опускался.

Что касается друзей и коллег, то они отзывались об академике Т.Д. Лысенко с неизменным уважением.

«Вся жизнь академика Т.Д. Лысенко — ученого биолога — была посвящена познанию и раскрытию закономерностей взаимоотношения живой природы, в том числе культурных растений, с условиями среды… Потомственный крестьянин, он хорошо знал и любил землю. Ни одна из его рекомендаций не принесла вреда или была бесполезна, наоборот, способствовала улучшению экологической обстановки».[18]