Созданное в интересах нойонства, заинтересованного в обогащении путём расширения сферы феодальной эксплуатации и прямого грабежа богатств других стран, военно-феодальное государство всё более активно вставало на путь экспансий и завоевательных войн. В конце 1-го десятилетия 13 в. начались завоевательные войны Чингисхана, продолжавшиеся при его преемниках. К середине 13 в. были завоёваны Северный Китай и Тангутское государство, Средняя Азия и Закавказье, Иран, установлено монголо-татарское иго на Руси. Образовалось огромное государство — Монгольская феодальная империя . В 70-х гг. 13 в. было завершено завоевание Китая Хубилаем, основавшим династию Юань .
Завоевательные войны Чингисхана и его преемников, причинив величайшие бедствия народам покорённых стран, обогатив монг. феодалов, оказали отрицательное влияние на развитие самой Монголии, привели к упадку её производительных сил. Монгольская империя, не имея единой экономической базы и, раздираемая внутренними противоречиями, стала распадаться. В 1368 монгольские феодалы были изгнаны из Китая. В 1380 Куликовская битва положила начало свержению монголо-татарского ига на Руси. Во 2-й половине 14 в. пало монгольское господство в Иране, Закавказье. Аналогичная судьба постигла завоевателей в Средней Азии. В последней четверти 14 в. империя монгольских феодалов перестала существовать.
Началась эпоха феодальной раздробленности. Основной социально-экономической и политической единицей общества в это время было феодальное владение в виде ханств или княжеств (оток), принадлежавших потомкам Чингисхана как их наследственная собственность (умчи). Существовавшая в годы империи государственная собственность на землю и система условных пожалований — хуби уступили место частной феодальной земельной собственности и безусловным пожалованиям — умчи. Место единого раннефеодального монгольского государства заняло множество самостоятельных ханств и княжеств, остро нуждавшихся в рынках для обмена скота и продуктов скотоводства на земледельческие и ремесленные товары оседлых народов. Таким рынком в то время мог быть только Китай. Но он был мало заинтересован в этом обмене. Экономика Монголии оказалась в кризисном состоянии. Монгольские правители пытались силой оружия навязать китайским властям меновую торговлю. В наименее выгодных условиях находились западно-монгольские (ойратские) феодалы, отделённые от Китая огромными расстояниями и широкой полосой восточно-монгольских владений. Между феодалами восточных и западных районов Монголии развернулась длительная борьба, в основе которой лежало соперничество на торговых путях в Китай.
Дважды в 15 в. предпринимались попытки преодолеть феодальную раздробленность и восстановить объединённое монгольское государство. Инициатором первой попытки был ойратский правитель Эсен-хан (правил в 1440—55), второй — монгольский Даян-хан (правил около 1479 — около 1543). Однако созданные ими государства распались сразу после их смерти, поскольку отсутствовали необходимые для единства страны социальные и экономические предпосылки. После смерти Даян-хана Монголия разделилась на Южную и Северную, границей между ними стала пустыня Гоби. Вскоре и Северная Монголия стала подразделяться на Западную (ойратскую) и Восточную (халхаскую) с границей по линии Алтайских гор. Эта территориальная структура отразила начавшийся в 15 в. процесс формирования в указанных районах особых монголоязычных феодальных группировок и народностей, исторические судьбы которых в дальнейшем сложились по-разному. В 16 в. во всех трёх частях Монголии насчитывалось более 200 ханств и княжеств.
В последней четверти 16 в. ханы и князья сначала Южной Монголии, затем Халхи, а в начале 17 в. и Западной Монголии приняли в качестве религии буддизм ламаистского толка, и вскоре после этого ламаизм стал государственной религией. Церковь в короткий срок превратилась в крупного феодала.
В конце 16 — начале 17 вв. развернулась экспансия маньчжурских феодалов, создавших в 1616 на территории современного Северо-Восточного Китая государство во главе с Нурхаци. Используя раздробленность Монголии, маньчжуры в 1634 разгромили крупнейшее в Южной Монголии Чахарское ханство. В 1636 южномонгольские нойоны признали власть правителя маньчжуров Абахая (правил в 1626—43). В связи с этим Южная Монголия стала именоваться Внутренней, в отличие от Халха-Монголии (территория современной МНР), которую маньчжуры назвали Внешней Монголией.
В 30-х гг. 17 в. в Западной Монголии сложилось государство ойратских феодалов (см. Ойратское ханство ). В 1640 в Джунгарии (Западная Монголия) состоялся общемонгольский съезд ханов и князей, имевший целью урегулировать внутренние распри и объединить силы для отражения маньчжурской агрессии. Но достигнутое единство оказалось непрочным. Особенно острым был искусно разжигавшийся маньчжурами конфликт между ойратским ханством и нойонами Халхи. В 1688 халхаские феодалы были разгромлены ойратским ханом Галданом (правил в 1671—97), после чего они признали себя подданными Цинской династии (1644—1911; основана маньчжурами после захвата ими Китая), обещавшей им защиту от ойратов. Подданство Халхи маньчжурам было оформлено в 1691 на Долоннорском съезде нойонов Внутренней и Внешней Монголии. Единственным независимым монг. государством оставалось Ойратское ханство, которое в упорной борьбе отстаивало свою самостоятельность, опираясь на дружественный нейтралитет России. В 1755—58 в Халхе и Джунгарии развернулось широкое антиманьчжурское освободительное движение, возглавленное ойратским князем Амурсана и халхаским нойоном Чингунжабом . Но вследствие неорганизованности движения и колебаний нойонства оно было подавлено. В 1758 маньчжуры уничтожили ойратское государство, истребив при этом более полумиллиона его обитателей. Вся Монголия оказалась под властью Цинского Китая, а монголы — под двойным гнётом: помимо повинностей в пользу нойонов и церкви, они должны были отбывать ряд повинностей в пользу маньчжурских завоевателей. Стремясь увековечить своё господство, Цинская династия приняла меры к полной изоляции Монголии от внешнего мира, и в первую очередь от России. Была прекращена непосредственная торговля монголов с русскими купцами (указы 1719, 1722; возобновлена в начале 60-х гг. 19 в.).
В середине 19 в. капиталистическая Европа «открыла» Китай. Одновременно была «открыта» и Монголия, которая вслед за Китаем стала быстро вовлекаться в мировой товарооборот. В Монголию хлынул ростовщический китайский капитал. Неэквивалентный обмен истощал и без того слабую монгольскую экономику. В этих условиях не могло нормально развиваться и крупное хозяйство нойонов, их доходы падали.
В конце 19 — начале 20 вв. феодальная Монголия стала объектом межимпериалистической борьбы на Дальнем Востоке. Главными соперниками в этой борьбе были Япония и царская Россия. Интерес к Монголии стали проявлять также Великобритания, США, Германия. В этих условиях Цинская династия начала широкую колонизацию Монголии, ликвидируя остатки былой автономии владетельных монгольский князей, передавая непосредственное управление страной в руки своей бюрократии, опиравшейся на маньчжуро-китайские гарнизоны. Эта политика вызывала сопротивление не только со стороны аратов, но и со стороны нойонства, т. к. она подрывала политические основы его существования как господствующего класса. Свержение маньчжурского владычества и завоевание независимости стало общенациональной задачей. Русская революция 1905—07 и рост революционного движения в Китае способствовали нарастанию революционной ситуации в Монголии. Антиманьчжурские выступления учащались, становились всё более массовыми. В юго-западной части Кобдоского округа Внешней Монголии широкий характер приняло движение под руководством арата Аюши . Но в масштабе всей страны руководство борьбой было в руках нойонов. Летом в 1911 в Урге (современный Улан-Батор) состоялось тайное собрание высших феодалов, решивших послать в Петербург секретную миссию для переговоров о помощи со стороны России делу создания независимого монгольского государства. Но правительство России предложило Монголии добиваться получения широкой автономии в составе Китая, обещав нойонам свою помощь в обмен на ряд привилегий для себя в Монголии. В ноябре 1911 в Урге было объявлено о свержении власти Цинской династии и об образовании независимого монгольского государства во главе с богдо-гэгэном (главой церкви) в качестве монарха. 16 декабря 1911 состоялась церемония восшествия богдо-гэгэна на ханский трон. Созданное богдо-гэгэном правительство более 3 лет безуспешно добивалось признания державами суверенитета Монголии. В конце концов оно вынуждено было согласиться на статус автономной территории в составе Китая, что и было юридически оформлено Кяхтинским соглашением 1915 .