Вскоре ему было присвоено звание лейтенант-коммандер.
Подводная лодка «Дейс» была спущена на воду в пасхальное воскресенье, 25 апреля 1943 года. Она была укомплектована экипажем из 7 офицеров и 89 матросов и старшин. Старший помощник ее командира Билл Холман и основное ядро экипажа приобрели богатый опыт службы на подлодках, участвуя в боевых походах в акватории Тихого океана. «Дейс» принималась в боевой состав ВМС США 23 июля 1943 года. На это торжество поездом из Северной Дакоты прибыли родители молодого командира.
После интенсивной боевой подготовки, учебных погружений на глубину до 312 футов, учебных стрельб торпедами подводная лодка «Дейс» 6 сентября 1943 года покинула порт Нью-Лондон и через Панамский канал отправилась в плавание в Карибское море и далее - в Перл-Харбор, на Гавайях, прибыв туда 3 октября. Когда лодка успешно прошла испытания, а экипаж был подготовлен к боевому патрулированию, лейтенант-коммандер Инрайт получил приказ совершить переход на расстояние в 1700 миль к западу-северо-западу, чтобы быть 20 октября у острова Мидуэй. Пополнив там запасы топлива и продовольствия, «Дейс» 27 октября ушла в указанный ей район патрулирования № 5, так называемый район «Хит парейд», что южнее основного японского острова Хонсю. Командир «Дейс» был убежден, что удача продолжает сопутствовать ему. Ведь район № 5 был очень удобен для поражения кораблей и торговых судов Японии. Перед светло-голубыми глазами Инрайта проплывали картины грядущих побед. Как он и ожидал, через район № 5 постоянно шли японские корабли всех классов и типов. Но мечты Инрайта пока не осуществлялись. Терялась одна возможность за другой. Даже получив совершенно точные секретные данные от УЛТРА [13] о местонахождении, курсе и скорости большого авианосца противника, Инрайт слепо последовал теории, а не интуиции и не смог выйти на ударную позицию для атаки цели, и японский авианосец «Сёкаку», участвовавший в нападении на Перл-Харбор, благополучно проследовал в девяти милях от «Дейс».
11 декабря 1943 года подводная лодка «Дейс» возвратилась на остров Мидуэй. На следующий день Инрайт, убежденный в том, что он не справился с поставленной задачей, обратился к кэптену Лонгстафу, старшему морскому начальнику на острове Мидуэй (тот был уполномочен представлять на месте командира соединения подводных лодок). В своем обращении, неслыханном для военного времени, лейтенант-коммандер Инрайт докладывал, что в своем первом боевом походе он не оправдал надежд как командир. «У меня была отличная подводная лодка, прекрасные офицеры, хорошо подготовленный экипаж, в районе боевого патрулирования я имел контакты с кораблями противника, - сообщал он в своем докладе кэптену Лонгстафу. - Я понимаю, что несу полную ответственность за неудачное боевое патрулирование, и прошу заменить меня другим офицером, который сможет выполнить поставленную задачу более успешно».
28 декабря 1943 года в соответствии с его просьбой он был освобожден от командования «Дейс». Он получил приказ прибыть к командиру 142-го дивизиона подводных лодок для прохождения дальнейшей службы в составе резервного экипажа. 1 января 1944 года ему было присвоено звание коммандер. Через несколько месяцев он получил назначение на должность старшего офицера штаба базы подводных лодок на острове Мидуэй. Занимая этот пост в тихой гавани, вдали от войны, он вскоре понял, что в глазах своих начальников перестал быть перспективным офицером. Оглядываясь назад, он начинал сознавать, что, когда встречаешь такие цели, как авианосец «Сёкаку», предпочтительнее подчиняться первому порыву и интуиции. Учитывая его резкую самооценку, командование ВМС никогда не напоминало Инрайту о его неудавшейся атаке авианосца «Сёкаку». Тогда не было его вины, но, если бы он принял решение перехватить «Сёкаку», вопреки рекомендациям УЛТРА выдержав дистанцию 9 миль, адмирал Чарлз Локвуд, командующий подводными силами США на Тихом океане, наверняка поддержал бы его инициативу.
Сколько раз он слышал от друзей афоризм адмирала Локвуда: «Командир корабля на месте событий более осведомлен, чем кто бы то ни было за столом за сотни миль от событий!»
Иными словами, адмирал ждал от своих боевых командиров отнюдь не слепого следования указаниям штабистов.
Война, однако, была еще не закончена для молодого офицера. Ему не было суждено остаться на этом тихом острове Мидуэй. Его ждали события, кои повели его к встрече с «Синано». А пока он играет в покер, рискуя не только продуться в пух и прах, но и упустить свой жизненный шанс.
Может быть, его невезению пришел конец. Может быть, такие черты его характера, как надежность, живой юмор, великодушие, которые проявились, еще когда он был курсантом, сложились потом в хорошего, толкового офицера, что угадывался в нем еще в 1933 году, в Аннаполисе, и что нашло отражение в классном ежегоднике «Счастливый чемодан». А может быть, наконец были услышаны его бесчисленные обращения к богу. Он жаждал возвратиться к боевым действиям.
В тот август 1944 года он был в подавленном состоянии. Далеко, в Соединенных Штатах, внезапно, от кровоизлияния в мозг, умерла его мать, ее смерть он переживал болезненно: ведь она умерла с мыслью, что ее Джо не выполнил своего предназначения.
Тем временем в сухом доке № 6 на военно-морской судоверфи в Йокосуке, что на западном берегу Токийского залива, полным ходом шло переоборудование линкора «Синано» в авианосец. Завершение перестройки было намечено на февраль 1945 года. Для маскировки этих работ с трех сторон дока было возведено высокое ограждение из гофрированной нержавеющей стали. Четвертую сторону дока от любопытных глаз заслонял естественный барьер, представлявший собой высокую отвесную скалу из известняка. В итоге сухой док с «Синано» был изолирован от остальной части базы. Тысячи судостроителей, находясь на казарменном положении на территории, жили под угрозой тюремного заключения и даже казни в случае, если произнесут хоть слово об авианосце. Столь ужесточенные меры секретности пресекли возможность утечки информации. За исключением неясных слухов о возможном существовании авианосца, во время войны на Тихом океане об этом корабле ничего не было официально известно, даже когда он вышел в море из Токийского залива. В справочнике ВМС США, естественно, не было никаких сведений об этом корабле. Японская секретная полиция строго запретила иметь фотоаппараты на территории судоверфи, тем более где-то поблизости от сухого дока № 6. Вести съемку не разрешалось ни под каким предлогом. Вот так «Синано» стал единственным крупным кораблем нашего столетия, который никогда официально не был сфотографирован в период постройки.