"Истинным главою и вдохновителем этого ("дашнакского" - В.А.) движения является сам патриарх-католикос, именем которого и действуют заправилы движения", а "имеющееся в Вагаршапате (Эчмиадзине, резиденции главы армянской церкви - В.А.)отделение Кавказского армянского революционного комитета в своей деятельности фактически слилось с легально существующей канцелярией католикоса, через посредство которой поддерживается связь между католикосом и революционерами ("дашнаками" - В.А.)".
Заведующий полицией на Кавказе генерал Е.Н. Ширинкин писал 9 января 1906 г.:
"Армянский католикос выдал дашнакистам ("дашнакам" - В.А.) особые книжки за своей печатью для сбора денежных пожертвований в пользу пострадавших в Турции (от резни - В.А.) армян. В действительности же собранные таким путем суммы поступают в распоряжение организции "Дашнакцутюн".
Стремясь расколоть армянское духовенство, царское правительство, с одной стороны, было вынуждено в 1905 г. пойти на возвращение армянской церкви ее имущества, но, с другой стороны, усилило карательные действия против наиболее непримиримых представителей армянского клира. В частности, по обвинению в связях с партией "Дашнакцутюн" был предан военному суду архимандрит С. Корюн, занимавший пост секретаря католикоса всех армян. В связи с предъявленным обвинением начальник тифлисского Главного Жандармского Управления полковник П.М. Еремин 23 октября 1908 н. писал в Департамент полиции:
"По имеющимся в делах вверенного мне управления сведениям, архимандрит Корюн состоял членом Елисаветпольского Центрального комитета партии "Дашнакцутюн" и в то же время, числясь и в организации "Паторик" при Эчмиадзинском Синоде, председателем коего состоит известный своей революционной деятельностью епископ Ашот, - является одним из самых крупных и вредных деятелей в местной организации "Дашнакцутюн". По агентурным сведениям, Корюном (священнослужителем, да вдобавок еще и монахом! - В.А.) были утверждены смертные приговоры (! - В.А.) ротмистру корпуса жандармов Апелю, подполковнику пограничной стражи Быкову, шушинскому полицмейстеру подполковнику Сахарову, прапорщику Лоладзе и многим другим. Особенно Корюном преследовались армяне, не признававшие авторитета партии "Дашнакцутюн", которых по инициативе Корюна было убито значительное число". Авторы "кавказского запроса" утверждали, что "через его (архимандрита Корюна - В.А.) руки прошло на покупку оружия 60 000 руб.".
С момента секуляризации имущества армянской церкви властями Российской империи "борьба с царизмом" вышла для "дашнаков" на первый план. В сентябре 1904 г. представители партии "Дашнакцутюн" приняли участие в Парижской конференции российских революционных и оппозиционных партий, поставившей задачу объединения всех антиправительственных сил для свержения Самодержавия.
В мае 1905 г. Совет партии "Дашнакцутюн" распространил проект новой партийной программы, в которой ставилась задача создания Закавказской Федеративной демократической республики в составе Федерации других российских республик (что и осуществилось - правда, ненадолго! - после Февральского переворота 1917 г.). Таким образом, хотя "дашнаки" перешли к борьбе с российским Самодержавием, планов полного отделения Армении от России у них не имелось.
В руководстве партии "Дашнакцутюн" возник раскол. Против нового курса выступил один из руководителей боевиков ("зинворов") Габриеэл Кешишьянц. В начале 1907 г. в Вене состоялся 4-й съезд партии "Дашнакцутюн", принявший решение о роспуске отрядов "зинворов", находившихся в подчинении Военного совета, возглавляемого Габриэлом Кешишьянцем. После того, как последний отказался подчиниться этому решению, за ним и его сторонниками началась охота. 10 июля 1907 г. "дашнаки" обнаружили Габриэла Кешишьянца в селении Армавир (ныне - город Армавир). В результате совершенного на него покушения сам он получил ранение, а несколько человек были убиты.
Покушение на Кешишьянца, ознаменовавшее собой начало форменной "гражданской войны" между "дашнаками", послужило причиной возбуждения уголовного дела. Под руководством следователя по особо важным делам Новочеркасского окружного суда Лыжина началось следствие. Опираясь на показания Габриэла Кешишьянца, царская полиция провела целую серию обысков. Были обнаружены многочисленные документы - партийная переписка, финансовая отчетность и списки членов партии. Дело о покушении на убийство Кешишьянца стало превращаться в дело о партии "Дашнакцутюн".
Когда в 1907 г. началось следствие по делу "Дашнакцутюн", между прочим, выяснилось, что для хранения и перевода своих денег "дашнаки" использовали "легальный канал" - фирму купца из Нахичевани-на-Дону Ивана Мартыновича Шапошникова.
Не менее активное участие "дашнаки", вместе с другими кавказскими революционерами, принимали участие в революционных событиях, разыгравшихся в описываемое время в Персии (Иране), за полное подчинение которой своей власти боролись две тогдашние величайшие империи мира - Российская и Британская. Россия поддерживала персидского шаха Мохаммада Али, Англия - сторонников оппозиционого шаху персидского парламента-меджлиса (своего рода персидский аналог "младотурок"). В помощь шаху при помощи русских военных советников была сформирована Персидская казачья бригада под командованием полковника В.П. Ляхова. Между прочим, в рядах этой бригады служил Мохаммад Реза-Хан, будущий основатель новой иранской династии Пехлеви (фактически свергнутый в 1941 г. англо-советскими силами вторжения, оккупировавшими Иран).
После роспуска шахом меджлиса 23 июня 1908 г. столица персидского Азербайджана - г. Тебриз - оказался во власти революционеров. Последние обратились к кавказским социал-демократам с просьбой о помощи в борьбе против "шахского деспотизма". Кавказский комитет РСДРП направил в Персию десятки революционных боевиков и бывших солдат, вооруженных пистолетами (главным образом - маузерами) и бомбами. Грузинские социал-демократы и "дашнаки" приняли активное участие в обороне Тебриза от шахских войск. Несмотря на то, что полковник Ляхов со своими персидскими казаками прочно удерживал под властью шаха столицу Персии Тегеран, Мохаммад Али так и не смог распространить свою власть на Тебриз. Персидские революционеры-националисты под командованием "дашнака" Ефрем-Хана Давидянца овладели г. Решт, столицей провинции Гилян. Впоследствии Ефрем-Хан Давидянц даже вошел в состав революционного персидского правительства.
Между тем, пока в Новочеркасске шло следствие по делу партии "Дашнакцутюн", 11 декабря 1908 г. в Тифлисе жертвой "дашнакских" боевиков пало несколько филеров (секретных агентов-сыщиков) местного охранного отделения, и жандармам также удалось обнаружить при обыске квартир "дашнаков" Минасяна, Огаджанова, Едигоровых и др. множество документов, содержание которых выходило за рамки следствия об убийстве. Так возник еще один центр расследования деятельности партии "Дашнакцутюн". Собранный следствием материал был настолько серьезен, что партия "Дашнакцутюн" отпустила 10 000 рублей (сумма, как уже говорилось, по тем временам немалая!) на его похищение или уничтожение.
28 марта 1909 г. следователь Лыжин направил в Тифлис предписание о производстве обысков и аресте 192 человек, затем последовало предписание о производстве обысков в 18 городах Российской империи и аресте еще 241 человек. К середине января 1909 г. было произведено около 1000 арестов. однако 696 арестованных вскоре почему-то вышли на волю, и в обвинительном акте, подписанном 28 мая 1911 г., в качестве обвиняемых фигурировало лишь 159 человек.
Дело партии "Дашнакцутюн" рассматривалось в Особом присутствии Правительствующего Сената. 20 января 1912 г. закончилось оглашение обвинительного заключения, 21 января начался допрос свидетелей, в середине марта был объявлен приговор. Большую часть обвиняемых (103 человека) сенат оправдал. 52 человека получили различные сроки тюремного заключения, с зачетом времени, проведенного под следствием (в результате чего многие из них сразу же по оглашении приговора вышли на свободу), и только 4 (!) человека были приговорены к каторжным работам.