В этот момент японцы открыли огонь. В блеске зенитного огня Девис заметил большой столб воды, поднявшийся под кормой атакованного судна. Ведя наблюдение в нижний люк, стрелок Тед Киммель увидел внизу, в свете зенитных разрывов, лес мачт, труб и вентиляторов. Разноцветные трассы зенитных очередей перечертили небо. Шрапнель и снаряды автоматических пушек рвались около летающей лодки. Один осколок, пробив колпак штурманской кабины, вдребезги разбил защитные очки штурмана лейтенанта Фостера, но даже не поцарапал его самого. В итоге "Каталина" Девиса, получив 58 пробоин, благополучно вышла из боя.
Теперь настала очередь младшего лейтенанта Пропета. Он отбился от строя и с трудом самостоятельно обнаружил японцев. Снизившись, он подобно всем остальным зашел в атаку со стороны луны, идя низко над водой. В какой-то момент он чуть не врезался в один из кораблей охранения, проскользнул над самыми мачтами и сбросил торпеду с дистанции 800 ярдов. Стремясь уйти от вставшей перед ним стены заградительного огня, Пропет бешено рванул машину влево. Внизу, в огне зениток, открылся весь конвой противника. Рассмотреть результаты атаки не удалось, и он повернул домой. Последняя лодка младшего лейтенанта Ротенбурга не смогла обнаружить противника и вернулась домой, не выполнив задания.
На транспорте "Аргентина-Мару" капитан 2-го ранга Ионаи совершенно не ожидал ночной атаки. И, конечно, можно представить его удивление, когда летающие лодки противника напали на них, появившись неизвестно откуда. На крейсере "Дзинцу" точно так же был удивлен капитан 2-го ранга Таяма. После изнурительного дня он решил немного отдохнуть прямо в ходовой рубке, наконец-то он нашел время, чтобы проглотить шарик сладкого риса, когда с идущего рядом эсминца загремели выстрелы, предупреждающие об опасности. Бросив еду, Таяма выскочил на крыло мостика. Он успел заметить большие черные самолеты, скользящие над самой поверхностью воды. Один... еще один. Все корабли открыли яростный зенитный огонь, но противник исчез так же внезапно, как и появился. К счастью, повреждения были незначительны. Танкер "Акебоно-Мару", идущий последним в северной колонне, получил попадание торпеды в нос, потеряв 13 человек убитыми и 11 ранеными. Снарядами собственных зениток было убито несколько человек на транспорте "Киодзуми-Мару". И это было все. Адмирал Танака запросил "Акебоно-Мару", сможет ли он продолжать движение. С танкера ответили, что могут держать ход 12-14 узлов, что было больше чем достаточно для движения в составе конвоя. Практически неповрежденный конвой продолжал продвигаться к Мидуэю.
Обо всем было сообщено по радио на "Ямато", где штаб адмирала Ямамото был ошеломлен полученными сведениями. Сначала атака тяжелых бомбардировщиков, теперь торпедная атака с летающих лодок. Никто не ожидал от американцев такой прыти. Действительно, капитан 1-го ранга Куросима надеялся, что противник не обнаружит конвой прежде, чем 4 июня Нагумо не нанесет удара по Мидуэю.
Еще многое должно было случиться, но многое уже произошло. Гигантская операция начала разворачиваться во всем своем масштабе. 31 мая японские сверхмалые подводные лодки совершили диверсионный рейд на Диего-Суарес (Мадагаскар), 1 июня другие подводные лодки атаковали гавань Сиднея, а сегодня, 3 июня, северное соединение адмирала Хосогая должно было нанести удар по Алеутским островам.
Вскоре после завтрака адмирал Ямамото получил радостное известие самолеты с авианосца "Рюдзе" атаковали Датч-Харбор. В соответствии с планом, адмирал Ямамото отправил значительную часть главных сил для поддержки операции против Алеутских островов. Вице-адмирал Сиро Такасу со своим флагманским линкором "Хьюга", тремя другими линейными кораблями, двумя легкими крейсерами и дивизионом эсминцев направился на север. Его "Алеутское соединение прикрытия" должно было находиться на полпути между силами адмирала Хосогая и соединением самого Ямамото, готовое ринуться в любом направлении, в зависимости от ответных действий американского флота. Сам Ямамото продолжал двигаться на восток с оставшейся частью главных сил, находясь в 500 милях позади авианосцев Нагумо.
В этот момент авианосцы Нагумо находились примерно в 700 милях от Мидуэя, готовясь к заключительному броску. В 16.07 пять танкеров капитана 1-го ранга Ота отвернули на юг. Освободившись от танкеров, Нагумо решил увеличить ход. Это было очень рискованным решением, ибо оно приводило соединение в дневное время в зону действия разведывательной авиации противника. Но адмирал предполагал завтра на рассвете начать атаку. В машинных отделениях авианосцев зазвенели телеграфы, и 1-е ударное соединение устремилось вперед со скоростью 24 узла. По небу еще проносились облака, но погода постоянно улучшалась, и в 19.30 адмирал Кусака, стоя на мостике, проводил глазами последние тучи великолепного тихоокеанского заката.
Неожиданно гром артиллерийского огня разорвал тишину вечерних сумерек. Идущий в охранении тяжелый крейсер "Тонэ" внезапно открыл огонь своими зенитными батареями. С палубы "Акаги" для выяснения обстановки стартовали три истребителя. Сотни глаз внимательно вглядывались в небо. В 19.40 с "Тонэ" передали прожектором, что они заметили 10 самолетов противника, но затем потеряли их. Сорок минут спустя на "Акаги" после безрезультатного поиска вернулись истребители. У кого-то на "Тонэ" от напряжения просто сдали нервы.
К середине ночи ударное соединение находилось уже примерно в 340 милях от Мидуэя и в 110 милях от точки выпуска самолетов. Адмирал Нагумо был совершенно спокоен. У нерешительных американцев не было никаких причин для появления в этом районе. Позднее их, возможно, и удастся побудить к действиям. Разведка соединения представила командующему очень приятную сводку: "Несмотря на то, что у противника явно отсутствует желание воевать, его контрудар весьма вероятен, если наше вторжение на Мидуэй будет развиваться успешно".
На КП морской авиации на Мидуэе офицеры убеждали Логана Рамсея нанести еще один удар по соединению противника силами летающих лодок. Однако сам Рамсей колебался. Сейчас уже стало ясно, что обнаруженные силы противника всего-навсего транспортная группа.