Поскольку главное понятие научного метода - понятие "реальности" проясняется лишь во второй статье американского философа, то и более подробное объяснение данного метода также переносится в эту статью. Отметим лишь то, что он подчеркивает не только эпистемологическую, но и моральную сторону научного метода: успех в науке предполагает достойное моральное поведение, а преступник, как наивно полагал Пирс, вообще не может быть ученым.

Статья "Как сделать наши идеи ясными" начинается с воспроизведения и критики классического (логико-рационалистического) учения о ясности (как психологической узнаваемости) и отчетливости (возможности определения в абстрактных терминах) идей (понятий).

Пирс резко критикует ссылки философов на рациональную интуицию, считает кантовское понятие Вещи догматическим. По схеме Пирса, Декарт, который с помощью методического сомнения отбросил догмы схоластиков и стал искать истинные принципы в самом мышлении, совершил важный переход от метода авторитета к априорному методу. Однако французский философ доверился самонаблюдению и не показал отличия ясной идей от идеи, лишь кажущейся ясной. Хотя Лейбниц впоследствии и уточнил понятие отчетливости, но все свел к формальным дефинициям. Поэтому, убеждал Пирс, нам необходима подлинная ясность, а не ясность и отчетливость логиков-рационалистов.

Американский философ призывает использовать понятия "сомнение" и "верование" в самом широком смысле, фиксирующем возникновение и разрешение некоторой проблемы в мышлении. Мышление он трактует как определенным образом структурированную последовательность ощущений, проходящих в сознании. Как и в музыкальном произведении, части которого связаны определенной мелодией, также и в последовательности ощущений складываются системы отношений. Мысли - лишь одна из таких систем, главная функция которой - производство верований, а все, что не относится к данной функции, принадлежит другим системам отношений (например, проявления воли следуют за мыслями). Верование - это как бы полуритм, которым "заканчивается музыкальная фраза в симфонии нашей жизни". Оно есть то, о чем мы осведомлены, то, что успокаивает наше сомнение, то, что ведет к установлению некоторого правила действия - привычки. Значение наших мыслей и заключается в тех привычках к действию, которые они формируют. Цель же любого действия заключается в производстве ощущаемых результатов. Наша идея чего-либо - это идея его ощущаемых последствий. Поэтому Пирс считает абсурдным спор протестантов и католиков по поводу элементов священного причастия, ибо они ведь согласны в отношении чувственно-воспринимаемой стороны данного ритуала. В этом контексте американский философ и формулирует свое правило достижения третьей ступени ясности, которое более известно как "Принцип Пирса": "Если мы рассмотрим "практические последствия", которые, как мы полагаем, могут быть произведены объектом нашего понятия, то понятие об этих последствиях и будет нашим полным понятием об объекте". Позднее Джеймс неоднократно подчеркивал основополагающую роль "Принципа Пирса" для всей философии прагматизма.

Пирс приводит примеры прояснения значения отдельных понятий, начиная с наиболее простых случаев и заканчивая философским понятием "реальность". Так, он спрашивает: что значит называть вещь "твердой"? Это значит, что многие другие вещи не смогут оставить на ней царапину. И пока мы не осуществим подобную проверку, подчеркивает американский философ, для нас не будет разницы между твердыми и мягкими вещами. А как прояснить понятие "вес"? Сказать, что означает тяжесть тела, означает сказать, что в отсутствие противоположно направленной силы оно упадет. Понятие "сила" же имеет операциональное значение, ибо оно помогает нам объяснять изменения в движении тел. На взгляд Пирса, противоречат сами себе те ученые, которые заявляют, что им понятно действие силы, но они не понимают сущности силы. В целом приведенные рассуждения о прояснении значения понятий предвосхищают верификационистскую доктрину логических позитивистов, получившую широкое распространение в 20 - 40-е гг. нашего столетия.

Прагматистский принцип конкретизировался Пирсом в теории знаков, которые он подразделил на 76 типов. Его семиотические разработки базируются на положении, что перевод слова в понятие о вызываемых им действиях равносилен указанию на то, что слово как знак обозначает эти действия. Он подчеркивал, что всякое мышление имеет знаковый характер. Человек не только интерпретирует знаки, но и сам является знаком для себя в будущем, знаком своего будущего поведения. Фактически, для Пирса, человек - это производящее знаки существо.

Обратимся теперь к понятию "реальность". Пирс признавал, что в обычном употреблении смысл данного понятия кажется наиболее ясным. Так, реальным признается то, характеристики чего независимы от того, что кто-либо мог подумать о них. Но этого недостаточно. Следует рассмотреть чувственно-воспринимаемые последствия вещей. Главным же действием вещей для нас является производство верований, напоминал Пирс. Истинность верований для него есть выражение решимости следовать сделанному выбору. Мнение, в отношении которого согласны все участвующие в некотором исследовании, и будет тем, что называют "истиной", а объект, представленный в этом мнении, обладает "реальностью". Нетрудно заметить, что американский философ, связывающий научный метод с тезисом о независимости объекта восприятия от самого чувственного восприятия, одновременно делает объект зависимым от наших мнений и убеждений в отношении его.

В то же время подчеркивание им социального характера истины (истина как верование, к которому пришло бы сообщество ученых) объективно выводило Пирса за рамки феноменалистской эпистемологии, что и проявилось в его более поздних текстах. Например, он отмечал, что когда ученый-экспериментатор говорит о каком-либо феномене или эффекте, он, как правило, имеет в виду не конкретное событие, зафиксированное кем-либо, но то, что обязательно произойдет, если в соответствующих условиях экспериментатор начнет действовать по определенному плану. Отсюда значение любого научного положения лежит в будущем, которое оно способно предсказывать и приближать. И здесь огромную роль, согласно американскому философу, призваны играть общие идеи.