На основании данного Постановления и приказа Наркома обороны в Главном политическом управлении РККА и политуправлениях фронтов были организованы 10-е отделы, а в политотделах армий — 10-е отделения для организации партийно-массовой работы среди населения оккупированных областей и политического руководства партизанским движением. «Так как в то время не существовало никаких пособий и наставлений по вопросам организации и тактики партизанской борьбы, — вспоминал впоследствии П.К. Пономаренко, — Главное политическое управление в октябре 1941 года разослало армейским политорганам «Инструкцию по организации мелких местных партизанских отрядов», составленную в период гражданской войны и интервенции против Советской России». Отсутствие уставов, наставлений и других руководящих документов по подготовке и ведению партизанских действий, тактике действий партизанских отрядов и диверсионных групп явилось важным фактором, влияющим на выбор форм специальных действий. Незнание основных положений по подготовке и ведению специальных действий заставляло партизан искать наиболее оптимальную структуру организации сил и средств, вырабатывать специальные формы их боевого применения уже в ходе боевых действий и нести большие потери.

Практика руководства партизанскими действиями партийными и советскими органами в рамках форм партийной и советской работы, а также войсковыми политорганами показала их явную неспособность к выполнению задач по подготовке и переброске партизанских отрядов в тыл противника, планированию боевого применения партизанских отрядов и руководству боевыми действиями партизан, организации снабжения партизанских отрядов оружием, боеприпасами, минно-взрывными и другими средствами. Поэтому к ноябрю 1941 года военными советами фронтов в инициативном порядке были организованы специальные оперативные группы, которые взяли на себя руководство боевыми действиями партизан как составную часть управления войсками. Организацией восстановления советских и партийных органов на оккупированной территории продолжали заниматься различные партийные комитеты, а также отделы и отделения политорганов фронтов и армий.[50]

Вопросы подготовки, вывода и руководства партизанскими отрядами в тылу противника выходили также за рамки разведывательного обеспечения операции и боя. Разведывательные отделы фронтов и армий пытались направить деятельность партизанских отрядов и диверсионных групп только на решение задач, возложенных на разведку. Этот недостаток, в частности, был отмечен в постановлении смоленского обкома ВКП(б) от 11 ноября 1941 года при анализе состояния партизанского движения в области: «Командование армий, дивизий и полков направляют деятельность партизанских отрядов и используют их односторонне, только для разведки, что ограничивает инициативу партизанских отрядов и их командиров по уничтожению живой силы, материальной части, транспорта и путей сообщения противника». Таким образом, наличие и ведомственная принадлежность органа управления специальными действиями являлась существенным фактором, влияющим на выбор задач и форм боевого применения партизанских отрядов и диверсионных групп в тылу противника.

С началом войны стала очевидной необходимость широкого развертывания диверсионных действий партизанскими отрядами на коммуникациях противника и подготовки соответствующих специалистов. В июле 1941 года был создан Оперативно-учебный центр Западного фронта по подготовке партизан к проведению диверсий. Вскоре аналогичные центры и школы по подготовке партизан-диверсантов были созданы в других фронтах. Отсутствие в партизанских отрядах минеров-подрывников тормозило развитие и широкое применение таких эффективных способов диверсий как крушение поездов, устройство засад с применением мин и управляемых фугасов, уничтожение объектов с помощью мин и фугасов, управляемых по радио, диверсий с применением мин-сюрпризов и других специальных акций с применением минно-взрывных средств.

Применение диверсий как способа действий в широких масштабах, кроме того, не представлялось возможным в результате отсутствия в достаточном количестве мин и зарядов, специально приспособленных для применения на коммуникациях противника. Табельные мины ТМ-35, ТМД-40, АМ-5, ПМД и другие, находившиеся на вооружении Красной Армии, оказались трудно применимыми в тылу противника. Они были громоздкими, тяжелыми и требовали значительного времени на установку и маскировку.

Одновременному проведению согласованных по цели, месту и времени специальных акций в форме удара препятствовало также отсутствие связи партизанских отрядов с Центром из-за недостатка средств связи и радистов. «К июню 1942 года в тылу врага действовало 387 учтенных партизанских отрядов и групп, из них только 37, т. е. 10 % имели радиостанции для связи с Командованием». Недостаточное количество минеров-подрывников, радистов и специального вооружения не позволило на начальном этапе войны использовать в тылу противника такую форму специальных действий как удар по железнодорожным коммуникациям. Только по мере поступления в партизанские отряды специальных минно-взрывных средств и подготовленных специалистов стали увеличиваться масштабы диверсионных действий. Так, согласно данным главной железнодорожной дирекции группы армий «Центр» количество партизанских налетов на объекты железнодорожного транспорта в первой половине 1942 года составляло: январь — 5, февраль — 6, март — 27, апрель — 65, май — 145; количество подорвавшихся на минах паровозов составляло: в феврале — 5 (в ремонте 2), в марте — 5 (2), в апреле 13 (6), в мае 25 (13); количество сильно поврежденных и полностью выведенных из строя вагонов: январь — 0, февраль — 0, март — 57, апрель — 45, май — 166.[51] Таким образом, наличие или отсутствие специально подготовленного и оснащенного личного состава, а также специального вооружения было одним из решающих факторов, влияющих на масштабы диверсионной работы и формы специальных действий в тылу противника.

В августе 1941 года первым секретарем ЦК КП(б) Белоруссии П.К. Пономаренко была разработана и отправлена И.В. Сталину записка «К вопросу о постановке диверсионной работы» в тылу врага. Однако только в декабре ее автор был вызван в Москву, где ему предложили ознакомиться с предложениями по организации партизанского движения, разработанные недавно созданным Управлением по формированию партизанских частей, отрядов и групп Главного управления формирований (Главупраформ) НКО. О непонимании данным управлением сущности, целей и задач партизанских действий говорит следующий факт. Главупраформом НКО предлагалось создать на неоккупированной территории Дона, Кубани и Терека 6–7 кавалерийских дивизий численностью 5483 человека каждая, сведенных в «1-ю конную армию народных мстителей» общей численностью в 33 000 человек, а также пять партизанских дивизий из приволжских, уральских и сибирских партизан, объединенных в «1-ю стрелковую партизанскую армию народных мстителей» общей численностью свыше 26 000 человек. В записке подчеркивалось, что оперативное использование партизанских армий целесообразно проводить крупной массой, т. к. «в массе бойцы действуют смелее, решительнее и самостоятельнее». Эти партизанские армады предлагалось выводить в тыл противника через линию фронта для последующих действий в немецком тылу. Абсурдность подобных предложений, их явное несоответствие реальным условиям войны не была тогда очевидной и серьезно рассматривалась в ЦК ВКП(б), поэтому аргументированное их опровержение требовало проведения большого объема работы и времени. В конечном итоге они были отклонены, и П.К. Пономаренко было предложено приступить к организации Центрального штаба партизанского движения.[52]

Однако уже в конце января 1942 год по решению ГКО работа по созданию ЦШПД и республиканских ШПД была остановлена. Как выяснилось впоследствии, тогдашнее руководство НКВД подало И.В. Сталину записку, где считало нецелесообразным наличие такого органа управления и выражало сомнение относительно эффективности и возможности широкомасштабных партизанских диверсий. Диверсионные действия по нарушению работы тыла противника, подчеркивалось в записке, могут проводить лишь полностью надежные и квалифицированные диверсанты, прошедшие подготовку в НКВД.[53]