В январе 1944 года ЦШПД был расформирован, и дальнейшее руководство партизанским действиями осуществляли республиканские и областные штабы партизанского движения, действовавшие во взаимодействии со штабами соответствующих фронтов в основном в оперативном масштабе.

Стратегическое значение имела операция белорусских партизан, подготовленная и проведенная в тесном взаимодействии с войсками 1,2,3 Белорусских и 1 Прибалтийского фронтов в июне-июле 1944 г. К этому времени группировка партизанских сил на территории Белоруссии включала 150 партизанских бригад и 49 партизанских отрядов общей численностью 272 490 партизан. Операция тщательно готовилась. В ходе ее подготовки только авиацией 1-го Белорусского фронта в партизанские формирования было переброшено 128 тонн взрывчатых веществ. Операция началась в ночь на 20 июня нанесением массированного диверсионного удара по железнодорожным коммуникациям и линиям связи противника, в результате которого движение по железным дорогам было полностью парализовано до 23 июня. Операция была высоко оценена Маршалом Советского Союза Г.К. Жуковым, координировавшим в то время действия фронтов.

Основными факторами, влияющими на масштаб, содержание и формы специальных действий с августа 1944 года, стали значительное сокращение численности партизанских формирований и резкое изменение условий ведения специальных действий в тылу противника.

Перемещение военных действий на советско-германском фронте за пределы СССР лишило командование фронтов и штабы партизанского движения основной части действовавшей ранее группировки партизанских сил. Партизанские соединения и отряды, оказавшиеся на освобожденной территории, расформировывались. Отсутствие в составе Красной Армии штатных диверсионных частей и соединений, предназначенных для ведения специальных действий в тылу противника, привело к тому, что имеющий огромный опыт диверсионных действий личный состав партизанских формирований, годный к военной службе, обращался на пополнение обычных регулярных частей Красной Армии, а подавляющее большинство кадровых офицеров, получивших опыт планирования, организации и управления специальными действиями в тылу противника в стратегическом и оперативном масштабах, в дальнейшем использовались по своим прежним воинским учетным специальностям. Так, в донесении ШПД 3-го Украинского фронта сообщалось:

«В соответствии с директивой ЦК КП(б)У и указаниями начальника Украинского штаба партизанского движения, полученными по радио от 3 сентября 1944 г. о расформировании штаба партизанского движения 3-го Украинского фронта к 20 сентября 1944 г., доношу:

1. 20 сентября 1944 года штаб партизанского движения 3-го Украинского фронта расформирован.

2. Личный состав штаба и партизаны, находившиеся в резерве для засылки в тыл врага, откомандированы в военкоматы, а кадровый офицерский состав направлен в отделы кадров фронта в соответствии с их специальностью.

3. Все вооружение, боеприпасы, минно-подрывные средства в связи с отсутствием поблизости фронтовых складов переданы по акту начальнику гарнизона г. Тирасполь…».

Совершившие рейды на территорию Польши, Чехословакии, Венгрии и Румынии отдельные советские партизанские формирования ввиду ограниченной численности и боевых возможностей не могли самостоятельно осуществлять специальные действия в оперативном или стратегическом масштабе. Партизанское движение среди населения зарубежных стран, также как и советское, организуемое на принципах партийной деятельности, требовало помощи и поддержки, в первую очередь военными специалистами в области специальных методов ведения вооруженной борьбы. Так, на основе Постановления ЦК КП(б)У «О помощи Чехословацкой компартии в организации партизанского движения на территории Чехословакии» с июля 1944 года до мая 1945 года туда были посланы 53 организаторские группы общей численностью 1 200 человек.

Деятельность организаторских групп, а также других советских партизанских формирований на территориях зарубежных стран существенным образом ограничивалась отсутствием достаточного количества военнослужащих, знающих иностранный язык. Необходимо было также учитывать особенности организации диверсий и других способов специальных действий с нелегальных позиций в населенных пунктах, вызванные отличиями в агентурно-оперативной обстановке в сопредельных странах. Деятельность партизанских руководителей за рубежом потребовала знания специфики военно-административной деятельности на территориях иностранных государств. Так, после начала Словацкого национального восстания туда для оказания помощи была направлена группа советских офицеров, а в Главный штаб партизанского движения Словакии в качестве советника был назначен полковник А.Н. Асмолов, ранее руководивший партизанской борьбой на разных советских фронтах. Таким образом, организация иррегулярных вооруженных формирований на территории иностранных государств, воздействие через них на военно-политическую ориентацию руководства и обстановку в стране в целом, а также боевое применение формирований в интересах оперативно-стратегических объединений Советской Армии стали важной специальной задачей вооруженных сил на завершающем этапе войны.

На содержание и формы специальных действий на коммуникациях противника, выработанные в ходе партизанской борьбы на советской территории, оказывали также сдерживающее воздействие изменившиеся структура коммуникаций, плотность железных и автомобильных дорог.

Вывод из строя отдельных участков рельсового пути не оказывал какого-либо существенного значения на движение по железнодорожным коммуникациям ввиду большого количества объездных маршрутов. Разрушение или вывод из строя участков шоссейных дорог или искусственных сооружений на них с целью сокращения объема перевозок автомобильным транспортом также теряли свою целесообразность ввиду высокой плотности автомобильных дорог. Учитывая, что большинство автомобильных дорог имели твердое покрытие, установка мин и фугасов вызывала большие трудности в сравнении с минированием грунтовых дорог на советской территории. Таким образом, структура коммуникаций, их плотность и технические характеристики явились одним из факторов, влияющих на применение форм и способов специальных действий на территории иностранных государств. Основной формой специальных действий в этих условиях стали, в основном, отдельные специальные акции. При благоприятных условиях обстановки партизаны вступали в открытый бой.

С выходом советских войск на территорию Германии и Восточной Пруссии партизанская борьба советских партизанских формирований в тылу немецких войск свое самостоятельное значение утрачивает и постепенно прекращается. Диверсионные действия продолжаются лишь в форме отдельных, не связанных общим замыслом специальных акций, осуществляемых армейскими диверсионно-разведывательными группами по планам разведывательных управлений и отделов фронтов и армий в рамках разведывательного обеспечения боя, сражения или операции.

Кроме разведывательных органов фронтов и армий специальные задачи в ближайшей оперативной глубине выполнялись также мотоциклетными частями. Созданные в первой половине 1944 года мотоциклетные части механизированных и танковых корпусов, танковых армий постоянно вели диверсионные и диверсионно-разведывательные действия в тылу противника в указанной полосе или направлении, применяя засады, налеты и другие специальные способы выполнения поставленных задач. Мотоциклетные части не входили в состав разведывательного комплекта соединений и объединений и подчинялись непосредственно соответствующим командирам и командующим. Действуя в качестве диверсионно-разведывательного отряда в полном составе или частью сил отдельные мотоциклетные батальоны механизированных и танковых корпусов, а также отряды мотоциклетных полков танковых армий, проникали в тыл противника, как правило, на оперативную глубину. Наибольших результатов в специальных действиях в тылу противника мотоциклетные части добились при проведении Висло-Одерской операции в январе-феврале 1945 г. Так, действуя в отрыве от главных сил 2 танковой армии на удалении до 100 км, специальные группы и отряды 3 гвардейского мотоциклетного полка под командованием Героя Советского Союза полковника Дикуна дезорганизовывали управление войсками, вводили противника в заблуждение относительно истинной обстановки на фронте, захватывали мосты, другие важные узлы коммуникаций и содействовали стремительному продвижению соединений и частей 2 ТА. Таким образом, в период проведения Висло-Одерской операции боевые действия мотоциклетных частей имели признаки систематических специальных действий в тылу противника в интересах соответствующих оперативных соединений и объединений.