Применение специальных методов ведения войны моджахедами оказало влияние не только на действия сухопутных войск, но и авиации. Появление у бандформирований крупнокалиберных пулеметов, зенитных установок, переносных зенитных ракетных комплексов вначале советского производства, а затем американских «Стингеров» и английских «Блоупайпов» существенным образом повлияло на тактику действий ВВС 40-й армии, заставило привлекать значительные силы для создания зон безопасности в районах аэродромов. Применение моджахедами ПЗРК в районах аэродромах во время взлета и посадки самолетов и вертолетов, на обычных маршрутах их пролета, а также для противовоздушного прикрытия районов базирования и самих бандформирований в ходе боевых действий показало высокую эффективность использования ПЗРК диверсионными формированиями. Так, за девять лет войны вооруженными отрядами оппозиции было уничтожено 114 самолетов и 332 вертолета ВВС ОКСВ, а также 120 самолетов и 169 вертолетов афганской армии.

В 1981 году во время обучения в Военной академии им. М.В. Фрунзе автор в дипломной работе обосновал и защитил предложение о формировании в составе бригад специального назначения подразделений ПВО, оснащенных ПЗРК и предназначенных для борьбы с воздушными целями в тылу противника. Однако предложение было отвергнуто руководством соответствующего направления ГРУ ГШ по причине несоответствия задач ПВО целям и задачам военной разведки.

После вывода советских войск из Афганистана организационно-штатная структура 15 и 22 бригад СпН в 1989 году была существенно изменена. Бронированная боевая техника, автоматические гранатометы, средства управления, обеспечивающие формированиям специального назначения связь в реальном масштабе времени со штабами, авиацией и артиллерией, в том числе космические средства связи, были изъяты из бригад по причине несоответствия задачи противодиверсионной борьбы целям и задачам военной разведки. Девятилетняя борьба соединений, частей и подразделений специального назначения с иррегулярными вооруженными формированиями была признана исключительным, не типичным случаем их боевого применения. В результате такого подхода при разработке нового Руководства по боевому применению соединений, частей и подразделений специального назначения, введенным в действие в 1991 году, задачи борьбы с иррегулярными вооруженными формированиями противника не были включены в перечень специальных задач.

Поэтому в январе 1990 года, когда 15 обр СпН ТуркВО, прибыв в Баку со штатным вооружением, вновь получила задачу по борьбе с незаконными вооруженными формированиями Народного фронта Азербайджана, решением Министра обороны СССР было совершено 37 рейсов самолетами Ил-76 ВТА и доставлено из Ташкента свыше 20 единиц бронированной боевой техники, десятки автомобилей, а также средства связи, позволяющие вести переговоры в телефонном режиме в КВ диапазоне. Наличие большого количества офицеров и прапорщиков, имевших опыт борьбы с диверсионными формированиями, позволил бригаде, переданной в оперативное подчинение КГБ СССР, успешно выполнить поставленные ей задачи. После возвращения бригады в апреле 1990 года на место постоянной дислокации нештатные боевая техника и средства связи, несмотря на ходатайство командования бригады, были сданы на базы округа.

Таким образом, на втором этапе реальная боевая деятельность войск в условиях вооруженного конфликта в Афганистане показала общевойсковой характер подготовки и ведения специальных действий, выявила существенные особенности их огневой и авиационной поддержки, а также боевого, технического и тылового обеспечения. Боевое применение соединений и частей специального назначения вышло за рамки разведывательного обеспечения, приобрело самостоятельное значение и стало важной составной частью специальных действий 40-й Армии. Однако, несмотря на девятилетний опыт ведения общевойсковым объединением специальных боевых действий, имевших стратегическое значение для СССР, специальное наставление по ведению противопартизанских (противодиверсионных) действий соединениями, частями и подразделениями Вооруженных Сил разработано не было. Отсутствие такого наставления, а также соответствующих глав и разделов в Основах подготовки и ведения операций Вооруженных Сил, в полевых и боевых уставах, других руководящих документах накануне войны в Афганистане и после ее окончания стало значительным отрицательным фактором, повлиявшим на развитие специальных форм ведения боевых действий, в том числе соединениями и частями специального назначения.

Исторический и логический анализ развития содержания и форм специальных действий воинских формирований в тылу противника в российском военном искусстве позволяет сделать следующий вывод.

На протяжении всей истории военного искусства российской регулярной армии существовали боевые действия, содержание, формы и способы ведения которых выходили за рамки обычных боевых действий на поле битвы или на фронте. Российское военное искусство до революции 1917 года называло эти действия регулярных воинских формирований партизанскими. В современных условиях такие действия необходимо объединить в особый вид боевых действий — специальные действия в тылу противника (на территории полностью или частично контролируемой противником), под которыми следует понимать организованное применение сил и средств в тылу противника (на территории полностью или частично контролируемой противником) для выполнения специальных задач частями, соединениями и объединениями Сухопутных войск специальными способами.

К существенным признакам специальных боевых действий необходимо отнести такие показатели боевых действий, каждый из которых, взятый отдельно, необходим, а совокупность которых будет достаточна, чтобы отличать специальные действия от других видов боевых действий [60.25]. При этом отличительными признаками будут только те признаки, которые присущи только специальным действиям. Анализ боевого применения сил и средств в тылу противника на протяжении истории военного искусства российской регулярной армии свидетельствует, что существенными признаками специальных действий являются: специальные цели и задачи боевого применения сил и средств в тылу противника (на территории полностью или частично контролируемой противником); особые принципы и методы боевого применения сил и средств; специальные способы выполнения боевых задач; специальная группировка (специальный боевой порядок) сил и средств; специальные вооружение, техника и имущество, используемые для выполнения боевых задач; особый порядок подготовки, управления и обеспечения специальных действий; специальные формы боевого применения сил и средств. При этом отличительными признаками специальных действий являются специальные способы выполнения боевых задач и специальные формы боевого применения сил и средств.

1) Специальные цели и задачи боевого применения сил и средств в тылу противника (на территории полностью или частично контролируемой противником). Боевое применение сил и средств не на линии фронта или другой линии общего соприкосновения с противником, а в его тылу или на территории полностью или частично контролируемой противником является важнейшим признаком специальных действий. При этом целями специальных действий обычно являются дестабилизация обстановки в тыловой зоне, подрыв боевой способности войск и сил, дезорганизация управления войсками и оружием, технического, тылового и других видов обеспечения боевых действий противника, а также содействие эффективному применению своих сил и средств в тылу противника.

Целевое воздействие на объекты в тылу противника как признак специальных действий требует, прежде всего, наличия у противника собственно тыла как объекта воздействия. Пока у воюющих армий не было тыла как части пространства, занимаемого войсками второго эшелона, другими группировками, различными резервами, и тыла как системы обеспечения войск людским пополнением, вооружением, боеприпасами, продовольствием, другим необходимым для боя и жизни имуществом, не могло быть и борьбы с самим тылом. Ход и исход сражения определялся непосредственно на поле битвы. Рассредоточение сил и средств по фронту и в глубину с переносом в тыловую зону важных объектов группировок противника, его систем управления и обеспечения вызвали необходимость переноса туда же и усилий другой стороны по их уничтожению, выводу из строя в соответствующих формах боевых действий. Появление тыла как объекта воздействия стало одной из причин появления специальных действий.