Ориген приобщился к интеллектуальной жизни египетской столицы, оставаясь, согласно Евсевию, ревностным и строго православным христианином, всецело поглощенным религиозными и интеллектуальными интересами. Постепенно он сделался кем-то вроде христианского миссионера среди столичной языческой интеллигенции:
Когда Ориген занимался этим... и когда в Александрии некому было принять на себя должность оглашателя, потому что, боясь гонения, все разбежались: тогда пришли к нему некоторые язычники и изъявили желание слышать Слово Божие... Оригену было восемнадцать лет, когда он получил в управление огласительное училище, когда по случаю гонения при александрийском префекте Акиле оказал много пользы и приобрел себе славное имя у всех верующих за ту приязнь и любовь, какую оказывал всем святым, знакомым и незнакомым ему мученикам... Являя такие примеры любомудренной жизни, он естественно возбуждал соревнование и в своих учениках, так что многие и из неверующих, по учености и философии люди известные, были привлечены его учением и, приняв от него искренне, всем сердцем, веру в божественное слово, по случаю тогдашнего гонения прославились: иные же, быв взяты, даже скончались мученически.
В это же время Ориген с необычайным рвением предался аскетизму: ходил босой, мало спал, много постился, строго ограничивал свои материальные нужды. Согласно свидетельству Евсевия, тогда же, чтобы избежать соблазна со стороны многочисленных слушательниц училища и приняв буквально слова Христа о «скопцах ради Царства небесного» (Мф.19:12), он привел это изречение в исполнение и оскопил себя, тем самым раз и навсегда «разрешив» проблему половой нравственности ― пример фанатического пыла и юношеской незрелости характера.
С течением времени Ориген изменил свое вначале отрицательное отношение к философии, и постепенно под его влиянием александрийское огласительное училище приобрело новый характер, сделавшись чем-то вроде христианского университета. В нем было введено преподавание светских предметов наряду с религиозными, а прием перестал быть ограниченным лишь кандидатами ко крещению ― практически школа стала открыта для кого угодно:
К Оригену приходили и многие другие ученые мужи, привлекаемые повсюду разнесшеюся славою его имени, и желали удостовериться в богатстве духовных его познаний. Ревностно внимало ему бесчисленное множество еретиков и немалое число знаменитейших философов, учась у него не только божественной, но и внешней мудрости. Тех своих слушателей, в которых были заметны хорошие дарования, Ориген вводил в круг наук философских, преподавал им геометрию, арифметику и другие предуготовительные предметы, знакомил их с различными системами философов и объяснял написанные ими сочинения, делая на каждое из них свои замечания и взгляды, так что у самих язычников прослыл философом. Напротив, слушателей простых и менее образованных заставлял он изучать науки, входившие в круг обыкновенного воспитания, говоря, что эти знания доставят им немалое облегчение в уразумении и изъяснении божественных Писаний. Для сей-то особенно цели познания светские и философские он почитал нужными и самому себе.
По мере того, как расширялись интеллектуальные интересы Оригена, в его школе устанавливалась атмосфера широты взглядов и взаимного уважения между христианами и язычниками. Вот как вспоминает об этом «интеллектуальном рае» выпускник александрийского огласительного училища св. Григорий Чудотворец (епископ неокесарийский):
... Нам ничего не было запрещено, ничто не было от нас сокрыто. Мы пользовались возможностью узнать всякое слово, варварское и эллинское, тайное и явное, божественное и человеческое, кочуя от одного к другому совершенно свободно и исследуя их, пользуясь плодами всего и наслаждаясь богатствами души; было ли это некое древнее учение об истине, или же его можно назвать как-то иначе, ― мы погружались в него, полные чудесных видений, будучи снабжены прекрасной подготовкой и умением. Одним словом, это поистине был наш рай...
В 212 году Ориген отправился с визитом в Рим, где познакомился и подружился с будущим римским епископом Ипполитом. В 215 году он посетил Аравию (нынешнюю Трансиорданию), а оттуда поехал в Антиохию по приглашению матери императора Септимия Севера Юлии Маммеи. В 216 году, во время гонения Каракаллы. Ориген нашел убежище в Палестине. Преданные ему епископы иерусалимский и кесарийский дали Оригену возможность продолжать преподавательскую деятельность, и он устроил в Кесарии «Александрию в миниатюре», а также занимался изъяснением св. Писания перед собраниями верующих в церквах. Здесь произошло первое столкновение Оригена с церковной иерархией: александрийский епископ Димитрий, недовольный тем, что мирянин учит в церкви, отозвал его обратно в Александрию.
В 231 году Ориген отправился в Грецию и, проезжая через Палестину, принял в Кесарии рукоположение в священники от местных епископов. Рассерженный Димитрий александрийский официально (на двух местных соборах) опротестовал это рукоположение и отлучил Оригена от Церкви на том основании, что, во первых, он, будучи мирянином, проповедовал в присутствии епископов и что, во-вторых, скопец не может быть священником. В 232 году, после смерти Димитрия, Ориген вернулся в Александрию, где был снова отлучен преемником Димитрия. На этот раз Ориген окончательно переехал в Палестину, где многие епископы были его бывшими учениками. Он продолжал свою ученую и преподавательскую деятельность и приобрел такой авторитет, что каждое его слово записывалось стенографами.
Во время Декиева гонения Ориген находился в Тире. Он был арестован, и у Евсевия мы находим описание его пыток:
Но какие и сколько мучений перенес в это гонение Ориген, чем они кончились, когда лукавый демон выводил, против него попеременно всю свою силу, восставал на него со всеми возможными ухищрениями и нападал гораздо более, чем на прочих тогдашних подвижников, ― какие и сколько уз и телесных истязаний претерпел он за слово Христово, как страдал в углу темницы от железных на шее цепей и как его ноги в продолжении многих дней были растянуты до четвертой степени на деревянном орудии казни, ― с каким мужеством вынес он также угрозы быть сожженным и все другое со стороны своих врагов, ― чем все это кончилось, когда судья сильно настаивал, чтобы его никак не лишать жизни, и сколько после того написал он полезнейших сочинений для людей, имевших нужду в утешении, ― о всем этом подробно и верно сказано в весьма многих его посланиях.
Возможно, что Ориген остался жив благодаря тому, что римские чиновники того времени скорее стремились принудить христиан к отречению от веры, нежели добивались их смерти. В их интересы не входило умножать число мучеников, которых народное почитание сразу делало героями. Во всяком случае Ориген от веры не отрекся, но пытки и тюремное заключение разрушили его здоровье, и он скончался в 253(4?) году в Тире. Хотя его юношеская мечта умереть мучеником не сбылась, он несомненно принадлежит к числу исповедников, т.е. людей, пострадавших за веру. Ориген умер в общении с Церковью, по крайней мере с Палестинской церковью ― с александрийским епископом он так никогда и не примирился.
Личность и произведения Оригена как при жизни, так и после смерти были окружены необычайным уважением и авторитетом. Его учение легло в основу многих учений, и еретических, и православных. Его популярность особенно возросла в четвертом веке, в период бурного расцвета христианского богословия, когда все христианские мыслители вдохновлялись им и так или иначе ссылались на его творения. Но поскольку влияние его учения во многом было отрицательным и породило явно еретические формы «оригенизма», он был посмертно осужден как еретик и предан анафеме на поместном константинопольском соборе 543 года при императоре Юстиниане. Десять лет спустя осуждение Оригена было подтверждено на Пятом Вселенском соборе, а сочинения его были объявлены подлежащими уничтожению. Несмотря на это, авторитет Оригена среди христианских мыслителей не был вполне уничтожен, и следы его влияния можно проследить в более позднем богословии как на Западе, так и на Востоке.