В январе 1867 г. 7-е военно-ученое отделение Главного штаба перешло в состав Совещательного комитета, который был образован для руководства «ученой» и топографической деятельностью. А 30 марта 1867 г. Совещательный комитет преобразовали в Военно-ученый комитет Главного штаба, в нем на базе 7-го отделения создали канцелярию. Именно канцелярия Военно-ученого комитета вплоть до 1903 г. являлась центральным органом российской военной разведки. Первым ее руководителем стал генерал Н. Обручев, правая рука военного министра Милютина, а после него — генералы Ф. А. Фельдман (с 1881 по 1896 г.), В. У. Соллогуб (с 1896 по 1900 г.) и В. П. Целебровский (с 1900 по 1903 г.). Что касается Азиатской части, то она осталась самостоятельным подразделением Главного Штаба, хотя и была в 1869 г. переименована в Азиатское делопроизводство. Состояло Азиатское производство из заведующего, полковника А. П. Проценко, и его помощника.[36]

Серьезным испытанием для российской военной разведки явилась русско-турецкая война 1877–1878 гг. Накануне и во время боевых действий разведка по-прежнему находилась в ведении командиров соединений и частей, начиная с командующего армией. Ее проводили специально подготовленные сотрудники. Перед самым началом русско-турецкой войны общее руководство агентурной разведки в Турции и на Балканах было возложено на полковника Генерального штаба П. Д. Паренсова, офицера «по особым поручениям», признанного специалиста разведывательного дела.

Так как основная тяжесть предстоящих боевых действий должна была лечь на сосредоточенную в Бессарабии мощную группировку российской армии под командованием великого князя Николая Николаевича, ее штаб нуждался в свежих оперативных данных о турецких войсках, расположенных на территории Болгарии и Румынии. Поэтому главнокомандующий лично поставил перед Паренсовым задачу: ехать в Бухарест и организовать сбор сведений о турках.

В середине декабря 1876 г. Паренсов под именем Пауля Паульсона уезжает из Кишинева в Бухарест, где появляется как родственник российского консула барона Стюарта. В короткий срок он наладил необходимые связи, создал активную агентурную сеть и собрал вокруг себя преданных людей из числа местных жителей. Так, наблюдение за перемещениями судов по Дунаю взяли под свой контроль скопческий староста Матюшев и воевода Вельк.

Большую помощь (причем бесплатную) оказал Паренсову болгарский патриот банкир и хлеботорговец Евлогий Георгиев, который имел торговых агентов и склады во многих городах Болгарии, интересовавших русское командование, что давало Паренсову возможность пользоваться готовой и достаточно надежной агентурой. Благодаря Евлогию он приобрел ценного помощника Григория Начовича. Образованный человек, владевший французским, немецким, румынским языками и прилично понимающий русский, он имел большие связи по обе стороны Дуная, был необычайно изобретателен в способах добывания информации. Начович помогал русской разведке как истинный патриот своего отечества — за все время работы он ни разу не принял от русского командования денежного вознаграждения.[37]

В течение всей зимы 1876–1877 гг. резидентура полковника Паренсова доставляла исчерпывающие сведения о количестве турецких войск, их передвижениях в придунайской Болгарии, кораблях и минных заграждениях на Дунае, состоянии укреплений, продовольственных запасах. Так, например, русское командование заблаговременно было извещено о прибытии подкрепления из Египета.

С началом боевых действий потребовались новые точные оперативные сведения о неприятеле. Поэтому Паренсов и его ближайшие помощники, в частности полковник Н. Д. Артамонов, стали активно использовать агентов-ходоков. Одним из них стал Константин Николаевич Фаврикодоров, грек по происхождению, который не был новичком в военном деле. Фаврикадоров участвовал в Крымской войне 1853–1856 гг., храбро сражаясь на бастионах Севастополя как волонтер Греческого легиона, и получил награды — Георгиевский крест 4-го класса и серебряную медаль. Внешне похожий на турка, к тому же владевший турецким языком, он идеально подходил для роли разведчика.

26 июня 1877 г. полковник Генерального штаба Артамонов посылает Фаврикодорова под именем турецкого подданного Хасана Демершиоглу из города Систова в глубокий разведывательный рейд по тылам турецкой армии — города Видин и Плевну. Оттуда ему следовало отправиться на юго-восток, чтобы выяснить количество турецких войск, сосредоточенных в Румелии, а также в крепостях Шумле и Варне.

Фаврикодоров отлично справился с поставленной перед ним задачей. Он побывал в Плевне, крепости Шумле, Варне, Андрианополе, Филиппополе (Пловдиве), собрал большое количество ценных сведений о турецкой армии и, вернувшись в Главную квартиру русской армии, передал их Артамонову. И это был не единственный рейд отважного разведчика. Впоследствии он еще неоднократно направлялся в тыл турецкой армии и каждый раз добывал чрезвычайно ценные разведывательные сведения.

Итоги работы Паренсова, Артамонова, Фаврикодорова и многих других офицеров русской разведки в годы русско-турецкой войны 1877–1878 гг. в целом отражены в оценке, данной в 1880 г. управляющим Военно-ученым комитетом, будущим начальником Главного штаба генерал-адъютантом Н. Обручевым: «Никогда данные о турецкой армии не были столь тщательно и подробно разработаны, как перед минувшею войною: до местонахождения каждого батальона, каждого эскадрона, каждой батареи…».[38]

Однако, несмотря на столь хвалебное утверждение Обручева, русско-турецкая война вскрыла и ряд недостатков в российской военной разведке, что послужило причиной очередной реорганизации ее центрального аппарата. В декабре 1879 г. утверждается новый штат канцелярии Военно-ученого комитета в составе управляющего делами, пяти старших и девяти младших делопроизводителей с четким разграничением функций каждого из них. Штаты Азиатского делопроизводства в 1886 г. увеличили с двух до пяти человек. А в середине 1890-х годов оно состояло уже из трех делопроизводств. Первые два отвечали за работу азиатских военных округов, а третье занималось непосредственно разведкой за рубежом. Всего же к концу XIX века Россия располагала военными агентами в 18 мировых столицах, а также морскими агентами в десяти странах.

В июле 1900 г. началась очередная реорганизация военной разведки. В составе Главного штаба учреждается генерал-квартирмейстерская часть, в состав которой включили оперативное и статистическое отделения. При этом на статистическое отделение были возложены функции Азиатского делопроизводства, а именно ведение разведки в Китае, Корее, Японии и других азиатских странах. А полгода спустя, в декабре 1900 г., генерал-квартирмейстерской части передали и канцелярию Военно-ученого комитета.

В апреле 1903 г. объявили новые штаты Главного штаба. Согласно им, вместо канцелярии Военно-ученого комитета ведение разведки возлагалось на 7-е (военная статистика иностранных государств) отделение 1-го (Военно-статистического) отдела Управления 2-го генерал-квартирмейстера Главного штаба. Состояло 7-е отделение из начальника, 8 столоначальников и такого же числа их помощников. Практически сразу же негласно внутри 7-го отделения выделяется добывающая часть, получившая название Особое делопроизводство, в котором работало два офицера.[39] Однако в 7-м отделении по-прежнему не были разделены добывающие и обрабатывающие функции разведки и не велась работа по руководству разведкой военных округов. Начальником 7-го отделения в 1903 г. назначили генерала Целебровского, до этого руководившего Военно-ученым комитетом Главного штаба. Он возглавлял военную разведку до 1905 г., когда его сменил генерал Н. С. Ермолов, занимавший этот пост до 1906 г.