Французский посол д’Афри некоторое время колебался — зависть боролась с робким почтением к сверхъестественным силам, которыми повелевал Сен-Жермен и с которыми побаивался связываться осторожный французский дипломат. Однако в конце концов он послал подробные и крайне враждебные Сен-Жермену сведения в Париж своему начальству — герцогу Шуазелю. Тот действовал быстро. Шуазелю удалось упросить маркизу Помпадур показать ему донесения, посылавшиеся ей Сен-Жерменом. На заседании министров, на котором присутствовал король, Шуазель продемонстрировал эти документы. Людовик XV и другие министры, посвященные в тайну, поспешили отречься от Сен-Жермена. После этого Шуазель послал д’Афри инструкцию, чтобы тот вызвал Сен-Жермена и объявил ему повеление не вмешиваться больше в политику под угрозой тюрьмы. Более того, Шуазель попробовал даже добиться выдачи графа голландскими властями и препровождения его во Францию. Незадачливого ясновидца спас один его влиятельный поклонник, предупредивший об опасности и убедивший его бежать в Англию. Однако английские власти решили не допускать пребывания в стране уволенного агента, который мог осложнить их переговоры с Шуазелем. Из Англии Сен-Жермен перебрался в Германию.
В своих мемуарах Казанова утверждает, что вновь встретил Сен-Жермена в Париже в мае 1761 года, прогуливавшегося с маркизом д’Юрфе. Казанова считал, что до этого Сен-Жермен выполнял в Лондоне задания Шуазеля, точнее говоря, был французским контрразведчиком, действовавшим на вражеской территории. С этим перекликаются сведения еще одного мемуариста, ссылающегося на того же маркиза д’Юрфе. Тот якобы рассказал Шуазелю о присутствии Сен-Жермена в Париже и получил неожиданный ответ: «Я не удивляюсь этому, так как он провел ночь в моем кабинете». Однако другие бесспорные факты делают малоправдоподобной эту версию.
В последующие годы Сен-Жермен бывал при различных дворах Европы, всюду предлагая свои мнимые и действительные секреты. Не владея ни «эликсиром жизни», ни «философским камнем», ни умением превращать неблагородные металлы в золото, он, кажется, действительно знал рецепт нескольких важных химических красителей, которые и пытался применять в производстве тканей.
Умер Сен-Жермен в Германии, в Экернферде, 27 февраля 1784 года и похоронен 2 марта, о чем были сделаны соответствующие записи в церковно-приходской книге. Таким образом, место и дата смерти Сен-Жермена зафиксированы совершенно точно — в отличие от места и даты рождения. Но его мистически настроенные последователи продолжали распространять легенды о таинственном графе, наделенном многими талантами и знаниями, обладателе секрета бессмертия.
