Невзирая на боярские распри и «безначалие», первая половина XVI в. была самым благополучным для русских крестьян временем. Расцвет деревни постепенно подготовлял почву для подъема государства. Крестьяне отвоевывали под пашню землю у леса и ставили починки (новые деревни), медленно продвигаясь на юг, в черноземную полосу. Неурожаи случались часто, но они не захватывали всю страну разом и не имели катастрофических последствий.

Численность городского населения была невелика. Но города переживали расцвет.

Государство не вело крупных войн, а потому налоговое бремя было сравнительно легким.

Приход к власти Глинских едва ли мог изменить ситуацию. Однако современники утверждали, будто их правление ознаменовалось всевозможными бесчинствами. Родня царя долгое время была не у дел и теперь старалась наверстать упущенное. В короткое время Глинские успели снискать общую ненависть. Как повествует летописец, в царствующем граде Москве и по всей стране умножились неправды и насилия от вельмож, судивших неправедно по мзде и облагавших население тяжкими данями. Слуги Глинских вели себя в столице, как в завоеванном городе. «Черным людям» от них было «насильство и грабеж».

Собственно, новые временщики были не хуже прежних боярских правительств. Но Глинские шли к власти напролом и восстановили против себя всю знать. Из-за этого положение их было очень шатким.

В жаркие летние месяцы 1547 г. в Москве произошли крупные пожары, ускорившие развязку. От огня пострадало множество дворов и церквей. Выгорел Кремль, пострадали городские укрепления. В огне погибли 1700 человек. Митрополит чудом спасся из горящего Кремля, но получил сильные ушибы, когда его на веревках спускали с крепостной стены. Иван поспешил навестить Макария. Его сопровождали бояре Иван Петрович Федоров, вернувшийся из ссылки, и князь Федор Скопин-Шуйский. В присутствии митрополита Федоров сообщил государю о смутной молве. В столице толковали, что «яко волхованием… вся Москва погоре». В колдовстве народ винил Глинских. Но об этом боярин умолчал.

Четыре дня бояре вели розыск виновников «поджога» Москвы. Волнения в столице усиливались изо дня в день, и власти выслали из Кремля для объяснения с народом бояр Федорова, Скопина и Юрия Темкина, а также Григория Романова. Они «начата въпрашати: кто зажигал Москву?». Вопрос был рискованным, но бояре вовсе не собирались щадить своих недругов. Они знали, о чем толковала толпа, и, надо полагать, сами способствовали распространению зловещих слухов.

Вопрос о виновниках неслыханного бедствия пал на подготовленную почву. В толпе выкрикнули имя Анны Глинской и ее детей. События приобрели неожиданный оборот.

Боярин Юрий Глинский, узнав о наветах толпы, поспешил укрыться в Успенском соборе, где шло богослужение. По некоторым сведениям, мятежники захватили дядю царя на глазах у Ивана IV. Затем полумертвого боярина вытащили на площадь и добили каменьями.

Иван IV подробно описал мятеж в приписках на полях официальной летописи. По его словам, чернь напустилась на царскую родню «того ради, что в те поры Глинские у государя в приближение и в жалование». Если верить Грозному, бояре сами спровоцировали мятеж против правителя Михаила Глинского и его братьев.

В столице произошли уличные беспорядки. Чернь разграбила дворы Глинских, перебила их вооруженных слуг «бесчисленно», а заодно уездных детей боярских из Северской Украины, ошибочно приняв их за людей правителя. Царю пришлось «утещи» со всем двором в подмосковное село Воробьеве. Но село оказалось для царской семьи ненадежным убежищем. На третий день мятежа московский палач скликал на площадь огромную толпу. Погорельцы громко кричали, что Москву «попали колдовством», что виною всему бабка царя «Волхова» Анна: она вынимала из людей сердца, мочила их в воде и той водой, летая сорокой, кропила город. Разъяренная толпа «скопом» двинулась в Воробьево, чтобы разделаться с ненавистными временщиками. Появление толпы повергло царя в ужас. По словам Ивана, его жизни грозила опасность, «изменники наустили народ и нас убити». Боярам с трудом удалось успокоить чернь и убедить людей, что Глинских в Воробьеве нет.

Вооруженная толпа беспрепятственно вернулась в столицу.

В бунте участвовали как низы — «черные люди», так и дети боярские и московские — «лучшие люди» (так называли богатых горожан). В конце концов волнение улеглось, и власти овладели положением в столице. Московские события показали царю Ивану поразительное несоответствие между его представлениями о своих возможностях и подлинным положением дел. С одной стороны, царю внушали, что его власть самодержавна и идет от Бога. С другой стороны, первые же шаги самостоятельного правления поставили его лицом к лицу с бунтующим народом, поднявшим руку на царскую семью. Не раз безнаказанно посягавший на чужую жизнь, Иван впервые должен был всерьез задуматься о собственном спасении и спасении близких людей.

Мятеж в Москве привел к отстранению Глинских от власти. На свадьбе Ивана IV в феврале 1547 г. Глинские играли самую видную роль. На свадьбу брата царя Юрия 3 ноября они не были приглашены. На третий день после свадьбы Юрия князья Михаил Глинский и Иван Пронский побежали в Литву. Прошло четыре месяца со времени убийства Юрия Глинского. За это время конюший Михаил Глинский должен был убедиться, что править государством без поддержки Боярской думы невозможно. Царю Ивану недоставало власти, чтобы заступиться за Глинских.

Дума своевременно узнала о побеге двух видных бояр. Вдогонку был немедленно отправлен боярин князь Петр Шуйский, недруг Глинских. В последующей истории много неясного. Беглецы направились к литовскому рубежу из своих ржевских вотчин. До Литвы было рукой подать, но они все же не пересекли границу.

Шуйский с дворянами догнал их в великих тесных и непроходимых местах. Вместо того чтобы продолжать путь, бояре отправились в Москву, намереваясь первыми явиться к царю с повинной. Их оправдания сводились к тому, что они поехали молиться к Пречистой на Оковец, но съехали в сторону (границы), не зная дороги.