В буддийских летописях говорится, что в общей сложности Падмасамбхава распространял Дхарму в Индии и прилегающих к ней странах около тысячи пятисот лет. По этому поводу Падмасамбхава в одном из своих предсказаний сказал, что в будущем «многие ученые мужи, как действительно знающие, так и невежды» усомнятся в правдивости некоторых сведений о его жизни, но что это не имеет значения, потому что те, кто будет просто полагаться на Гуру Ринпоче в своей духовной практике, беспрепятственно получат помощь и благословение.

После Индии Гуру Ринпоче отправился в Тибет. Тибетский царь Трисонг Дэцен, считающийся воплощением бодхисаттвы мудрости Манджушри, пригласил великого ученого и настоятеля знаменитого монастыря Наланды Шантаракшиту для проповеди Дхармы и строительства Самье – первого буддийского монастыря в Тибете. Однако, как утверждается, местные министры и духи мешали строительству. Тогда царь, по совету Шантаракшиты, послал гонцов, чтобы пригласить Падмасамбхаву, обладавшего славой великого мага. Предвидя это, Гуру Ринпоче уже был в пути. Основная трудность, с которой ему предстояло столкнуться при проповеди нового учения, была традиционная религия Тибета – бон. Это была мощнейшая духовная традиция, основанная не на вере в Бога, но, подобно даосизму и некоторым верованиям американских индейцев и африканских племен, на идее взаимодействия и противопоставления Земли и Неба. Если бы Падмасамбхава вздумал оспорить взгляды бонцев с помощью обычной логики, то ему пришлось бы использовать аргументы типа: «Неба и Земли как таковых не существует, потому что они существуют во взаимозависимости, как единое целое». Тибетцы просто не стали бы его слушать, так как им было очень хорошо известно, что небо существует, земля существует, так же как существуют звезды, животные и они сами. Как можно было им передать учение об Уме, способном достичь состояния недвойственности и Просветления?

Падмасамбхава отверг идею интеллектуальной проповеди и пошел по другому пути, проявив всю свою мудрость и использовав все мастерские средства для того, чтобы продемонстрировать силу просветленного ума. Этот путь, по которому может идти лишь тот, кто сам обладает духовным совершенством и абсолютной непривязанностью к собственному «я», заключался в том, что Гуру Ринпоче начал ломать стереотипы мышления местного населения. Как пишет Чогьям Трунгпа, своим странным, непредсказуемым поведением Падмасамбхава вызывал замешательство, порой полный хаос, вскрывая пороки и обнажая слабости тех, с кем он имел дело. Если у них были сомнения относительно его деятельности, он пользовался этими сомнениями. Если человек был жертвой слепой веры, Падмасамбхава шокировал его. В результате столкновения с не знающей никаких границ «безумной мудростью» в учениках Гуру Ринпоче происходил внутренний переворот, и они созревали для получения знаний, необходимых для дальнейшего духовного роста.

Например, когда Падмасамбхава впервые прибыл в Тибет, царь потребовал, чтобы тот поклонился ему, но тот сказал в ответ, что является живым Буддой, и выпустил из ладоней магический огонь, опаливший одеяния царя и придворных. После этого Трисонг Децэн поклонился первым и стал его учеником. Или вот еще одна история. Считается, что Тибет охраняют двенадцать богинь, обитающих в Гималайских горах. Когда Падмасамбхава пришел в Тибет, одна из них отказалась его признать и попробовала от него убежать. Но куда бы она ни прибегала, везде натыкалась на Падмасамбхаву. То он, дожидаясь ее, танцевал на вершине горы, то сидел на камне в долине. В конечном итоге она решила спрятаться в озере, но Падмасамбхава превратил его в расплавленное железо, и ей пришлось сдаться, преклонившись перед вездесущим умом Падмасамбхавы и его способностью находиться сразу во всех местах.

Во время пребывания в Тибете (всего около 55 лет) Падмасамбхава достиг очень многого, обучая местных жителей преодолевать ограниченность своего восприятия и искоренять заблуждения. Он посвятил многих своих последователей в глубочайшие буддийские учения, в том числе передал наставления Высшей Йога-Тантры, Дзогчена («Великого Совершенства») своим ближайшим ученикам; включил магические традиции бонской религии в буддизм, изменив их «окраску», и подчинил местных божеств и духов, связав их клятвой охранять буддийское учение; освятил место строительства монастыря Самье, после чего тот превратился в крупнейший центр изучения и перевода буддийских писаний и так далее. Падмасамбхава искренне полюбил тибетцев. Его деятельность привела к тому, что Тибет вышел на новый этап духовного развития. И по сей день тибетцы считают Гуру Ринпоче своим духовным отцом.

«Безумная мудрость» Падмасамбхавы проявилась и в том, что он укрывал с помощью учеников во многих местах священные реликвии, а также тайные учения, предназначенные для будущих поколений. Это делалось с тем, чтобы защитить тайные тантрические учения от исчезновения и искажения глупцами и интеллектуалами в будущем. Для каждого из этих сокровищ, называемых «терма», Гуру Ринпоче оставил подробные указания о времени их открытия в будущем, а также назвал ученика, который их откроет. Эта направленность в будущее его духовной миссии и определила то особое место, которое Падмасамбхава занял во внутреннем мире тибетцев, и его значение для настоящего времени.

В учениях терма содержатся методы реализации, предназначенные для конкретной эпохи, конкретного поколения людей и конкретного человека, открывшего их.

Эти учения открываются и до сих пор. Они стали живым источником Дхармы для многих поколений буддийских практиков. Сам принцип возможности постоянного самообновления духовной традиции, заложенный в терма, определяет их огромное значение. Присутствовали в терма и предсказания, непосредственно относящиеся к европейцам, которые гласили, что в период упадка Тибета Дхарма придет на «землю белых людей».

Благословив землю Тибета и приведя сотни учеников и учениц к высшей реализации, Падмасамбхава дал последние наставления своей ближайшей ученице и сподвижнице Йеше Цогьял, принцу Лхасе и другим ученикам, после чего во исполнение другого предсказания Будды Шакьямуни «взошел на льва и отбыл по небу на континент Чамара, населенный кровожадными людоедами-ракшасами». Обратив их в буддизм, он воздвиг на вершине Славной Горы Цвета Меди немыслимый Дворец Лотосового Цвета – свою чистую землю. Сказано, что он пребывает там и по сей день как держатель знания и будет оставаться до конца сансары, поддерживая всех идущих по пути Тантраяны. 

Когда Шантаракшита пришел в Тибет, он осознал, что сопротивление учениям Буддизма было сильным. Метафизическое и психологическое содержание Дхармы Будды имело мало отношения к местной религии. Однако перспектива возникновения сообщества самодисциплинированных личностей, связанных обетами и верными своему наставнику создавало перспективу появления новой мощной социальной и политической силы в Тибете. Бонские священники создали два направления аргументации против строительства монастыря Самье. Министры возражали против изменения традиций и появления новой политической единицы. Священники приложили свои магические навыки для того, что бы создать грозные предзнаменования, показывающие несчастье местных божеств по поводу присутсвия Щантаракшиты. Трисог Децен не был абсолютным монархом и, когда он почувствовал, что его принуждают отменить планы по установлению буддийской традиции в Тибете, Шантаракшита предложил ему следующее: он, Шантаракшита, уйдет из Тибета, а в Лхасу пригласят Падмасамбхаву.