Однако насильственные действия японцев против европейцев получали ответную реакцию. Так, в ответ на убийство в 1862 году самураями британца Ричардсона английская эскадра в качестве возмездия провела военную демонстрацию у портового города Кагосимы. Этот город на острове Кюсю, столица княжества Сацума, был подвергнут жестокой бомбардировке с моря.
Затем в начале сентября 1864 года международная военная эскадра (Великобритания, США, Франция и Голландия) огнем своей корабельной артиллерии полностью разрушила береговые батареи японцев, сооруженных и защищаемых местным князем Мори на берегах Симоносекского пролива. Сильной бомбардировке с моря подвергся город Симоносеки (Тесю).
Россия отказалась присоединиться к подобным карательным действиям. Летом 1865 года русская эскадра вообще покинула японские воды. В них остался лишь один корабль - корвет "Варяг" - для нужд консульства России в городе Хакодате. Русскому консулу в нем Е.К. Бюцову в инструкции, утвержденной императором Александром II, предписывалось придерживаться, как и прежде, невмешательства во внутренние дела Японии и ее ициденты с западными державами.
В 1872 году русский консул в северном портовом городе Хакодате был назначен посланником России в Эдо (Токио). В инструкции российского правительства Е.К. Бюцову подчеркивалось:
"Мы занимаем в отношении Японии совершенно исключительное положение, отличное от того, в котором находятся другие иностранные государства; оно обусловлено, с одной стороны, близким соседством нашим к Японии, с другой отсутствием, по крайней мере на некоторое еще время, торговых интересов, привлекающих туда другие нации; наше соседство не позволяет нам оставаться равнодушным ко всему, происходящему в Японии; мы должны зорко следить за ее внутренним развитем, отсутствие же торговых интересов дает нам возможность быть гораздо снисходительнее других держав в наших требованиях и даже оказывать поддержку японскому правительству".
После окончательного подавления самурайского сопротивления центральной власти и стабилизации внутреннего положения в стране Восходящего Солнца, японцы возобновили заселение Южного Сахалина, образовав там ряд поселков. У местных жителей айнов были захвачены все рыбные ловли. В ответ на это российские власти укрепили старые и основали ряд новых военных постов, в том числе Корсаковский. На остров прибыли новые партии ссыльнокаторжных.
Однако назревавшему конфликту не суждено было быть. В апреле 1875 года в Санкт-Петербурге японский посланник в России Эномото Такзаки подписал договор, по которому Сахалин полностью переходил к России в обмен на принадлежавшие ей 18 островов северной и центральной части Курильской гряды. Японским судам давалось право рыбной ловли в водах Сахалина, Камчатки и Охотского моря. В порту Корсаков учреждалось японское консульство. Японцам, поселившимся на Сахалине, давалась возможность остаться там, но при условии подчинения законам владеющей островом страны.
7 сентября 1875 года в знак утверждения прав Российской державы на весь остров Сахалин в Корсаковском порту в торжественной обстановке был поднят русский флаг. Акт обмена Сахалина на российскую часть Курильской гряды свидетельствовал прежде всего о стремлении России по-добрососедски строить свои отношения с Японией.
В сознании японцев, касты самураев, правящих кругов страны начинает превалировать мысль о том, что задача немедленного изгнания любых иностранцев из пределов Японии становится просто невозможной. Постепенно утверждается противоположный взгляд на собственную историю: чтобы стать действительно сильным государством, хотя бы в нескором будущем, необходимо заимствовать у иностранцев все то, что делало их сильными и уверенными в себе. Так начинал изменяться менталитет целого народа - многочисленного, трудолюбивого, склонного к организованности и самодисциплине и воинственного как свидетельствует национальная история.
В такой внутриполитической ситуации японский император начинает борьбу с феодальным правительством сиогуна за возвращение себе подлинной власти в стране. В апреле 1863 года микадо вызывает сиогуна Токугаву к себе во дворец, в город Киото, для объяснений. Таким образом впервые за двухвековой промежуток истории Японии сиогун предстал перед истинным, обожествленным государем страны Восходящего Солнца. Среди прочего всесильному до того сиогуну было указано, что международные договора получают полное и окончательное одобрение не им, а лично микадо.
Враждебное отношение к сиогунату охватывает весь юг и юго-запад Японии - местных владетельных феодалов из кланов Тесу и Сацума, их воинственных самураев, простонародье. Повышение цены на рис вызвало массовые крестьянские восстания. Таким положением неприминул воспользоваться вступивший в январе 1867 года на японский престол пятнадцатилетний Муцухито. Он приобрел надежных сторонников среди феодалов, стоявших вне влияния сиогуна Токугавы (у власти находился последний сегун из этого феодального рода - Кэйки или Хитоцубаси), и в последних числах декабря этого года обнародовал высочайший указ об упразднении сиогуната и о своем вступлении в фактическое управление делами государства.
Самовластные феодалы и самурайские кланы в лице юного императора Муцухито обрели грозного противника в борьбе за фактическую государственную власть на Японских островах. Микадо, обожествленный всем укладом исторической жизни страны Восходящего Солнца, решил обрести свою истинную власть. Не случайно первые страницы в учебниках японской истории для начальных школ начинались словами:
"Предком его величества императора является Аматэрасу, богиня солнца, добродетели которой ярки и благотворны, как сияющие звезды..."
Японией сначала правил принц Ниничи-но-Микото, внук Аматэрасу...
Прежде чем он стал императором Японии, его бабушка сказала ему: "Ты будешь править этой страною, и твоя императорская власть будет столь же долговечна, как долговечны звезды и мир".
На основе этих слов и построена японская империя.
Восстановление былой власти микадо, естественно, привело к междоусобной вооруженной борьбе в Японии. Она, в частности, вылилась в "войну Четырех Углов" и "войну Бошин" (войну за Реставрацию). Императорским войскам пришлось вести большую и кровопролитную войну против северных феодалов и их самураев, сторонников власти сиогуната, брать штурмом сильные крепости Йедло и Вакамуцу. Сражением при Вено близ Токио было покончено с властью сиогуната феодального клана Токугава. Бывший сегун Кэйки после поражений в сражениях при Фусими и Тоба в окрестностях Киото в мае 1868 года без боя сдает свою резиденцию - замок Эдо. В стране власть переходит в руки западных феодальных кланов.
Микадо Муцухито особенно трудно далось усмирение стойкого во взглядах и в войне адмирала Еномото (Эномоно) Такэаки, командовавшего сиогунским флотом. Адмирал со своим флотом отплыл на южное побережье острова Хоккайдо и провозгласил там "дворянскую республику". Он сопротивлялся своему обожествленному императору с огромным упорством и удивительно долго, сдавшись войскам микадо только в середине 1869 года.
Этот год в японской истории считается началом новой эпохи под названием "Мэйдзи" (в буквальном переводе - просвещенное правление, официальное название периода правления императора Муцухито с 1868 по 1912 год). Имя императора теперь тоже стало Мейдзи. А связанные с этим события вошли в японскую историю под названием "Мэйдзи исин" (Реставрация Мэйдзи).
Затем началась серия самурайских мятежей, направленных против централизации власти в стране. В этих мятежах приняло участие несколько десятков тысяч представителей военной касты Японии - самураев. Больше всего они были недовольны созданием национальной армии на основе всеобщей воинской повинности. Недовольные нововведениями, самураи восставали с оружием в руках против центрального правительства, но не против императора страны Восходящего Солнца.
В 1877 году императорские войска с большим трудом подавляют восстание клана Сацума на острове Киу-Сиу (Кюсю), под предводительством популярного японского военачальника Сайго Кичиноско. В конце сентября того же года он начал марш на Токио во главе 4-тысячной самурайской армии княжества Сацумы, но потерпел полное поражение от правительственных войск и погиб в битве близ города Кумамото. Самурайские войска Сайго Кичиноско были рассеяны и больше воедино не собирались.