9 октября 1918 г. члены Директории прибыли в Омск, где были встречены враждебно. Временное Сибирское правительство мешало Директории проникнуть в город (под предлогом отсутствия помещения), и в течение двух недель Директория размещалась в вагонах на ж/д ветке, получив прозвище «воробьиного правительства». Тем не менее 9 октября 1918 г. Омск, нежданно-негаданно для его жителей, приобрел статус «всероссийской столицы».

Между тем в Казани 7 августа 1918 г. белогвардейцы захватили золотой запас России. Его перевезли сначала в Самару, затем в Уфу, а после того, как окончательно решился вопрос с резиденцией Директории, 13 октября 1918 г. на двух эшелонах доставили в Омск. Все привезенное (8 тыс. 399 ящиков, 2468 мешков и 18 сумок с драгоценностями) сгрузили в кладовые Омского отделения Государственного банка.

14 октября 1918 г. в Омск из Харбина прибыл вице-адмирал А.В. Колчак, которого английское правительство направило «…для работы в Маньчжурии и Сибири». По прибытии в Омск Колчак нанес визиты членам Директории. Болдырев попросил вице-адмирала как официально, так и лично остаться в городе, так как собирался использовать его «для более широкой задачи». Колчак встретился с представителями Добровольческой армии и узнал, что они относятся к новой власти крайне отрицательно, говоря, «что Директория – это повторение того же самого Керенского <…>, и она неизбежно приведет Россию снова к большевизму». Колчак выступил с докладом о положении на Дальнем Востоке. Через два дня после этого ему поступило официальное предложение от Болдырева занять пост военного и морского министра.

3 ноября 1918 г. появилась декларация Временного Сибирского правительства о передаче верховной власти на территории Сибири Директории, а 4 ноября Указом Директории был создан Совет министров (Временное Всероссийское правительство). Председателем Совета министров назначался П.В. Вологодский, военным и морским министром – А.В. Колчак.

Члены Директории вели бесконечные дискуссии о будущем устройстве России. Армия же состояла из разрозненных и плохо вооруженных отрядов. Промышленность разваливалась, деревня перешла на натуральное хозяйство. Офицеры все чаще заговаривали о том, что нужно разогнать эту «говорильню» и передать власть «сильной руке».

Много лет считалось, что переворот 18 ноября 1918 г. совершил Колчак. Но так ли это на самом деле? К вице-адмиралу действительно поступали предложения присоединиться к заговору, но Колчак отвечал: «У меня нет армии, я человек приезжий и не считаю возможным принимать участие в таком предприятии, которое не имеет под собой почвы». Как бы то ни было, именно на волне этого переворота Колчак и стал Верховным правителем. Все произошло неожиданно. Колчак к тому времени уже отказался от занимаемого им поста военного и морского министра. «Я здесь уже около месяца военным министром и до сих пор не знаю своего положения и своих прав. Подчинены ли мне войска или нет, в каких взаимоотношениях я нахожусь с командованием фронта… Вместо деловой борьбы здесь идет политическая борьба, в которой я принимать участия не хочу, потому что считаю ее вредной для ведения войны». Одно несомненно: военная верхушка, как русская, так и чешская, не одобряла действий Директории и даже пыталась игнорировать Директорию как правительственное образование. Директории не доверяли. Назревал переворот, и он совершился.

В ночь на 18 ноября 1918 г. в Омске арестовали членов Директории Н.Д. Авксентьева, В.М. Зензинова, А.А. Аргунова и заведующего делами милиции Е.Ф. Роговского. Арестованных разместили в здании сельскохозяйственной школы в Загородной роще (20 ноября 1918 г., снабдив деньгами, их отправили за границу).

Утром на заседании Совета министров был решен вопрос о Верховном правителе России. Предлагались кандидатуры А.В. Колчака, В.Г. Болдырева и Д.Л. Хорвата. В результате 12 голосов из 13 были отданы за А.В. Колчака.

Его власть признали белые генералы А.И. Деникин и Н.Н. Юденич, установление диктатуры поддержали представители английской, американской и французской миссий. Чехи весьма сдержанно отнеслись к подобному акту смены власти, заявляя даже о готовности противодействовать «перевороту». Однако настроения лояльности и невмешательства оказались сильней. Одновременно с провозглашением Верховным правителем А.В. Колчак был произведен в чин полного адмирала.

В короткий срок Колчак сумел создать армию численностью 150 тыс. чел., которая весной 1919 г. перешла в наступление по всему фронту. 8 марта военная сводка сообщила о взятии Оханска и глубоком обходе Осы.

14 марта войска Сибирской армии заняли Уфу, то есть практически оттеснили «красных» за Урал. На севере лыжники Сибирской армии вошли в соприкосновение с войсками Архангельского правительства. В этом была и определенная заслуга Колчака, сумевшего вселить надежду и уверенность в солдат. Казалось, что еще немного, и впереди будет Волга, а за ней Москва. Английские, французские, японские и американские союзники поставляли Омскому правительству оружие и снаряжение.

Но в апреле 1919 г. Южная группа Красной армии под командованием М.В. Фрунзе перешла в наступление и нанесла поражение частям деникинской армии. Затем Красная армия начала наступление на Восточном фронте.

И тут случилось то, чего не ожидал ни Колчак, ни его западные покровители. В конце июля 1919 г. в районе Челябинска голодные, плохо вооруженные красные отряды 26-летнего бывшего поручика императорской армии М.Н. Тухачевского разбили отборные офицерские полки генерала М.В. Ханжина. Белые начали отступать на восток, теряя город за городом. Причина поражения была не только в массовой мобилизации, которую красные провели под лозунгом «Все на борьбу с Колчаком!». Крестьяне не хотели воевать за белых – те были для них «господами». Кроме того, белогвардейцы быстро восстановили против себя население грабежами и расстрелами, зверствами контрразведки. Особенно свирепствовали отряды атамана Г.М. Семенова, прозванного «забайкальским тигром». После его очередной расправы в тайгу, к партизанам, уходили толпами.

Позже сложилось мнение, что талантливый флотоводец Колчак оказался негодным генералом и правителем, что бездарное окружение вертело адмиралом как хотело. От имени «белой» власти занимались разбоем атаманы, которые практически не подчинялись Омскому правительству. Тот же Г.М. Семенов предпочитал воевать с мирным населением и не отправлял на фронт ни одного бойца. На передовой воевали в основном насильно мобилизованные крестьяне. При первой же возможности они разбегались или переходили к красным.

В октябре колчаковцы были разбиты под Тобольском. Из Омска на восток уходили десятки поездов с войсками, беженцами и их имуществом. 10 ноября 1919 г. на пяти железнодорожных составах Омск покинуло Российское правительство. Резиденцией Верховного правителя был избран Иркутск. А 12 ноября на восток, на семи поездах, три из которых везли золотой запас России, из Омска отправился Верховный правитель России А.В. Колчак.

14 ноября 1919 г. после стокилометрового броска и прохода по молодому льду через Иртыш полки 5-й Красной армии под командованием М.Н. Тухачевского ворвались в Омск. К этому времени город уже покинули представители американских, английских и французских фирм, иностранные советники при ставке Верховного правителя, предприниматели, профессора.

Колчак погрузился в правительственный эшелон, собираясь перебраться в новую столицу – Иркутск. Однако попал он туда нескоро и не в качестве Верховного правителя.

5 января 1920 г. лишенный фактических рычагов управления адмирал согласился передать власть генералу А.И. Деникину, а управление Восточной окраиной – Г.М. Семенову и перешел в чешский вагон, попросив покровительства союзников. Но уже 14 января чехи в обмен на свободный проезд по территории России выдали адмирала большевикам. 15 января 1920 г. в 21 часа 50 минут по иркутскому времени Колчака и его офицеров арестовали, под усиленным конвоем перевели через замерзшую Ангару, а потом на автомобилях доставили в Александровский централ. Сначала Иркутский ревком намеревался устроить открытый судебный процесс над бывшим Верховным правителем. Но 6 февраля остатки армии Колчака подошли к Иркутску, и ревком вынес постановление о немедленном расстреле адмирала. 7 февраля 1920 г. в 4 часа утра А.В. Колчака и В.Н. Пепеляева расстреляли на берегу р. Ушаковки, тела сбросили в прорубь.