Узнав о соборном решении, Генрих снова явился с войском перед Римом и потребовал исполнения тайного договора – императорской короны или от Григория, или от другого папы. Клирики и миряне стали осаждать Григория просьбами об уступчивости: падая к его ногам, молили они спасти город, стоящий на краю гибели. Измученный этим раздирающим душу зрелищем папа изъявил готовность короновать своего противника, если тот всенародно принесет покаяние и попросит о снятии отлучения. В противном случае он удостоится не венца императорского, а вечного проклятия. Впрочем, Григорий не льстил себя надеждой, что король подчинится этим условиям, и предложил еще один исход: Генрих подойдет к стенам замка св. Ангела, а папа опустит ему на шесте императорскую корону. Римляне довели до сведения короля предложения папы. Генрих объявил, что усматривает в них насмешку, и требовал немедленного исполнения клятвенного договора. Римляне, по совету Григория, отвечали, что сам король не желает получить от папы диадему, а потому они свободны от всяких обязательств. Изворотливость Григория на этот раз выручила его из беды, но ненадолго. Приближалась новая опасность: Генрих опять осадил Рим, получив из Византии денежное подкрепление. Золотом и мечом укрощал теперь раздраженный вероломством король рвение римлян. Ни просьбы, ни угрозы их не действовали на папу, не склоняли его к примирению, тем более к сдаче. Эта железная непреклонность уже стала раздражать население. Нашлись и изменники: Генриху вскоре отворили ворота св. Иоанна, и он завладел Латераном. Народ с громким ликованием приветствовал вступление короля, усматривая в близком будущем полное прекращение ненавистной и тяжелой войны. Только в немногих крепких башнях и зданиях, уцелевших от античного Рима, держались сторонники папы. Король решил ускорить течение событий: по его приказанию был созван собор, на который Григория трижды приглашали явиться для личного оправдания перед судом королевским. Понятно, папа не явился. Тогда над ним заочно произнесли анафему в храме св. Петра и торжественно низложили, а римляне подали свои голоса в пользу Виберта, который и был посвящен в сан наместника апостолов под именем Климента III. Через неделю (1084 года 31 марта) новый первосвященник возложил на Генриха и его верную Берту императорский венец. Хотя рьяные григорианцы отрицали законность этого посвящения и коронования, однако римляне спешили доказать свою преданность новым повелителям: они отняли у сторонников Григория все их твердыни заисключением замка св. Ангела и еще одной древней постройки, отстаиваемой родственником папы. Все атаки немцев и римлян на замок св. Ангела были отбиты, нападавшие понесли большие потери. Тогда последний оплот Григория был окружен стеной и отрезан от остального мира. Жизнь осажденных висела на волоске; в их сердцах чуть теплилась надежда на помощь Роберта Коварного. Одному из клириков, разделявших с папой ужасы осады, удалось проскользнуть из замка св. Ангела к норманнскому герцогу и описать безотрадное положение Григория в таких ярких красках, что Роберт немедленно поспал на выручку папы многочисленное войско из норманнов, южных итальянцев и сицилийских арабов: неверные, враги Христа и отлученные отстаивали теперь наместника св. Петра. Весть о сильных вооружениях Роберта побудила императора отступить для собрания войск и возложить продолжение осады на римлян. Едва могущественный вассал св. Петра подступил со своим сбродом к стенам Рима, как измена открыла ему ворота и в самое короткое время повергла противников к его победоносным стопам. Папа покинул свое убежище и перешел в норманнский стан. Тем временем несчастный Рим был отдан за свою измену на разграбление диким наемным толпам. Вдобавок в разгар грабежа был убит один норманн, и Роберт справил ему кровавую тризну: многие здания – наследие классической древности – были разрушены; церкви, основанные первыми христианами, обращены в пепел; тысячи жилых строений преданы пламени; множество граждан убито. Грубые шайки наемников вели себя, как свирепые звери; женщины и девушки были для них игрушкой и потехой; отцы, мужья и братья гибли в адских муках. Повсюду слышались стоны. Громадное количество уцелевшего при разгроме населения было захвачено в плен и продано в рабство сарацинским купцам. Мрачные думы терзали Григория при виде всех этих ужасов, проклятия, сыпавшиеся на его голову за призыв норманнов, звучали в ушах. Но папа считал разрушение Рима справедливой карой за измену его жителей: он привел город к возрождению от ига баронов, он же и уничтожил посеянное и взлелеянное благосостояние. Стало быть, восторжествовала одна предвечная правда. Иного взгляда придерживались римляне: их преданность императору пустила глубокие корни за эти кровавые дни. Дальнейшее пребывание Григория в Риме сделалось невозможным: только под охраной норманнских копий он мог чувствовать себя огражденным от злобы римлян и надвигающихся сил Генриха. Папа как жалкий беглец принужден был следовать за Робертом, которого столько раз громил отлучениями. Горсть верных разделила участь своего главы и пошла вместе с ним в изгнание.

Сначала Григорий приютился у Дезидерия Монтекассинского, давно уже порицавшего непреклонность и жестокость папы. Хотя ему был оказан самый радушный прием, Григорий вскоре удалился в Салерно, не желая читать затаенную радость в глазах своего хозяина. Тем временем Климент III утвердился в Риме, куда Григорию не суждено было возвратиться. Но он и в Салерно остался таким же железным человеком, каким был в Риме. На созванном соборе он опять предал анафеме Генриха и Виберта, опять разослал по всему миру легатов для воодушевления старых друзей и приобретения новых. В последнем вышедшем из-под его пера окружном послании “ко всем верным во Христе, любящим апостольский престол”, Григорий выражал свои дальнейшие намерения и свое настроение.

Здесь он с силой восставал против угнетенного положения “святой церкви, невесты Христовой, которая не может сама избрать себе жениха, тогда как даже простолюдинки вольны отдать свою руку кому угодно. Еретики, прелюбодеи и угодники сильных разоряют церковь, занимая должности пастырей. Исполняя долг свой, кричу, кричу и кричу, возвещая вам: христианская религия и истинная вера, которой научил чрез Отца Сын Божий, сошедший с небеси, вполне превратилась в светские обычаи и почти уничтожена. Она утратила свой прежний блеск и служит предметом издевательств и насмешек не только дьявола, но и евреев, сарацин и язычников. Они исполняют законы своей веры, хотя она и не принесет им вечного блаженства и не подтверждена божественными знамениями. Мы, плененные мирским честолюбием и суетными страстями, жертвуем верой и честным именем произволу желаний и высокомерию и живем в беззаконии как глупцы, ибо не имеем утех и чести ни в этой, ни в будущей жизни и не надеемся на них так, как следует. Есть люди богобоязненные, но их очень немного, да и эти немногие заботятся только о своей душе, не об общем благе своих братии. Кто приложит душу и силы свои из страха или любви к Богу, в коем мы живем, движемся и существуем? А это делают воины мирские для своих владык, даже для друзей и подчиненных. Многие тысячи идут ежедневно на смерть за временных властителей; из-за Царя же Небесного и нашего Спасителя не только не идут на смерть, но и стыдятся навлечь на себя малейшее недовольство людское. И если есть незначительная горсть людей, по Божьему милосердию стремящихся из любви к заповедям Бога противодействовать нечестивым до последнего дыхания, братья не только не поддерживают их достойным образом, но даже считают их неразумными, неосторожными безумцами! И мы, исполняя свой долг, стремились, чтоб святая церковь, Божия невеста, госпожа и мать наша, оставалась чистой, свободной и неприкосновенно-православной. Это раздражило исконного врага. Он вооружил против Христа, Сына всемогущего Бога, и его апостола Петра чад своих с целью искоренить веру христианскую и водворить на ее месте ересь, что не слыхано с самых времен императора Константина.

Да и немудрено: чем ближе подходит время антихриста, тем более, как известно, будет угасать вера христианская. Ныне, братья возлюбленнейшие, выслушайте внимательно слова мои. Все, кто только носит на земле имя христианина и знает истинную веру Христову, ведают и верят, что блаженный Петр – князь апостолов, отец всех христиан и первый, по Христе, пастырь, а святая римская церковь – мать и наставница всех церквей. Если вы только верите и твердо придерживаетесь этого взгляда, то прошу и приказываю вам, во имя всемогущего Бога, помогите со всем старанием вашему отцу и вашей матери, если желаете получить от них прощение всех грехов, благословение и милость в этой жизни и в будущей”.