Университет был окончен. Что делать дальше? Вопрос этот помог решить Н. П. Вагнер. На кафедру зоологии был нужен прозектор (должность, соответствующая теперешнему лаборанту). Зная искусство Богданова в приготовлении музейных препаратов и хорошее знакомство с коллекцией кафедры, Вагнер пригласил его на эту должность. М. Н. Богданов остался в Казанском университете.
Два с половиной года, с января 1866 по июнь 1869 г., он проработал прозектором. В 1868 г. вышла в свет первая научная публикация Богданова «Биогеографический очерк тетерева полевого Tetrao tetrix L.». Дополнительные материалы, собранные уже после окончания университета, дали возможность сделать полное описание годового жизненного цикла тетерева и распространения его в Симбирской губернии. Большой интерес представляло описание случаев окраски с совмещением признаков обоих полов («гермафродитная окраска», как назвал ее Богданов). Очерк о тетереве написан живо и ярко, почти беллетристическим стилем.
В эти годы русское естествознание переживало большие сдвиги, отразившиеся на всей его дальнейшей судьбе. Борьба за самостоятельность отечественной науки, за возможность ее независимого развития побуждала ученых России объединить свои усилия. Назрела необходимость организационно оформить свое идейное единение, совместно выработать программу все расширявшихся научных исследований.
Еще в начале 60-х годов ученые России предпринимали попытки созвать общероссийский научный съезд. Однако царское правительство упорно препятствовало этому. И только упорная борьба привела к тому, что наконец в 1867 г. разрешение было получено.
Первый съезд русских естествоиспытателей проходил в Петербурге в декабре 1867 г. Организатором и председателем его был видный зоолог, профессор Петербургского университета К. Ф. Кесслер. Первый съезд был настоящим форумом русских ученых-натуралистов. На его шести секциях (математики и астрономии, физики и химии, минералогии и геологии, ботаники, зоологии, анатомии и физиологии) обсуждались все важнейшие проблемы русского естествознания того времени — от проблемы вида в трудах Дарвина до развития отечественного воздухоплавания и введения десятичной системы измерения. Большое количество докладов было посвящено роли естественных наук в жизни общества, их воспитательному, идеологическому и практическому значению.
На съезде было принято важное решение о создании при университетах обществ естествоиспытателей, оказавшее непосредственное влияние на дальнейшее развитие русского естествознания. Инициатором этого решения был К. Ф. Кесслер. Он подчеркнул, что Россия крайне плохо изучена в отношении своих природных ресурсов, что для организации планомерных исследований в этом направлении недостаточно усилий энтузиастов-одиночек. Такая задача по плечу только целым коллективам исследователей, а для этого необходимо создание ученых обществ.
Было решено при всех русских университетах создать общества естествоиспытателей, в задачу которых входило развитие различных отраслей естествознания не только в университетских городах, но и в областях, эти города окружающих, проведение геологических, ботанических и зоологических исследований, помощь натуралистам-любителям и молодым ученым в собирании коллекций по зоологии, ботанике и геологии.
Подводя итоги работы съезда, председатель его К. Ф. Кесслер призвал всех русских ученых «работать всеми силами, соединенными силами, для широкого развития естественных наук в пользу и честь русского народа» (III, 20, стр. 15).
Решение съезда о создании обществ естествоиспытателей было претворено в жизнь в последующие два года (1868—1869 гг.). В это время такие общества возникли при всех русских университетах.
При Казанском университете общество естествоиспытателей возникло в мае 1869 г. Организаторами его были Н. П. Вагнер и Богданов. Вагнер стал председателем, Богданов— секретарем. С этого времени Модест Богданов делается одним из самых деятельных его членов.
Казанский университет в те годы был крайним форпостом русской науки на востоке страны. За Казанью простирались малоисследованные волжские степи, далее Урал, а за ним и вся необъятная Сибирь. В «Отчете о деятельности Общества естествоиспытателей при Казанском университете в течение первого (1869—1870) года его существования» М. Н. Богданов писал о широких задачах общества по исследованию Восточной России и Сибири и о небольших его возможностях в этом отношении при недостатке научных сил. На первых порах предполагалось ограничиться частными обследованиями отдельных районов Поволжья, Урала и Арало-Каспийских степей. Богданов считал первоочередной задачей общества проведение геологических и ботанических исследований в Поволжье. Сам он хотел заняться био-географическим изучением зверей и птиц в этом же районе.
Молодой ученый становится популярным не только в Казани, но и в среде петербургских зоологов. Работа Богданова «Биогеографический очерк тетерева полевого», представленная Н. П. Вагнером Первому съезду русских естествоиспытателей, получила одобрение на съезде и была напечатана в его трудах. Сам Богданов с огромным увлечением отдался исследованию фауны Поволжья, вкладывая в это все свои силы и время.
Как оценивал Богданов роль естествознания .и какие цели ставил перед собой в собственном научном творчестве?
Несмотря на то что Богданов только начинал свой путь в науке, он уже совершенно ясно определил свое научное credo. На одном из заседаний общества естествоиспытателей он выступил с заявлением, которое можно считать программным для всей его деятельности. Критически оценивая состояние русского естествознания в прошлом, он указал, что «исключительно фактическое направление, так долго тяготевшее над естествоиспытанием, разбивало и разрознивало рабочие силы, а вместе с тем терялась в мелочах общая цель знания, исчезала его утилитарность». Такое направление Богданов считал бесплодным. Он видел настоятельную необходимость объединить научные силы, приблизить науку к практике. Наука, подчеркивал Богданов, должна прежде всего принести «практическую пользу социальному и экономическому развитию общества вообще» (I, 8, Протоколы, стр. 13).
Понимание социального значения науки помогло Богданову с самого начала сочетать разработку научных вопросов с постоянным стремлением к их практическому приложению и с широкой пропагандой естественнонаучных знаний.
Исследования Богданова в годы пребывания в Казани были в основном посвящены изучению фауны Поволжья. Материалы, собранные в 1869 и 1870 г., пополнили прежние сборы. Они легли в основу большого труда, который стал магистерской диссертацией Богданова. Работа эта составила заметный этап не только в творческой биографии ее автора, но и в развитии русской зоологии. Именно поэтому следует подробнее остановиться на истории ее создания.
Летом 1869 г. общество естествоиспытателей направило Богданова в путешествие по Волге. Задачей поездки было изучение жизни, нравов и привычек животных в их естественной обстановке, зависимости их от условий внешней среды, отношений между собою, определение границ распространения животных форм, уяснение исторического хода их расселения и связанных с ним изменений типа.
В записке, поданной обществу перед отъездом, Богданов формулировал выводы, которые ему удалось сделать на основе предшествующих восьмилетних наблюдений над фауной Среднего Поволжья. По его мнению, на расселение, жизнь, привычки, а следовательно и на изменение типа животного более всего оказывает влияние пища. Границы областей отдельных видов почти никогда не бывают неподвижны, а постоянно и неравномерно передвигаются. Между прочим, Богданов уже тогда отметил общее движение степной фауны на север, где жители степей акклиматизируются в полях. Лесные виды по мере уничтожения лесов в средней полосе России отступают еще далее на север. История расселения животных, утверждал Богданов, тесно связана с геологическими изменениями страны в послетретичный период, чем он объяснял прохождение пограничной линии средне- и южнорусских форм и северных лесных форм через Казань и Киев (I, 9, стр. 10—11).
Богданов стремился проверить свои выводы на большом материале и предпринял изучение фауны всей черноземной полосы Поволжья от северных до южных ее границ. Он просил общество естествоиспытателей направить в экспедицию совместно с ним ботаника, так как считал, что только сочетанием зоологических, ботанических и геологических исследований можно основательно изучить историю и ход органической жизни страны.
Казанское общество естествоиспытателей командировало вместе с Богдановым ботаника О. О. Баумана. Путешественники направились вниз по Волге, делая остановки в отдельных пунктах правобережья. Богданов предполагал спуститься до южных пределов Самарской и Воронежской губерний и проникнуть в бассейн Дона, с тем чтобы проследить южную границу чернозема и распространение связанных с ним животных и растений. Но так далеко пройти им не удалось. Было изучено распределение чернозема на западном берегу Волги между 49 и 55° с. ш. и около низовьев Камы, определены границы распространения типичных представителей фауны и флоры.
Собранный Богдановым обширный материал давал возможность составить карту распространения лесов на западном побережье Волги и выделить основные зоогеографические районы, сделать определенные выводы об историческом движении фауны и впервые набросать общую картину хода органической жизни на Русской равнине в послетретичное время.