Церковная уния еще ухудшила положение, созданное последствиями унии политической. Вражда вероисповеданий, вызванная в Западной Руси католической пропагандой в XV в., обострилась с появлением в Литве иезуитов во второй половине XVI в. Под их влиянием вероисповедный индифферентизм последнего Ягеллона сменился католической ревностью не по разуму короля Сигизмунда III. Поддерживаемые им иезуиты скоро овладели в Литве правительством и высшим обществом, церковной кафедрой, школой и, подавив напускное аристократическое увлечение протестантизмом, направили все эти силы против православной Западной Руси. В здешней православной иерархии они не встретили должного отпора. Равнодушное или пренебрежительное отношение литовско-польского правительства к западнорусской православной иерархии помогло проникнуть в ее среду людям, недостойным звания пастырей, способным только расстроить церковный порядок. Но тогда на защиту православной веры и русской народности поднялись миряне, сперва вельможи, как кн. Константин Острожский, а потом церковные братства. Грозная опасность вызвала наружу скрытые народные силы. Городское самоуправление по магдебургскому праву и цеховое устройство мещан воспитало в западнорусских городах дух корпоративности и самодеятельности. Под иезуитским напором этот дух проник в религиозно-нравственную жизнь западнорусского общества. Братства из скромных собраний прихожан для братской трапезы в складчину в день храмового праздника преобразились в могущественные и властные товарищества взаимопомощи, благотворительности, народного просвещения и церковного благочиния, суда и управления, устрояли школы, типографии, госпитали. Львовское Успенское братство (в г. Львове, в Галиции) получило от антиохийского патриарха право общего надзора за церковным порядком, даже за образом действий своего епископа, и право отлучать от Церкви: овцы восхитили пастырский жезл. Епископы почувствовали себя между двух огней: католики преследовали их как православных пастырей, православные – как пастырей подозрительных. Чтобы выйти из унизительного положения, некоторые епископы с Киевским митрополитом Михаилом Рагозой, предводимые самым деятельным из них, епископом луцким Кириллом Терлецким, ухватились за мысль иезуита Скарги об унии русской Церкви с римской. Делу придан был вид интриги, построенной на двоедушии. Митрополит и епископы сговорились подчинить русскую Церковь папе, не спросив на то ее согласия, без полномочий, канонически от нее полученных. Епископы признавали главенство папы и принимали католическое вероучение, но сохраняли православные обряды и церковно-славянский язык в богослужении для того, чтобы православно-русское простонародье, равнодушное к вероисповедной догматике, не встревожилось крутым переломом в своей церковной жизни. Собор, созванный в Тресте (1596) для решения предпринятого дела, наглядно показал, что эта церковная уния на самом деле разделила западнорусскую Церковь на униатов и православных: обе стороны не решились совещаться совместно, заседали порознь и кончили переговоры тем, что прокляли друг друга. Загоревшаяся борьба поддержала, даже усилила умственное и нравственное возбуждение в русском обществе, оживила литературу, вызвала ряд превосходных полемических и апологетических произведений, подняла школьное образование. Но этот подъем не обошелся без жертв: со времени Петра Могилы, преобразователя Киевской братской школы, это образование изменило вековым греко-восточным преданиям русской Церкви, подчинилось влиянию враждебной стороны, против которой готовило борцов. Киевские ученые, при содействии Могилы довершавшие свое образование в Риме и других западных городах, не остались свободны от схоластических приемов, державшихся в высших католических школах, и эти приемы внесли потом в духовные школы восточной России: русская духовная семинария стала близко напоминать иезуитскую коллегию. Притом борьба вызвала жестокие гонения на православных, которым теперь приходилось бороться с двумя врагами: с чужими – католиками и со своими – униатами, а усиленная борьба может возбуждать народные силы, но не укрепляет их. Наконец, в религиозную борьбу вовлечена была вооруженная сила – малороссийское казачество. Оно состояло из городовых казаков, делившихся на полки по городам, в уездах которых казаки владели землей подобно городовым дворянам и детям боярским в Московском государстве (полк Переяславский, Миргородский и др.) и из запорожцев, образовавших под командой выборного кошевого атамана вольное боевое товарищество, средоточием которого служила укрепленная Сечь за днепровскими порогами. Польское правительство старалось усилить свою власть над казачеством, ограничить его число. Казаки сопротивлялись, но их восстания за казацкую свободу, начавшиеся в конце XVI в., встречали поддержку в порабощенном крестьянстве и во всем гонимом православном населении юго-западной Руси, получали характер борьбы за веру и народность, становились делом национально-религиозным. Долго казаки не имели удачи, пока не стал во главе их Богдан Хмельницкий, восстание которого в 1648 году завершилось присоединением восточной Малороссии к Московскому государству по Андрусовскому договору 1667 г. Таковы были следствия обеих уний, политической и церковной.

Соборное Уложение. Царь Михаил с Боярской Думой и земским собором деятельно работал над устройством государства, расшатанного смутой. Здесь им приходилось бороться со многими затруднениями; нужно было восстановлять, едва не вновь строить государство: до того был разбит весь его механизм. Все царствование Михаила прошло в усиленной законодательной деятельности правительства, касавшейся самых разнообразных сторон государственной жизни. Благодаря тому к началу второго царствования накопился уже обильный запас новых законов и почувствовалась потребность разобраться в этом запасе, привести его в порядок. Эта потребность и привела к составлению Уложения 1649 года.

Мысль составить Уложение, внушенная челобитьем «всяких чинов людей», исходила от государя с тесным собором, т. е. с правительственным советом, составленным из Освященного собора и Боярской Думы. Здесь 16 июля 1648 г. приговорили выбрать пригодные статьи из правил апостольских и святых отцов, из законов греческих царей, из прежних московских судебников, также из указов прежних государей и приговоров Боярской Думы, а по вопросам, на которые не отвечало прежнее законодательство, составить новые определения «по общему совету». Составить проект Уложения поручено было особой кодификационной комиссии из 5 членов: из бояр князей Одоевского и Прозоровского, окольничего кн. Волконского и дьяков Леонтьева и Грибоедова. Комиссия выписывала статьи из указанных в приговоре источников и составляла новые. Те и другие статьи «писались в докладе», т. е. представлялись государю с Думой на рассмотрение, и государь с Освященным собором и с думными людьми «того собрания слушал». В то время как шла эта кодификационная работа, в Москву «к тому общему совету» были созваны (к 1 сент. 1648 г.) выборные от всех чинов государства, по одному или по два представителя от каждого чина столичного и уездного. Этим выборным был прочитан составленный комиссией проект Уложения, после чего государь указал всему Освященному собору высшего духовенства, всем думным и выборным людям приложить к «списку» Уложения свои руки, т. е. скрепить свиток своими подписями. Этот список в начале 1649 г. был напечатан и разослан по приказам в столице и по городам в воеводские канцелярии, чтобы «всякие дела делать по тому Уложению».

Основные источники Уложения указаны в приговоре 16 июля: это 1) Кормчая, 2) московские судебники и 3) дополнительные к ним указы государей и боярские приговоры. Земский собор также послужил одним из источников этого свода. Съехавшиеся в Москву земские выборные обращались к правительству с челобитьями о своих нуждах. Эти челобитные вносились в кодификационную комиссию, рассматривались ею и докладывались государю, который вместе с Думою по возбужденным ими вопросам приговаривал, т. е. давал новые законы, обыкновенно «советовав с патриархом и со всем Освященным собором», а иногда поговорив также и с самими челобитчиками, с некоторыми или со всеми выборными людьми, со всем собором, если челобитье шло от «всяких чинов людей». Эти законы также вносились в Уложение. Кроме того, некоторые выборные «были для государевых и земских дел в приказе с боярами» кодификационной комиссии, т. е. вводились в ее состав в качестве сведущих людей для справок и указаний по отдельным вопросам законодательства и таким образом участвовали в составлении самого проекта Уложения. В сохранившемся подлинном свитке Уложения есть ссылки на Литовский Статут. Составители Уложения пользовались этим кодексом, следовали ему в расположении предметов, иногда даже в порядке статей, в подборе казусов и отношений, требующих законодательного определения, в постановке правовых вопросов, но ответов искали всегда в собственном праве, брали формулы самих норм, правовых положений, но только общих тому и другому праву, устраняя все ненужное или несродное праву и судебному порядку московскому, вообще перерабатывали все, что заимствовали. Таким образом, Статут послужил не столько юридическим источником Уложения, сколько кодификационным пособием для его составителей.