Предметный урок, полученный правителем в дни выборов, не пропал даром. Борис четко уяснил себе, что от знати зависит будущее династии, и старался заручиться поддержкой бояр. Свидетельством тому служили щедрые пожалования высших думных чинов. Княжеская аристократия, казалось, вновь обрела то влияние в Боярской думе, которым пользовалась до опричнины.

Борис Годунов сохранил пост главы думы за удельным князем Федором Мстиславским. Самое высокое положение в его думе занимали бояре князья Василий, Дмитрий, Александр и Иван Шуйские.

После опричнины князья Ростовские на 30 лет лишились боярских чинов. Борис пожаловал высшие думные чины Михаилу Катыреву-Ростовскому и Петру Буйносову-Ростовскому. После многолетних унижений Ростовские попытались «пересидеть» Мстиславских и Шуйских и вернуть себе первенство в думе. Стародубские князья, изгнанные в свое время из думы, снова появились там. Василий Хилков получил чин окольничего.

Опричнина сломила могущество князей Оболенских. Борис произвел в бояре Федора Ноготкова-Оболенского и использовал его блестящую родословную, чтобы подорвать местнические претензии Романовых.

Князь Андрей Куракин немало повредил Годунову в первые годы его правления, за что поплатился долгой ссылкой. После коронации Бориса он стал заседать в думе в боярском чине. Годунов не доверял князьям Голицыным, тем не менее пожаловал высший чин Василию Голицыну.

Скупее Борис жаловал чинами старомосковскую знать -Морозовых, Салтыковых, Шейных, Романовых, Шереметевых, Бутурлиных. Исключение он сделал лишь для своей многочисленной родни. За Годуновыми в думу, как помним, потянулись Сабуровы и Вельяминовы. Несмотря на родство с царем, младшие из его «братии» заняли в думе сравнительно скромные посты. Борис Годунов старался доказать свое уважение к привилегиям аристократии.

Получив высшую власть, Борис не вернул думному дворянству того влияния, которым оно пользовалось при Грозном. Число думных дворян при нем было невелико, а их роль незначительна. Бывшие сподвижники Годунова по опричнине рассчитывали на то, что его воцарение перевернет вверх дном устоявшуюся систему местнических отношений, но их надежды развеялись вмиг. Когда По-левы и Пушкины дерзко «заместничали» с «великими» Салтыковыми, их сразу одернули и наказали.

После 15 лет правления Годунов не страшился открытых выступлений и готов был подавить их силой. Но, подверженный суевериям, он чувствовал себя беззащитным перед тайными кознями. Чтобы спастись от «порчи», Борис обязал подданных клятвой на кресте «царя, царицу и детей их на следу никаким ведовским мечтанием не испортить, ведовством по ветру никакого лиха не посылать», «людей своих с ведовством, со всяким лихим зельем и кореньем не посылать, ведунов и ведуней не добывать на государское лихо».

Уже в первые годы царствования Бориса в Москве произошло несколько «колдовских» процессов. Первым заподозрен был в нарушении клятвы боярин Шуйский. В государственном архиве хранилось «дело доводное – извещали княж Ивановы Ивановича Шуйского люди Ян-ко Иванов сын Марков и брат его Полуехтко на князя Ивана Ивановича Шуйского в коренье и в ведовском деле». Дворяне Марковы занимали видное положение в свите Шуйских, и власти дали делу ход. Борис получил повод к расправе со всем родом Шуйских. Но он предпочел проявить снисхождение. Иван Шуйский избежал опалы и даже не был отставлен от службы. Боярина спасло то, что он принадлежал к верхам титулованной знати и не выступал против Бориса в дни междуцарствия.

При коронации Борис обещал править милостиво и никого не казнить. Его добрые намерения не осуществились. Героем первого политического процесса стал близкий родственник нового царя Богдан Вельский.

Летом 1599 года Вельский возглавил военную экспедицию на Северский Донец. Власти поручили ему основать близ Азова новую крепость, получившую претенциозное название Царев-Борисов.

Воевода отправился в поход в сопровождении многочисленного «двора» и с огромным обозом продовольствия, собранного в собственных вотчинах. В подчинении Бельского находилось 3000 дворян, стрельцов и казаков. Всю эту армию воевода щедро жаловал деньгами и платьем, поил и кормил из своих запасов. Он добивался популярности и достиг цели: слухи о его щедрости распространились по Москве, и ратные люди повсюду хвалили его.

Забыв об осторожности, Богдан Вельский без всякого уважения отзывался о Борисе, при этом он заявлял: «Пусть Борис Федорович царствует на Москве, а я теперь царь в Цареве-Борисове». Служилые иноземцы поспешили донести о его крамольных речах. Правительство переполошилось, отозвало Бельского из армии и отдало его под суд. После допроса свидетелей суд признал воеводу виновным. Вельский избежал тюремного заточения и казни, но для него изобрели наказание особого рода. «Мятежника» выставили к позорному столбу и лишили чести, выщипав, волос за волосом, всю его длинную бороду. Богдан Вельский потерял думный чин и отправился в ссылку в Нижний Новгород. Знать, со злорадством наблюдала за унижением бывшего опричного временщика.

Жертвой гонений стал не один только Богдан Вельский. На протяжении двух-трех лет все, кто активно противился избранию Бориса, либо подверглись прямой опале, либо были понижены в чинах.

Главный думный дьяк Василий Щелкалов к 1600 году перестал быть печатником. Вместо него Годунов сделал хранителем царской печати своего давнего сподвижника Игнатия Татищева. С лета 1601 года Щелкалова и вовсе отставили от дел. Современники утверждали, будто дьяк утратил и думные чины, н все имущество. Но, кажется, они были не вполне правы. Прошло три года, и думный дьяк Василий Щелкалов выставил в поле против самозванца полсотни вооруженных воинов из своих обширных вотчин. Как видно, опальный заслужил к тому времени прощение.

Наибольшим преследованиям подверглась семья бояр Романовых. Их дело началось совершенно так же, как и дело Ивана Шуйского. Дворянин Второй Бартенев, служивший в казначеях у Александра Романова, подал царю извет на своего боярина. Он сообщил, будто Романов хранит у себя в казне волшебные коренья и хочет «испортить» царскую семью. Подлинные документы о ссылке Романовых подтверждают, что они стали жертвами «колдовского» процесса. В них процитирована такая речь пристава, обращенная к закованному в железа Романову: «Вы, злодеи-изменники, хотели царство достать ведовством и кореньем». Телохранитель Бориса Конрад Буссов также отметил, что опальных Романовых обвинили в намерении извести царскую семью.