Слухи о близкой кончине Годунова искусственно возродили обстановку династического кризиса. Подготовляя почву для переворота, оппозиция распространяла в России и за рубежом слухи о болезненности и слабоумии наследника престола царевича Федора. Находившиеся в Москве польские послы утверждали, будто у Годунова очень много недоброжелателей среди подданных, число строгостей против них растет день от дня, но строгости не спасают положения. «Не приходится сомневаться,- писали поляки,- что в любой день там должен быть мятеж».

Становится понятным, почему в такой обстановке правительство высказало крайнюю тревогу по поводу действий Вельского и Романовых. Первый открыто добивался популярности в армии, вторые собрали в столице многочисленную вооруженную свиту. Польские послы потратили немало усилий на то, чтобы установить причины опалы Романовых. Собранная ими информация особенно интересна потому, что она исходила от московитов, симпатизировавших родне царя Федора. «Нам удалось узнать,- читаем в польском дневнике,- что нынешний великий князь (Борис-Р. С.) насильно вторгся в царство и отнял его от кровных родственников умершего великого князя Никитичей-Романовичей, Названные Никитичи-Романовичи усилились и, возможно, снова предполагали заполучить правление в свои руки, что и было справедливо, и при них было достаточно людей, но той ночью великий князь (Борис) на них напал».

Дневниковая запись раскрывает подлинные причины гонений на братьев царя Федора. Тяжелая и продолжительная болезнь Годунова подала Романовым надежду на то, что они вскоре смогут вновь вступить в борьбу за обладание короной. Малолетний наследник Бориса имел совсем мало шансов удержать трон после смерти отца. Новая династия не укоренилась, и у больного царя оставалось единственное средство ее спасения. Он постарался избавиться от претендентов на корону и отдал приказ о штурме романовского подворья.

Борису удалось потушить мгновенно вспыхнувший конфликт и стабилизировать политическую "обстановку в стране.

Во внешних делах Годунов стремился достичь длительной мирной передышки и раздвинуть восточные пределы государства. Сибирский хан Кучум понес несколько поражений от царских воевод, после чего откочевал с Иртыша в Барабинские степи. В 1598 году воеводы вновь построенного Тарского городка отправились по следам Кучума в глубь степи и подвергли разгрому его становшца. Семья хана и множество его слуг попали в плен и были отосланы в Москву. Сибирское ханство перестало существовать. Ничто не препятствовало быстрому продвижению воевод на восток. С Иртыша и Оби русские сделали решительный шаг к устью Енисея. Отряды, посланные «проведать» Мангазенскую землю, привели в покорность местные племена и в 1600 году прислали в Москву первый мапгазейский ясак.

Царь Борис старался поддерживать мирные отношения с Крымом и Турцией и искал мирного урегулирования дел с Речью Посполптой. Спор из-за Ливонии обострил противоречия между поляками и шведами и окончательно устранил возможность восстановления мощной антирусской коалиции. В 1601 году Россия заключила 20-летнее перемирие с Речью Посполптой.

Сознавая, сколь необходимы России тесные хозяйственные и культурные связи с Западной Европой, Годунов деятельно хлопотал о расширении западной торговли. С помощью ганзейского города Любека он надеялся наладить морские сообщения через Ивангород – русский город на реке Нарове. Однако Швеция, располагавшая первоклассным флотом, разрушила эти замыслы. Ссылаясь на условия Тявзинского договора, шведы блокировали Ивангород с моря.

Ради поощрения торговли с Западом Борис осыпал щедрыми милостями немецких купцов, некогда переселенных на Русь из завоеванных ливонских городов. Они получили от казны большие ссуды и разрешение свободно передвигаться как внутри страны, так и за ее пределами. Ливонцы должны были принести присягу на верность царю, и в дальнейшем их использовали не только в торговых, но и в политических целях. Для жителей Немецкой слободы снова открылась кирха в Кукуе.

Борис проявлял живой интерес к просвещению и культуре, к успехам западной цивилизации. При нем иноземцев в Москве было больше, чем когда-нибудь прежде. Борис любил общество иноземных медиков, обосновавшихся при дворе, и подолгу расспрашивал их о европейских порядках и обычаях. Новый царь зашел столь далеко в нарушении традиций, что сформировал из наемников-немцев отряд телохранителей.

Годунов первым из русских правителей отважился послать нескольких дворянских «робят» за границу «для науки разных языков и (обучения) грамоте». При нем власти проявляли заботу о распространении книгопечатания, вследствие чего во многих городах были открыты типографии. Борис вынашивал планы учреждения в России школ и даже университета по европейским образцам.

Годунов проявлял исключительную заботу о благоустройстве столицы, строительстве и укреплении пограничных городов. При нем в жизнь Москвы вошли неслыханные ранее технические новшества. Русские мастера соорудили в Кремле водопроводе мощным насосом, благодаря которому вода из Москвы-реки поднималась «великой мудростью» по подземелью на Конюшенный двор. Заимствовав псковский опыт, Борис устроил первые в столице богадельни. В Кремле, подле Архангельского собора, он приказал выстроить обширные палаты для военных приказных ведомств, в Китай-городе, на месте сгоревших торговых рядов,- каменные лавки. Мастера заменили старый, обветшавший мост через Неглинную новым, широким, по краям которого располагались торговые помещения. На Красной площади выросло каменное Лобное место с резными украшениями и решетчатой дверью.

Строительство превратилось в подлинную страсть Годунова. По его приказу мастера надстроили столп колокольни Ивана Великого и приступили к возведению грандиозного собора «Святая святых», призванного украсить центральную площадь Кремля. Модель собора была готова, и строительные материалы свезены на площадь. Смерть Бориса, однако, помешала осуществлению его замысла.

Благодаря покровительству Годунова развернулся талант замечательного русского архитектора Федора Коня. Под руководством Коня русские строители опоясали Китай-город мощными укреплениями. На Красной площади, подле старой кремлевской стены, вдоль рва, поднялась вторая, зубчатая, стена. Федор Конь руководил возведением каменного града в Астрахани и грандиозных крепостных сооружений в Смоленске. Борис сам заложил смоленскую крепость, в сооружении которой участвовали «все города Московского государства». Крепость, снабженная 38 башнями, стала самым мощным оборонительным форпостом на западных рубежах страны.