Новоспасский монастырь был основан московским великим князем Иваном Даниловичем Калитою в 1330 году, за год до смерти его супруги Соломониды, когда она приняла пострижение с именем Елены. Монастырю было отведено место в Кремле, и Калита (скончался 31 марта 1341 года) часто молился в нем. Полтораста лет простоял монастырь на своем месте, но пожар уничтожил его постройки, и великий князь Иван III Васильевич (скончался 27 октября 1505 года) переместил его на Крутицы, где и состоялось освящение новой церкви в 1490 году. Значение монастыря усилилось с восшествием на престол Михаила Федоровича и особенно с тех пор, как во главе его явился архимандрит Никон. Чем более беседовал царь с новым архимандритом, тем более чувствовал к нему расположение; Алексей Михайлович был из таких сердечных людей, которые не могут жить без дружбы, легко привязываются к людям, которые им нравятся по своему характеру, и почти требуют их помощи и руководительства. До сих пор ближайшим лицом к царю был боярин Морозов, с которым юноша не мог дружить, так как тот был его воспитателем и разменял уже пятый десяток лет. Никон больше соответствовал потребности молодого царя. Алексей Михайлович приказал Никону ездить к нему во дворец каждую пятницу; им было о чем потолковать, и беседы архимандрита западали в душу государя. Пользуясь положением своим и близостью к царю, Никон стал являться с просьбами за обиженных и угнетенных, а таких было немало благодаря тому же Морозову, который практично пользовался своим высоким положением правителя государством, не забывал себя и не мешал наживаться подчиненным ему лицам. Просьбы Никона пришлись по душе мягкому и сострадательному царю, который поэтому еще больше полюбил своего богомольца и пристрастился к нему. Кончилось тем, что Алексей Михайлович сам возложил на Никона поручение принимать просьбы от всех тех, которые искали царского милосердия и правосудия на неправду судей. Благодаря этому архимандрита Никона беспрестанно стали осаждать такие просители, и не только в Новоспасском монастыре, но даже и по дороге, когда он выезжал во дворец. Прямодушный и беспристрастный Никон быстро вникал в суть прошения, знакомил с нею царя, и всякая правая просьба скоро исполнялась. Вскоре Новоспасский архимандрит приобрел славу доброго защитника и ходатая за бедных, которые громогласно стали выражать ему свою благодарность и любовь.

Как близкий к царю человек Никон приобрел значение и сделался немаловажною особою при дворе, где главную роль играли интриги женщин, запертых в терема, и духовенства. Как смотрели на быстрое возвышение мордовского крестьянина боярин Морозов и патриарх Иосиф, трудно сказать по неимению данных, но, во всяком случае, их взаимные отношения нельзя назвать дружескими. Благодаря Никону многие плутни подчиненных Морозову лиц всплывали наружу, и конечно, интересами этих лиц, а то и ими самими, приходилось подчас жертвовать, чтобы поддержать свой авторитет. Иосиф, корыстолюбивый и малограмотный архимандрит московского Симонова монастыря, таким остался и в сане патриарха Московского (с 27 марта 1642 года). Он знал хорошо, как подтянул Никон Кожеозерский и Новоспасский монастыри, знал, как он был требователен к священникам и, конечно, не мог сочувствовать этим преобразованиям, являвшимся немым укором его собственной лени и распущенности. Что касается царского терема, то там пока были равнодушны к любимцу архимандриту, так как он ничем не затрагивал их интересов; женщинам больше нравились духовник царя, священник Стефан Вонифатьев, и юрьев-повольский протопоп Аввакум Петрович, земляк Никона; первый развлекал царевен “страшными” рассказами на библейской основе, а второй, с истомленным впалым лицом и фосфорически сверкающими глазами, напоминал своею внешностью мученика первых веков христианства и производил сильное впечатление своими витиеватыми и кудрявыми беседами о религиозных предметах. Никон ничего подобного не делал, он не любил болтать с “бабами”, и из всего терема только царевна Татьяна Михайловна, младшая сестра царя, одиннадцатилетняя девочка, любила слушать беседы брата-царя с архимандритом Никоном. Во всяком случае, дружбе царя с Никоном никто и ничто не мешало, она росла и крепла, и вскоре Алексей Михайлович выказал новый знак расположения и внимания к “собинному[3] другу”.

Новгородский митрополит Афоний, по преклонности своих лет, уволился 7 января 1649 года на покой и поселился в Варламиево-Хатынском монастыре. Вскоре он скончался, завещав, против обыкновения, совершить свое погребение не преемнику, а непременно псковскому архиепископу Левкию. Чем объяснить такое нововведение, сказать трудно, но позднее враги Никона сочинили, будто покойный предчувствовал, что именно будет с его преемником и не хотел, чтобы его прах был осквернен прикосновением рук “антихристовой собаки”. Как бы там ни было, известие об отречении митрополита, первого в русской иерархии после патриарха, пришло в Москву, и Иосиф, посоветовавшись со своими приближенными, представил Алексею Михайловичу список кандидатов на свободный митрополичий престол. Царь списка не принял и выразил желание видеть митрополитом своего друга Никона. Патриарх стал колебаться, не желая содействовать возвышению опасного человека; тогда царь, нерешительный в других случаях, круто повернул дело и обратился с просьбою о рукоположении Новоспасского архимандрита к иерусалимскому патриарху Паисию, гостившему в Москве для сбора подаяний. Дипломатичный грек Паисий, привыкший на Востоке к деспотизму мусульманских монархов и зная, что за труды ему будет подарок от царя, охотно взялся совершить обряд, который и состоялся 11 марта 1649 года. В разговорах, которые были у Паисия с Никоном, первый сразу разгадал цельную богатую натуру мордвина, получившего лишь то образование, какое мог ему дать желтоводский монах Арсений, но не большее, и не владевший вовсе греческим языком; патриарх понял, почему царь благоволит к этому великану, только что рукоположенному в митрополиты, и в знак своего личного расположения выдал ему грамоту за своею патриаршею печатью; в этой грамоте он восхвалял достоинства Никона и в знак отличия предоставлял ему право носить мантию с красными “источниками”, то есть пришивками. При этом же, однако, Никон был сильно смущен, когда Паисий ясно и определенно высказался против двуперстного сложения креста, как тогда делала вся Россия с давних времен, едва ли не с княжения Андрея Боголюбского (скончался 29 июня 1174 года). Никон немедленно доложил об этом Алексею Михайловичу, и тот так серьезно встревожился важным нарушением обряда, что тотчас же распорядился отправить на Восток келаря Троице-Сергиевской лавры, Арсения Суханова, для проверки и справок об истине. С этими сомнениями митрополит Никон уехал из Москвы в Великий Новгород, посетив при этом в монастыре митрополита Афония.

Новгород, потерявший свою республиканскую свободу 20 января 1479 года при великом князе Иване III и сильно потрясенный в своем торговом благосостоянии, сто лет спустя, при царе Иване IV, продолжал сохранять дух свободолюбия и неповиновения московским властям, когда приехал в него вновь назначенный митрополит, облеченный полным доверием царя. Алексей Михайлович был вполне доверчив к тем, кого особенно любил; помимо всех существующих официальных властей, он возложил на “собинного друга” наблюдение не только над церковными делами, что тот был обязан делать как митрополит, но и над мирским управлением; Никон должен был доносить ему обо всем, что делалось в Новгороде, и давать свои заключения и советы. Добрый к бедным и обиженным Никон продолжал заботиться о них, как он делал это в Москве. Вскоре после его приезда в Новгородской земле начался сильный голод, что часто случалось с новгородцами, и голодные толпами повалили в город добывать пропитание. Тогда Никон отвел у себя на владычном дворе особую палату, так называемую “погребную”, и приказал ежедневно кормить в ней нищих; дело это было возложено, согласно обыкновению того времени, на какого-то Василия Вавилу, ходившего босиком круглый год. Кроме того, этот блаженный каждое утро раздавал нищим по куску хлеба, а каждое воскресенье от имени митрополита раздавал старым по две деньги, взрослым по одной деньге, а подросткам и детям по полденьги. Не ограничиваясь этим, Никон устроил несколько богаделен для постоянного призрения убогих и выпросил у Алексея Михайловича постоянные суммы на их содержание. Все эти дела благочестия и нищелюбия только усиливали к нему любовь и уважение царя, а также привлекали к нему симпатии простого народа; своими подвигами, довольно обычными для духовенства XVII века, Никон никому не мешал из служилых людей и бояр, но те стали косо смотреть на владыку за деятельность его совершенно в другом направлении. У него появились враги.