Война, приближение которой Рабле мог предвидеть в Риме, разразилась.

Карл V с 50-тысячной армией вступил в Прованс, громко объявляя, что идет прямо на Париж. В то же время с севера подвигалась другая армия под предводительством графа Нассауского. Франциск поручил защиту Парижа, Пикардии и Шампани кардиналу Дю Белле, а против Карла выслал герцога Монморанси. Герцог решил заморить врага голодом. Прованс был предан самому жестокому опустошению: по приказанию герцога сжигали мельницы, житницы, целые деревни и даже города, истребляли хлебные запасы, заваливали колодцы. Монморанси заперся в укрепленном лагере, и, чтобы дойти до него, императорским войскам пришлось проходить по бесплодной пустыне; страна не могла дать ни малейшего продовольствия его войскам, а когда появлялись припасы, подвозимые морем, голодные жители с мужеством отчаяния набрасывались на них и отбивали их у императорских отрядов. За два месяца император, не дав ни одного сражения, потерял от болезней и истощения 20 тысяч человек и принужден был оставить Францию. Герцог Нассауский также отступил после безуспешной попытки взять приступом Перонну.

Все это тревожное время Рабле провел в Париже, вблизи своего сильного патрона, кардинала Дю Белле. Кардинал считался аббатом монастыря Сен-Мор, при надлежавшего ордену бенедиктинцев. Испрашивая у папы разрешения вернуться в ряды этого ордена, Рабле, вероятно, имел в виду поселиться именно в этом монастыре. Он действительно вступил в число его монахов и с восторгом описывал его в послании к кардиналу Шатильону. «Это, — пишет он, — райское жилище по благорастворенности воздуха, приятству, тишине, удобствам, невинным удовольствиям сельской и земледельческой жизни». Кроме спокойствия, Рабле мог постоянно пользоваться в этом удобном убежище и обществом своих друзей и единомышленников. В начале 1537 года Этьен Доле, заподозренный в убийстве своей жены и преследуемый судом, приехал в Париж под покровительство короля. Король помиловал его, и на радостях тот задал большой пир, на котором присутствовали Бюде, Маро и Рабле, «Рабле — честь медицины, врач, который может вызвать мертвого от дверей могилы и возвратить его к свету», — как писал Доле в одном своем стихотворном послании.

Несмотря на все прелести жизни в Сен-Морском аббатстве, Рабле недолго оставался там. Едва затихла военная гроза, как он снова направился на юг, и в мае 1537 года мы встречаем имя его в списках Монпельевского университета, где он получил ученую степень доктора медицины и затем в течение двух лет читал лекции: излагал и комментировал «Прогностиков» Гиппократа и преподавал анатомию. Рабле был одним из первых анатомов, делавших демонстрации на трупах. В сборнике латинских стихотворений Доле, напечатанных в Лионе в 1538 году, находится эпитафия на могилу одного повешенного, который был вскрыт Рабле в присутствии многочисленной аудитории. Автор говорит от имени повешенного, который радуется, что труп его дал повод присутствующим приобрести так много поучительных и интересных знаний. Он предназначался сделаться игрушкою ветра и добычею воронов, и вдруг его выставили в амфитеатре, целая толпа именитых граждан собралась вокруг него, он привлекал к себе всеобщее внимание, его окружали почетом, он приобрел славу. Он очень жалеет своего товарища по виселице: труп этого несчастного был вскрыт другим врачом, таким несведущим и некрасноречивым, что он сам казался холодным и немым, как мертвец.

Ученые занятия в Монпелье не мешали Рабле делать частые путешествия в разные южные города, особенно в Лион, где он проводил по несколько месяцев сряду и куда его привлекало отчасти желание повидаться со старыми друзьями, отчасти необходимость следить за печатанием двух первых частей своего романа, которые продолжали требовать новых и новых изданий.

Тяжелое время переживала в это время Франция. Кроме опустошительных войн, превращавших в пустыни целые провинции, и разорительных налогов, убивавших и земледелие, и промышленность, двойственная, вечно колеблющаяся политика Франциска удручающим образом действовала на умы. В первые годы своего правления, в значительной степени под влиянием сестры своей, Маргариты Валуа, Франциск склонялся на сторону свободной мысли, свободного исследования религиозных вопросов. Протестантское движение в Германии представлялось ему фактом в высшей степени утешительным, так как оно ослабляло его врага, Карла I. Мало того, даже дружеские связи с неверными, с турками не казались ему делом греховным, и после несчастной битвы при Павии он послал Солиману свой перстень с предложением оборонительного и наступательного союза против императора. В Париже он вел постоянную борьбу с Сорбонною и своею властью спас многих жертв ее изуверства; благодаря его защите остались живы: Лефебр, которому грозила смерть за ересь, высказанную им по поводу Магдалины; Маро, талантливый поэт; переводчик псалмов Этьен Доле и многие другие. Он приближал к себе гуманистов, вроде братьев Дю Белле, и ученого Бюде, бывшего его библиотекарем, с удовольствием смотрел комедии, в которых представлялась драка Лютера с папой, зачитывался романом Рабле, принимал от Цвингли посвящение его книги «Истинная и ложная религия». Чтобы иметь противовес ненавистному ему влиянию Сорбонны, Франциск решит устроить College de France, в котором для начала должны были читаться языки греческий и еврейский, гонимые Сорбонной, и математика; а позднее — медицина, философия, латинский, арабский языки, законоведение и естественные науки. Начиная свою борьбу с папою, Генрих VIII искал его союза и не без основания рассчитывал на его поддержку; протестанты Германии не раз получали от него денежные субсидии и громкие обещания.

Но все эти проявления либерализма и свободомыслия не имели под собой никакого прочного основания. Индифферентист в делах веры более по легкомыслию, чем по убеждению, Франциск свои религиозные воззрения вполне подчинял политике. А политика его отличалась неустойчивостью, беспринципностью, крайним оппортунизмом. В то время как Маргарита и братья Дю Белле склоняли его на сторону веротерпимости, союза с Англией, энергичной поддержки протестантов, — мать его, Луиза Савойская, и герцог Монморанси твердили ему о необходимости приобрести дружбу папы посредством строгих преследований еретиков. Франциск колебался между этими двумя влияниями, склоняясь то в ту, то в другую сторону, смотря по ходу военных действий против Карла V или своих личных дел. С 1534 года во Франции начинаются гонения против еретиков: их пытают и жгут десятками и сотнями в Париже, в Меце, в Нанси. В 1535 году Франциск по настоянию Сорбонны издал невероятный ордонанс, запрещавший книгопечатание, — ордонанс, который, впрочем, никогда не был да и не мог быть приведен в исполнение. Болезнь, начавшая подтачивать силы Франциска задолго до его смерти, лишала его всякой нравственной энергии. А между тем при дворе образовывалась партия дофина, партия благо мыслящих, строгих католиков, сторонников всего испанского, не исключая и инквизиции. Повинуясь ее внушениям, король отказался от всякой поддержки протестантов, обязался помогать императору в его войнах против турок, а внутри страны все чаще и чаще уступал Сорбонне и фанатикам-католикам. Костры запылали в Тулузе, Ажане, Руане и Блуа. Маро, секретарь Маргариты Валуа, любимец двора, принужден был бежать из Франции, т. к. Сорбонна обвинила его в ереси за его перевод псалмов на французский язык. Де Перье, смелый и талантливый автор остроумных диалогов «Cymbalum Mundi», сожженных рукою палача, кончил жизнь самоубийством. Этьен Доле умер на костре в Париже за одну фразу в его переводах с греческого, истолкованную как отрицание бессмертия души.

Гуманисты чувствовали, что почва под ними колеблется, что надежда их на блаженство Телема рушится. Критическая мысль, свободное исследование, возбужденное ими, направились на вопросы религиозные и породили разные секты, из которых каждая с самым фанатическим изуверством отстаивала свои догматы и предавала проклятию всех, не соглашавшихся с ними.