В 1572—77 Россия завоевала всю Э. (кроме Таллина и островов), но вследствие контрнаступления войск Речи Посполитой и Швеции в 1580—81 потеряла эту территорию. По Ям-Запольскому мирному договору 1582 России с Речью Посполитой и Плюсскому перемирию 1583 — со Швецией Северная Э. (Эстляндия) отошла к Швеции, Южная — к Речи Посполитой. Остров Сааремаа остался за Данией. Власти Речи Посполитой в Южной Э. ограничили земельные владения и самоуправление местного немецкого дворянства, они ориентировались на государственное ведение фольварочного хозяйства, предприняли попытки рекатолизации. В результате войн Швеции с Речью Посполитой (1600—11, 1617—29) Швеция к 1625 завоевала всю материковую Э. В 1645 о. Сааремаа перешел к Швеции. В результате русско-шведской войны 1656—58 по Валиесарскому договору 1658 Восточная Э. была присоединена к России, однако Кардисский мирный договор 1661 восстановил довоенные границы. Шведская Прибалтика делилась на Эстляндскую (Северная Э.) и Лифляндскую (Южная Э. и Северная Латвия) губернии. Крестьяне были обложены регулярными государственными налогами, государственные земельные владения были розданы дворянам; (в том числе шведским). Города Вильянди, Раквере, Пайде, Хаапсалу, Валга попали в зависимость от феодалов. В 1640-х гг. оформился т. н. прибалтийский (остзейский) особый порядок (установились привилегии и сословные органы помещиков). Полицейскими правилами генерал-губернатора К. Тотта в Лифляндии (1668, утверждены королем 1671) была оформлена крепостная зависимость. В 1680 король Карл XI начал редукцию части дворянских — некогда казенных — имений. Редуцированные имения обычно оставались в арендном держании бывших владельцев, повинности крестьян в них были регламентированы. Государственное регулирование отношений принесло некоторые правовые льготы крестьянам. Внешняя торговля базировалась на хлебном экспорте. В 17 в. появились зачатки мануфактурного производства (стеклоделательное предприятие 1628, бумажная мельница 1664 и др.). С 1632 ведет свою историю Тартуский университет. В 1684—88 близ Тарту существовала учительская семинария, в 1680-е гг. были созданы первые сельские школы. В 1689 вышла первая газета в Э. (на немецком языке). В 1695—97 разразился «великий голод» — численность населения снизилась с 350 до 280 тыс. человек. В ходе Северной войны 1700—21 русские войска в 1704 заняли Восточную Э. (с гг. Тарту и Нарва). 29 сентября (10 октября) 1710 эстляндское рыцарство и г. Таллин капитулировали и вся Э. была присоединена к России, что официально было закреплено Ништадтским мирным договором 1721. Э. был обеспечен длительный мир и соответственно — условия для экономического и культурного развития. Рыцарство получило подтверждение сословных привилегий, дворянам были возвращены редуцированные имения. Немецкое дворянство сосредоточило в своих руках административную, судебную и полицейскую власть, влияло на церковные и школьные дела. Местные вопросы решались на ландтагах (собрания дворян). Численность населения достигла 350 тыс. человек к середине 18 в., а к 1780-м гг. — 490 тыс. человек (немцев 2—4% ).

  Во 2-й половине 18 в. получили широкое развитие винокурение (из зерна) и откорм скота бардой. В 1766—67 издавался первый журнал на эстонском языке. Рост товарности сельского хозяйства и развитие мануфактурной промышленности подготовили условия для складывания капиталистических отношений. Введение подушной подати вызвало в 1783—84 крестьянские волнения. С 1797 в Э. была введена рекрутская повинность. Увеличился товарообмен с рус. губерниями, особенно с Петербургом.

  В городах Э. в 1710 проживало 5 тыс. человек, в 1770-е гг. — 23 тыс. (5% населения). В городах сохранялись цеховой порядок и привилегии магистрата. В 1782 была ликвидирована таможенная граница прибалтийских губерний. В 1785 все дворянские имения были объявлены вотчинами. Классовая борьба крестьянства (массовые побеги и волнения), кризис барщинного хозяйства толкали правительство и дворян на путь реформ. В 1802 за крестьянами было признано право собственности на часть их движимого имущества и передачи хозяйства по наследству. Однако помещики сохраняли право переселять крестьян, а порой и лишать их земельных участков. Создавались зависимые от помещиков волостные суды. Но дворянское мызное хозяйство переживало кризис. Были предприняты дальнейшие аграрные реформы: введены законы 1816 в Эстляндии и в 1819 в Лифляндии, согласно которым крестьяне становились лично свободными, а вся земля оставалась в собственности помещика, ограничивалась свобода передвижения крестьян и др. Судебная и полицейская власть сохранялась за помещиками. Капитализм в сельском хозяйстве развивался по «прусскому» пути (см. Аграрный вопрос). Во 2-й четверти 19 в. начался переход к многополью, вводились новые культуры (картофель, клевер), развивалось скотоводство, винокурение. Помещичий гнет усиливал сопротивление крестьян. В 40-е гг. 19 в. оно приобретало разнообразные формы: переход в православие в Южной Э. (17%), волнения (Пюхаярве, 1841) и др. Массовое крестьянское движение заставило царское правительство принять новые законы в Лифляндии в 1849, в Эстляндии в 1856, на о. Сааремаа в 1865, способствовавшие переходу от барщины к денежной ренте, продаже земли крестьянам в собственность. Из мызной земли выделялась часть, которую помещик мог продать или сдавать в аренду только крестьянам. Сохранение феодально-крепостнических пережитков, особенно барщины, приводило к новым крестьянским волнениям (Махтраское восстание и др.). В конце 20-х гг. 19 в. в Э. начался промышленный переворот.

  Э. в период капитализма. Период домонополистического капитализма (2-я половина 19 в.). С середины 19 в. в Э., как и во всей России, продолжало расти крестьянское движение (переселенческое движение во внутренние губернии России, кампания в Южной Э. по представлению петиций центральной власти и т. д.). Царское правительство вынуждено было провести новые буржуазные реформы: принято Положение о паспортах 1863, которое расширило возможности крестьянского передвижения, Уложение об общине или т. н. Волостной закон 1866, отменена в 1868 барщина. После реформ 60-х гг. быстро развивалась промышленность. В сельском хозяйстве шёл процесс перехода от барщинного помещичьего хозяйства к капиталистическому; к концу 60-х гг. денежная аренда стала господствующей. В результате выкупа земли у помещиков возникла крестьянская мелкая собственность на землю — хутора. К концу 19 в. в Южной Э. крестьяне выкупили 86% земель, находившихся у них в арендном пользовании, в Северной Э.—50,4%; свыше 66% крестьян оставались безземельными.

  В 60—70-х гг. рост товарности сельского хозяйства и наличие свободной рабочей силы способствовали развитию крупной промышленности. Завершился промышленный переворот. Развивались города. Они росли за счёт сельского населения, в них увеличивалась доля эстонцев. Процент городского населения в 1862—97 вырос с 8,8 до 18,4%. Основной отраслью промышленности была текстильная. Действовали суконные фабрики: Нарвская (1822), Хийу-Кярдлаская (1829), Синдиская (1834), Тартуская (1839), Кренгольмская (1857). Построены машиностроительные заводы в Таллине. Развитие промышленности ускорило строительство железных дорог: Балтийская (1870) — связывала порты Таллин и Палдиски через Нарву с Петербургом и внутренними губерниями России; Тапа — Тарту (1876); Тарту—Валга (1887); Валга—Выру—Псков (1889). С постройкой железных дорог Таллин занял по внешнеторговому обороту 4-е место среди портов Российской империи. Число промышленных рабочих Э. к 1894 достигло 14,4 тыс. человек (6,33 тыс. человек в 1860). В конце 19 в. сельский пролетариат вместе с беднотой составлял 72,5% всего сельского населения. В деревне сохранялись остатки крепостничества. В 70—80-х гг. проведены буржуазные реформы: городское положение 1877, полицейская реформа 1888, судебная реформа и реорганизация крестьянских учреждений 1889. Это способствовало развитию капиталистических отношений в Э. Но в экономической и политической сфере господствовали прибалтийско-немецкое дворянство и немецкая городская буржуазия.