Армия Бориса Годунова под Кромами таяла из-за дезертирства. В воинском стане начались болезни. Между тем оправившийся от поражения Лжедмитрий вел из Путивля активную и весьма успешную агитацию, обращаясь к населению Северщины и южных крепостей, да и к царским воеводам. Исход этого противостояния решила внезапная смерть царя.

13 апреля 1605 г. неожиданно для всех скоропостижно скончался Борис Годунов. Умирающего царя успели постричь в монахи с именем Боголеп, а на следующий день Москва принесла присягу царевичу Федору Борисовичу Годунову, единственному сыну покойного царя. Внезапная смерть вызвала множество слухов. Царь будто бы в ужасе и порыве раскаяния принял яд. Однако более верным представляется известие, что причиной смерти Бориса Годунова стал апоплексический удар – паралич. Годунова похоронили в древней царской и великокняжеской усыпальнице – Архангельском соборе Московского Кремля.

Судьба царя Бориса связана с удивительным парадоксом. Он стремился оказать реальную помощь народу, повысить его благосостояние, укрепить военную мощь и внешнеполитическое положение державы. Однако не только не был популярен, но и, наоборот, зачастую ненавидим. Причина подобного отношения к царю крылась, вероятно, в том, что общество не могло простить ему восхождения на царский трон из толпы подданных. В русских исторических повестях начала XVII в. Годунов часто называется «рабо-царем», т. е. царем из рабов. Восхождение его на престол разрушало идею священной и недосягаемой царской власти, имеющей не земное, а небесное происхождение. «Первый, – писал о Годунове и Лжедмитрии I современник событий дьяк Иван Тимофеев, – был учителем для второго… а второй для третьего и для всех тех безымянных скотов, а не царей, которые были после них».

Правление Федора Годунова – самое непродолжительное царствование в истории России – было лишь слабой попыткой остановить крушение династии Годуновых перед лицом торжества Лжедмитрия I.

Вскоре после смерти Бориса Годунова несколько воевод царской армии, стоявшей под Кромами, организовали заговор с целью перейти на сторону самозванца. Утром 7 мая мятежники бросились на воевод, верных Годуновым, и схватили их. Воеводы – князь М. П. Катырев-Ростовский, князь А. А. Телятевский и некоторые другие – попытались оказать сопротивление и сдержать мятеж, но были вынуждены бежать. Вместе с ними восставший лагерь покинули еще несколько сотен, верных царю Федору Борисовичу воинов. Мятежное войско соединилось с кромским гарнизоном и отправило посольство в Путивль с изъявлением покорности самозванцу. Участь царя Федора была решена.

Шествие Лжедмитрия I от Путивля до Тулы можно назвать триумфальным. Массы народа стекались приветствовать «истинного царевича». Из-под Тулы в Москву самозванец отправил гонцов – Г. Г. Пушкина и Н. М. Плещеева – с призывом к москвичам свергнуть царя Федора и его мать царицу Марию Григорьевну и признать его права на престол. Казаки атамана Корелы доставили посланцев Лжедмитрия I в Красное село, где Пушкин и Плещеев привлекли на свою сторону «мужиков красносельцов». В сопровождении большой толпы «мужиков» посланцы проникли в Москву и на Красной площади при большом скоплении народа прочли грамоту самозванца. Здесь вступил в дело Богдан Бельский. Он заявил, что самозванец – это истинный царевич, а Годуновы – узурпаторы престола. Стремясь отомстить Борису за унижения, Бельский не пожалел ни своей двоюродной сестры, царицы Марии Григорьевны, ни ее детей.

Это послужило началом к восстанию: народ бросился в Кремль, схватил Годуновых и начал грабить их дворы, а также дворы их однородцев – Вельяминовых и Сабуровых. Царя Федора, царицу Марию Григорьевну и царевну Ксению заточили на старом дворе Бориса Годунова. Погребение царя Бориса в Архангельском соборе было вскрыто, а его прах перенесен на кладбище Варсонофьевского монастыря, где хоронили бездомных и убогих. Москвичи принесли присягу новому царю.

10 июня 1605 г. в Москву прибыли любимцы самозванца – боярин П. Ф. Басманов, князь В. В. Голицын, князь В. М. Рубец Мосальский, дворянин М. А. Молчанов и дьяк А. В. Шерефединов. Они низложили и сослали из Москвы престарелого патриарха Иова, а затем, в сопровождении трех стрельцов, пришли к месту заключения Годуновых. Царицу Марию Григорьевну убийцы удавили быстро, но юный царь Федор оказал им отчаянное сопротивление. Наконец и он был убит. Князь В. В. Голицын объявил народу, что царь и царица приняли яд. Царевну убийцы пощадили: ее ждала печальная участь наложницы самозванца, а затем – монашеский клобук.

Современники, даже те, кто нисколько не симпатизировали царю Борису, единодушны в похвалах Федору Годунову. Князь И. А. Хворостинин называет его «благородным и светлейшим юношей». В народе сожалели о смерти царя Федора, вспоминая его добродетели и нравственные достоинства.

Англичанин Т. Смит дает Федору Годунову такую характеристику: «Лицо он имел женственное, речь его отличалась приятностью и живостью, голос же у него был громкий и звучный, а сам был высокого роста и крепкого телосложения; он был милосерд к бедным (каковым не был его отец) и благоклонен к знатным и умел нелицеприятно вознаграждать людей добродетельных и доблестных».

Падение царя Бориса привело к гонениям на род. Семена Никитича Годунова, одного из главных советников молодого царя Федора, сослали в Переяславль-Залесский, где тайно убили в тюрьме. Остальные Годуновы сосланы, их имущество разграблено. Пережив царя-племянника, Дмитрий Иванович скончался в ссылке. Кроме личного несчастья и крушения рода, Дмитрий Иванович испил чашу горя и в семейной жизни: его девять детей скончались в отрочестве и в младенчестве. Свои огромные богатства Дмитрий Иванович пожертвовал в Ипатьев монастырь – дал деньгами и утварью более 1000 рублей, колокол в 63 пуда, покрыл кровлей крышу и купола церкви, выстроил каменную усыпальницу предков.

Трагичной в Смутное время была судьба окольничего Ивана Ивановича Годунова (троюродного племянника царя). Он попал в плен к Лжедмитрию II в 1610 г. и по приказу самозванца сброшен с башни, но остался жив. Годунова бросили в Оку, он сумел выплыть и ухватился за борт лодки. Тогда приверженец самозванца, Матвей Бутурлин, отрубил ему руку, и Иван Иванович утонул на глазах у своей жены, Ирины Никитичны Романовой, родной сестры сосланных царем Борисом братьев Романовых.

При Романовых Годуновы ничем не выделялись: служили окольничими, воеводами и стольниками. Матвей Михайлович Годунов при царе Михаиле Федоровиче даже дослужился до боярского чина. Петр Иванович Годунов (ум. 1670) был воеводой в Тобольске и многое сделал для освоения природных богатств Сибири. Под его руководством составлена первая русская карта этого края.

Род постепенно угасал. К началу XVIII столетия остались доживать свой век: стольник Дмитрий Иванович и окольничий Григорий Петрович Годуновы. Дочь Григория Петровича, Анна, вышла замуж за генерал-адъютанта князя Юрия Юрьевича Одоевского, но детей у них не было, и с ней пресекся род Годуновых, давший России первую выборную династию.