Весной 1839 года, после неудачной операции сосудов ноги, сделанной гамбургским врачом, Нахимов неделю находился в “совершенно отчаянном состоянии”. Едва оправившись, он бросил лечение и пароходом отправился в Россию, отдохнув у брата в Санкт-Петербурге, 10 августа прибыл в Севастополь к своему экипажу.

Черноморский флот и в эти якобы мирные годы плавал и воевал много. В 1826—1828 годы генерал И. Ф. Паскевич воевал с 60-тысячной армией персов, вторгнувшейся на территорию Карабаха и Талышского ханства. В 1831 году имам Гази-Мухаммед, провозгласив газават, штурмом взял города Тарки и Кизляр, осадил крепости Бурную и Внезапную, затем взял Дербент и подошел к крепости Грозной (ныне город Грозный). Новый имам Гамзат-бек, заменивший убитого Гази-Мухаммеда, в 1834 году захватил столицу Аварии Хунзах и вырезал всю семью аварского хана за отказ выступить против русских.

Далеко не безмятежным было положение России в этот период. В ноябре 1830 года начался польский мятеж, польский сейм объявил Николая I низложенным, конечной целью объявил восстановление Польши в границах 1772 года. “Мы радовались каждой неудаче Дибича и успехам поляков”, — писал Герцен в “Былом и думах”. 25 августа (6 сентября) 1831 года русские войска вошли в Варшаву, мятеж был подавлен.

 За 1838—40 годы на Кавказское побережье было высажено восемь крупных десантов (иногда до 8—10 тыс. человек в каждом). За эти два года от Геленджика до Сухум-Кале было построено 12 укреплений-крепостей — Гагры, Сочи, Туапсе. И всех их надо было обеспечивать вооружением, запасами, людьми — ТОЛЬКО МОРЕМ.

Нахимов многократно поддерживал огнем сухопутные части и отбивал атаки крупных сил мятежников 18—19 июля 1844 года на форт Головинский (с высадкой десантной корабельной партии). В мае 1840 года он вместе с капитаном 2-го ранга В. А. Корниловым лично на шлюпках высаживал  десант в Туапсе и Псезуапе. В октябре того же года “Силистрия” участвовала в уничтожении крупного турецкого судна с грузом военной контрабанды для чеченских мятежников. Военный министр империи А. И. Чернышев на сей случай объявил “...монаршее благоволение как капитану 1 ранга Нахимову... так и прочим офицерам”.

До сентября 1845 года Нахимов интенсивно плавал на “Силистрии”, решая самые разнообразные задачи: крейсерство, перевозка грузов и войск, обустройство якорных стоянок в Цемесской бухте, да и собственно задачи боевой подготовки в море “в составе эскадры, для практики и эволюции”.

18 апреля 1842 года он был награжден орденом Св. Владимира 3-й степени, а позднее Св. Станислава и Св. Анны 1-й степени. 13 сентября 1845 года произведен в контр-адмиралы. Он со своими кораблями все эти годы находился в море, плавая без происшествий с марта по ноябрь! Для тех времен это было очень непросто. Летом 1848 года молодой командир бригады Нахимов имел случай отличиться в совершенно непривычном для своей должности роли — руководителя судоподъемных работ. С помощью водолазов и двух килекторов он поднял со дна Новороссийской бухты тендер “Струя”.

Перед своей кончиной (в апреле 1851 года от рака пищевода) Михаил Петрович Лазарев сумел добиться назначения начальником штаба флота Корнилова, который был на пять лет моложе Нахимова по выпуску из Морского корпуса и производству в офицеры и до этого не командовал даже бригадой кораблей.

Свидетельством необыкновенных душевных качеств Нахимова явился стоицизм, с которым он перенес охлаждение чувств любимого им Михаила Петровича Лазарева к себе в последние годы жизни своего учителя. Павел Степанович полагал справедливым выдвижение более молодого Корнилова на должность начальника штаба Черноморского флота. До последних минут своей жизни он искренне чтил этих людей.

После смерти адмирала Лазарева на должность командира флота и портов Черного моря был призван 75-летний отставной генерал-лейтенант корпуса флотских штурманов (в жизни не командовавший не только соединениями, но даже и линейным кораблем) Мориц Борисович Берх. “Переименованный в вице-адмиралы сей старец вступил в командование Черноморским флотом в... самый канун Восточной войны”. Такое решение императора можно объяснить лишь ожиданием нечто яркого и выдающегося от В. А. Корнилова в самое ближайшее время.

По результатам высочайшего смотра Черноморского флота летом 1852 года (с маневрами соединений кораблей, плаванием эскадр из Севастополя и осмотром порта Николаев) император Николай Первый произвел Нахимова и Корнилова в вице-адмиралы, Нахимова утвердил начальником 5-й флотской дивизии, а юного начальника штаба сделал еще (для пущего веса и престижа) — генерал-адъютантом.

При личной встрече В. А. Корнилова с императором Николаем Первым было принято решение довести число линейных кораблей Черноморского флота до 17 единиц, а также о строительстве двух винтовых 120-пушечных линейных кораблей с численностью личного состава до 1,5 тыс. человек. 29 сентября 1852 года был заложен “Босфор”, а в августе 1853 года — 135-пушечный “Цесаревич”.

Надо сказать, что 5-я дивизия кораблей в то время составляла боевое ядро Черноморского флота и имела в своем составе “добрую половину боевых кораблей и вспомогательных судов”. Кроме командования крупнейшим боевым соединением Нахимову приходилось заниматься обеспечением строительства кораблей на Николаевских верфях, рецензированием нового Морского устава, разработкой методик и организацией боевой подготовки на флоте. Именно он, практик флотской службы, создал “Правила, принятые на образцовом артиллерийском корабле “Екселент”, для обучения нижних чинов артиллерии”, а также обновленный Свод морских сигналов. Он длительное время являлся бессменным членом совета директоров Севастопольской морской библиотеки. И при этом он постоянно находился в море.

Русские моряки и инженеры стремились не отставать от движения военно-технического прогресса, и черноморцы по многим направлениям шли в авангарде.

В 1842 году под руководством М. П. Лазарева в Николаеве успешно завершились испытания бомбы (т. е. разрывного снаряда) русского изобретателя А. А. Лехнера и корабельных бомбических пушек. Первым же кораблем с новыми бомбическими пушками стал “Двенадцать Апостолов” капитана 1-го ранга Корнилова.

Явно несостоятельными выглядят утверждения некоторых историков, что Нахимов был противником парового флота. Напротив, Павел Степанович всемерно поддерживал линию адмиралов Лазарева и Корнилова на ускоренное строительство паровых кораблей.

Еще в 1846 году Лазарев поставил вопрос о строительстве для Черноморского флота винтового линейного корабля, он успел осуществить всю необходимую техническую подготовку для постройки в Николаеве ПЕРВОГО РОССИЙСКОГО 131-пушечного корабля с символическим именем “Босфор”. К сожалению, заложен он был только в 1852 году, а спущен на воду после Восточной войны в 1858 году. Всего Лазарев успел построить для флота 212 кораблей и судов, в том числе 13 военных пароходов и 14 паровых портовых судов, успел командировать в Англию капитана 1-го ранга Корнилова на постройку боевых паровых кораблей, кстати, по русским проектам и чертежам (которые англичане не стеснялись перенимать).

Нахимов широко применял пароходы для буксировки парусных кораблей в штилевую погоду в целях разведки и перевозки войск и запасов. Именно он дал квалифицированный отзыв в своей рецензии на тот раздел Морского устава, в котором регламентировалась вся организация службы на паровых кораблях. Да ведь по-другому и быть не могло. Будучи высокообразованным офицером, Павел Степанович имел ясные представления о научно-технических достижениях России в морской сфере. В 1834 году генерал К. Шильдер установил пороховую ракету и шестовую мину на подводную лодку, в 1838 году инженер Б. О. Якоби создал электроход, в 1840-м — морскую мину, а в 1853 году коллежский асессор Иванов изобрел “трехкильный духоплав” — т. е. корабль на воздушной подушке!!! И как моряк-практик, Нахимов мог предвидеть практическое применение всех этих открытий и изобретений в вооруженной борьбе на море.