В 1940 году Алейников впервые снялся в сказке - режиссер А. Роу поставил фильм "Конек-Горбунок". Алейникову досталась в нем центральная роль - Иванушки. В этом же фильме с ним сыграли его жена Валентина и маленький сынишка Тарас.

В том же году Алейников снялся еще в одной картине - "Случай в вулкане", однако съемки в ней особой радости ему не доставили. Снимал фильм режиссер Евгений Шнейдер, который был слабым профессионалом. Где-то к середине съемок всякое желание сниматься у Алейникова пропало, и он то и дело выражал Шнейдеру свое недовольство. Причем самым неожиданным образом. Вспоминает участница тех же съемок Л. Смирнова. Однажды Алейников позволил себе по отношению к режиссеру хулиганский поступок. Произошло это во время съемки одного из эпизодов в номере ялтинской гостиницы. Устав от замечаний режиссера, которого он не уважал, Алейников вдруг снял перед ним штаны и громко произнес: "Вот вы кто, а не режиссер!" Шнейдера это, естественно, возмутило, и он тут же телеграфировал в Москву о безобразном поступке актера. Вскоре оттуда прибыла грозная комиссия, которая потребовала, чтобы актер немедленно публично извинился перед режиссером. Алейников какое-то время упирался, однако в конце концов извинился. Картину удалось благополучно доснять, однако настоящим произведением искусства она так и не стала.

В годы Отечественной войны талант Алейникова засверкал с новой силой. Кому, как не ему, с его обаянием, добротой и юмором, предстояло вселять в бойцов веру в победу и оптимизм. Поэтому один за другим выходят на экран новые фильмы с его участием: "Александр Пархоменко" (1942), "Непобедимые", "Во имя Родины" (1943), "Большая земля", "Небо Москвы" (оба - 1944). В последнем фильме Алейников сыграл свою третью, к сожалению последнюю, главную роль в своей недолгой киношной карьере.

В 1946 году Алейников решил резко изменить свой актерский типаж (эдакий рубаха-парень) и принял предложение режиссера Л. Арнштама сняться в его фильме "Глинка" в роли... А. С. Пушкина. Безусловно, это был смелый ход как со стороны режиссера, так и со стороны актера, но зритель подобного поворота в судьбе любимого актера не принял. Алейников в роли поэта вызывал в зале дружный смех. Актер после этого даже попросил снять из титров фильма его фамилию, хотя считал эту роль одной из лучших в своем послужном списке. С этого момента наступил закат в кинокарьере Алейникова. За четыре года он был приглашен сниматься только трижды, да и то в крохотные эпизоды. Во многом это объяснялось личной недисциплинированностью самого актера, который к тому времени почти спился. Поэтому, несмотря на то, что Алейников был обожаем зрителями, многие режиссеры боялись связываться с ним, зная его скандальный характер. Например, в 1945 году на съемках фильма "Морской батальон" режиссер Александр Файнциммер вынужден был применить силу, чтобы привести Алейникова в нормальное состояние. Алейников тогда приехал на съемки в Ленинград со своей любовницей Лидией, вечерами в номере гостиницы напивался и бил ее смертным боем. Режиссеру приходилось вызывать моряков, чтобы те охраняли бедную женщину.

В конце концов к началу 50-х годов Алейников оказался за бортом большого кинематографа. Несмотря на то, что зритель с нетерпением ждал появления на экранах новых фильмов с его участием, его на съемки не приглашали. А если и приглашали, то быстро заменяли на другого актера. Из-за обильных возлияний он потерял роли в таких картинах, как: "Адмирал Нахимов" (1947), "В квадрате 45" (1954) и др. Иногда, чтобы хоть что-то заработать, Алейников соглашался выезжать с творческими бригадами актеров московских театров на периферию. Причем, эти поездки обставлялись весьма оригинально. На афишах крупными буквами набирались имя и фамилия - "Петр Алейников", а внизу мелкими буквами выписывались имена остальных актеров. И аншлаги были полные. Народ до сих пор помнил и любил своего кумира, последний успешный фильм которого был снят 10 лет назад. Артисты, участвовавшие в этих концертах, вспоминают, что работать перед выходом Алейникова было трудно. Зрители ждали только его и поэтому выступления других актеров встречали сдержанно. И вот когда наконец появлялся конферансье и хорошо поставленным голосом, выдержав, как положено, паузу, объявлял: "Наконец перед вами выступит...", зал, не давая ему договорить до конца, взрывался аплодисментами. Выходил Алейников, и ему навстречу уже мчались многочисленные фанаты с подарками в руках: кто-то нес цветы, кто-то водку, кто-то коробку конфет и т. д. Кумира обнимали, целовали, качали на руках. Все это длилось довольно долго, иногда так, что на выступление у артиста уже времени просто не хватало. Если же все-таки он выступал, то это выступление было довольно скромным. Никаких веселых историй или, тем паче, анекдотов (на которые актер был большой мастер). Алейников всегда читал какой-нибудь рассказ советского писателя или чеховскую "Дорогую собаку". В 1954 году, во время концертных выступлений в Челябинске, Алейников читал стихи А. Пушкина. И как говорят очевидцы, неоднократно крестился во время выступления. По тем временам такое публичное выражение своих религиозных чувств могло дорого стоить артисту. Но он, видимо, свое уже отбоялся.

В те годы многие, некогда набивавшиеся в друзья к Алейникову, отвернулись от него. Он был один, и часто местом его прогулок был Московский зоопарк. Особенно он любил бывать возле клетки с волком по имени Норик. Их дружба крепла с каждым днем, и однажды, когда Алейников кинул волку очередной кусок хлеба, волк внезапно подошел к самой решетке. Его взгляд был настолько выразителен, что Алейников, повинуясь какому-то внутреннему зову, подошел к решетке и наклонился к волку. И тот лизнул его лицо. На глазах артиста показались слезы, и он произнес: "Норик, ты самый лучший среди людей".

В 1955 году молодой режиссер С. Ростоцкий начал съемки первого своего фильма "Земля и люди". Кто-то предложил ему снять в одной из ролей Алейникова: мол, без работы тот совсем спивается. С. Ростоцкий встретился с актером, спросил у него, можно ли надеяться на то, что он не подведет. Алейников дал твердое слово не брать в рот ни капли. И свое слово сдержал. Это было первое появление актера на экране после пяти лет творческого простоя (в 1950 году он снялся в фильме "Донецкие шахтеры"). Однако изменить что-либо в лучшую сторону в судьбе Алейникова съемки в этом фильме уже не могли - болезнь зашла слишком далеко. Он ушел из семьи, жил у каких-то чужих людей. Видевший его в те годы П. Леонидов вспоминает слова Петра Алейникова: "Мне не пить нельзя. Если, понимаешь, я вовремя не выпью - мне хана: задохнусь я, понимаешь. У меня, когда срок я пропущу, одышка жуткая, как у астматика, а выпью - и отойдет, отхлынет. У меня, понимаешь, в душе - гора, не передохнуть, не перешагнуть, не перемахнуть. Боря Андреев - вон какой здоровый, а с меня чего взять-то? Иной раз думаю: неужто один я такой непутевый да неумный, а погляжу на улицу или в зал ведь всем дышать нечем, всем, но они, дураки, терпят, а я пью и не терплю. У меня бабушка казачка была, вот я и буду пить, а не терпеть".