Жившие в Ташкенте узбеки очень уважали епископа-врача. Множество больных узбеков приходили в дом на Учительскую. Переводчиком была Шура, свободно говорившая по-узбекски. Все почитали Владыку Луку, к нему обращались и за разрешением семейных и бытовых конфликтов.

После Литургии епископа Луку обычно провожала из церкви большая толпа. Особенно изливалась людская любовь на Владыку в день его именин, 31 октября. В храме торжественно совершалось богослужение. Толпы верующих не вмещались под сводами Сергиевской церкви, заполняли церковный двор и даже часть Пушкинской улицы. От дома епископа в сторону храма на протяжении двух кварталов дорога была усыпана поздними осенними цветами. А во дворе дома, где жили Войно-Ясенецкие, от крыльца до ворот, стояли белые хризантемы в горшках.

[40] Городские власти хотели избавиться от Владыки Луки, епископа на покое, профессора, лишенного студенческой аудитории, ученого, чьи книги не печатались, хотели изгнать из города еще одного несломленного христианина. В 1929 году стали искать повод, чтобы выслать Владыку Луку. ГПУ не нуждалось в реальных нарушениях государственных законов, и вскоре представился повод для ареста влиятельного епископа, используя который можно было получить также некую политическую выгоду. Было сфабриковано нелепое обвинение епископа.

Профессор-физиолог И. П. Михайловский, потеряв в 1924 году сына, заболел буйным помешательством. Он просил, чтобы его убили; будучи ранее верующим человеком, он дошел до безумного ропота на Бога и хулы, изрубил топором иконы. Он отказался хоронить сына, заявил, что воскресит его, и занялся опытами с переливанием крови. Профессор пропитал формалином тело мальчика и поместил у себя на кафедре в шкафу, завернув в тростниковую циновку. Он покупал мертвому одежду, обувь, сладости. Михайловский стал грубым и жестоким, случалось, бил жену и детей. Супруга ушла от него. Через пять лет он женился на девушке двадцати лет и обвенчался с ней в церкви. Вскоре несчастный профессор застрелился.

В тот же день его молодая вдова пришла к епископу Луке, рассказала о самоубийстве и со слезами просила Владыку ходатайствовать, чтобы Михайловского отпели и похоронили по-церковному. Владыка Лука не был правящим архиереем, поэтому он и не мог дать разрешение на такие похороны. Пожалев несчастную женщину, он написал записку митрополиту Арсению. Владыка Арсений ответил: "По прежним законам требовалось врачебное удостоверение, удостоверяющее психическую ненормальность застрелившегося, в каковом случае возможно церковное погребение". Епископ Лука написал на листочке с именной печатью: "Удостоверяю, что лично мне известный профессор Михайловский покончил жизнь самоубийством в состоянии несомненной душевной болезни, от которой страдал он более двух лет. Д-р мед. Епископ Лука. 5.VIII. 1929".

Советский следователь, ведущий дело Михайловского, предпочитал по политическим причинам иметь дело не с самоубийством, а с убийством; и была обвинена вдова профессора. В печати появились фельетоны об этой трагедии, где в качестве причины убийства указывалась религиозность второй жены Михайловского, якобы, ярого атеиста, и делались недвусмысленные политические намеки. Делом заинтересовались и в Москве, оно было направлено на доследование, в ГПУ решили превратить его в дело политическое и антицерковное. К нему был привлечен и Владыка Лука. Данное им удостоверение стало основным использованным для обвинения документом.

Епископ Лука из камеры послал следователю записку: "Прошу Вас принять к сведению, что я совершенно не верю в серьезность моего обвинения по делу Михайловского. Причиной моего ареста, конечно, послужил мой ответ п-ру Г. (Гольдовскому) при его последнем визите ко мне..." На эту, как и на другую, записки ответа не последовало. Следователь ГПУ одного за другим вызывал в свой кабинет крупнейших медиков города, желая получить "научно-обоснованные" показания о конфликте Войно-Ясенецкого с "материалистом" Михайловским. Но учёные упорно говорили о психической несостоятельности Михайловского, а об епископе Луке давали отзывы очень уважительные и даже почтительные. Не было никакого конфликта и быть не могло.

Некий помощник прозектора на кафедре проф. Михайловского, безграмотный деревенский парень, который, однако, был партийным активистом, привлеченный к делу догадливым новым следователем, дал нужные показания, в которых, в частности, говорилось: "Опыты профессора И. П. Михайловского резко бьют по религиозным устоям, жена профессора религиозная, выданная заведомо ложная справка о "душевном расстройстве" профессора Михайловского профессором-медиком Ясенецким (Лукой) может быть истолкована во 1-х с целью скрытия уголовного преступления, убийства Михайловского, выставив на первый план самоубийство на основе душевного расстройства, имевшегося уже в течение двух лет, - убийство с целью устранения Михайловского, исходя из охраны религиозных устоев... и т. д. ".

Профессора Слоним и Рагоза подали следователю Плешанову официально заверенную справку о том, что В. Ф. Войно-Ясенецкий страдает склерозом аорты, кардиосклерозом и значительным расширением сердца. Лучшие терапевты Ташкента писали, что "Войно-Ясенецкий по роду своего заболевания нуждается в строгом покое и длительном систематическом лечении". О том же писал доктор медицины В.А. Соколов, лечивший Владыку от декомпенсации сердца. Заявлениям врачей не уделили никакого внимания. Дочь подследственного Елена Валентиновна просила разрешения повидать отца, чтобы передать ему необходимые сердечные лекарства. Последовала резолюция: "Оставить без последствий". Епископ Лука просил следователя разрешить ему получать научные книги. На заявлении пометили: "Отказать". В переполненной камере, где нечем дышать, Владыка Лука потерял сознание после допроса. Тюремная администрация сделала вид, что ничего не произошло.

Через несколько дней после обморока Владыку Луку поднимают с нар и ведут в кабинет следователя Плешанова. Ему читают вновь составленное обвинительное заключение:

"Город Ташкент, 1930 год, июля 6 дня