При поддержке Менделеева было осуществлено и строительство "Опытового бассейна" - прообраза современных НИИ. В этом Макаров и Менделеев действовали уже единым фронтом. Казначейство отпустило великому ученому полтора миллиона рублей на разработки по получению русского бездымного пороха. Блестяще и остроумно решив задание, Менделеев затратил на его выполнение третью часть, оставшийся же миллион он рекомендовал морскому министерству на строительство "Опытового бассейна" и закупку оборудования на него.

При столь авторитетном проталкивании через два года бассейн был введен в строй в районе так называемой петербургской Новой Голландии, между Николаевским мостом через Неву и Флотским экипажем у Поцелуева моста на Мойке. Это сооружение было в 120 метров длиною, 6,7 метра шириною и 3 метра глубиною при емкости в 2500 кубических метров воды. Своеобразным аналогом такому бассейну может быть аэродинамическая труба с той лишь разницей, конечно, что в бассейне испытываются силы воздействия не на модели самолетов, а на модели кораблей.

Одним из рабочих и весьма показательных моментов в "Опытовом бассейне" была лекция адмирала Макарова для командного состава Балтийского флота. В своем докладе Степан Осипович, в частности, подробно разобрал причины гибели английского броненосца "Виктория", модель которого находилась в бассейне. Броненосец затонул, получив ничтожную пробоину в носу. Отметив, что на "Виктории" никто, даже адмирал, не придал роковой пробоине надлежащего значения, он утверждал, что, будь на броненосце по команде адмирала затоплены и кормовые отсеки, трагедии бы не произошло. Произнося эти слова, адмирал Макаров вместе со слушателями подошел к борту бассейна, у которого стояла модель броненосца. Освободив ее от швартовых, адмирал снял и пластырь с имитированной пробоины в носовой части модели. Производя эти действия, адмирал говорил:

- Вот нос раненого корабля чуть-чуть покрылся водой...

Далее за адмирала красноречиво досказала сама модель: нос ее рыскнул в воду, "Виктория" опрокинулась вверх килем и в считанные секунды достигла дна.

- Воистину лучше один раз увидеть, чем сто раз услышать, задумчиво произнес капитан Крылов, присутствовавший на лекции.

Эффект и в самом деле был поразительным. Адмирал Макаров решил повторить опыт, так сказать, в развернутом виде. Модель извлекли со дна, освободили от воды, подвели имитационный пластырь.

Когда Степан Осипович этот пластырь снял вновь и немедленно наполнил водой кормовые отсеки, модель, осев, уверенно продолжала держаться на водной поверхности бассейна.

Идеи Макарова захватили Крылова, его инженерная фантазия развила их дальше, увязывая непотопляемость со всем корабельным комплексом. Ему виделись корабли, спасаемые из самых безнадежных положений. Он увлечен идеей и подкрепляет ее многими техническими обоснованиями. В них как основа - математика. Тому прямая необходимость: корабельный трюм разделен на десятки и даже сотни отсеков, не так-то просто командиру принять решение, какой из них следует затопить, чтобы удержать корабль на воде.

Приказом по морскому ведомству от 1 января 1900 года капитан по Адмиралтейству профессор Морской академии Крылов назначался и.о. заведующего "Опытового бассейна". Весьма примечательно, что тем же приказом вице-адмирал Макаров был назначен главным командиром крепости и военным губернатором города Кронштадта.

Сразу после назначения Макаров пишет Крылову: "Вы в это живое дело внесете правильные основания, и работы бассейна потеряют их теперешний случайный характер".

Теперь в "кораблики" заиграли офицеры - слушатели Морской академии, потому что деятельный профессор Крылов видел в этой игре крайне необходимое любому моряку продолжение теории корабля. Новая морская дисциплина потребовала от своего основателя немалых усилий. Именно с этих пор его деятельность отчетливо разграничивается на две взаимосвязанные части. Теоретическую он ведет в академии, научно-техническую осуществляет в "Опытовом бассейне", на модели отрабатывая максимально возможное количество вариантов повреждений корабля. При этом учитывался крен корабля и производился расчет, какие отсеки в каждом конкретном случае следует затоплять. Из этой тщательной проверки, кажется, сама по себе возникла мысль о создании таблиц непотопляемости для каждого корабля в отдельности с учетом его особенностей. В сложнейшей ситуации командиру не придется тратить время на прикидку и расчеты, достаточно будет взглянуть на таблицы, чтобы определить отсеки затопления.

Адмирал Макаров очень доволен техническим обоснованием и вообще развитием его идей - работа, по его мнению, перешла в надежные и крепкие руки.