В конце сентября 1942 года число арестованных только в Берлине составило около семидесяти человек, в конце ноября - уже больше сотни.

По распоряжению руководства РСХА делу "Красной капеллы" был придан один из высших грифов секретности - "Секретное дело командования": то, что группа немецких патриотов выступила против нацистского режима, мог знать лишь до предела ограниченный круг людей.

Допросы арестованных следователи проводили в особом режиме, руководствуясь директивой рейха от 12 июня 1942 года "О более жестоком ведении допросов" в отношении коммунистов, марксистов, священников, саботажников, террористов, членов движения Сопротивления, забрасываемых парашютистов, бродяг, а также лиц советской и польской национальностей. Безжалостное избиение, любые пытки при этом считались допустимыми.

Харро Шульце-Бойзен, как и другие антифашисты, мужественно вел себя в застенках гестапо. По утрам он делал физзарядку, чем выводил из себя его мучителей...

С точки зрения обычного ведения следствия уложиться для завершения его в поставленные Гитлером сжатые сроки - до конца декабря 1942 года - было невозможно. Поэтому германский трибунал пошел на хитрую уловку: все участники дела были разбиты на группы по шесть человек и их дознание велось параллельно. Обвиняемых было много, а свидетели практически отсутствовали. В связи с этим показания одних арестованных в ряде случаев использовались в качестве обвинения против других задержанных.

В последнем слове обвиняемые заявили, что они действовали сознательно в интересах Германии, стремясь предотвратить неизбежное тяжелое поражение в войне. Будущее страны они связывали с подлинной демократией, социальной справедливостью, миролюбивой политикой и ее международным авторитетом, которые можно было обрести, опираясь прежде всего на СССР. Союз же с западными странами, по их мнению, сулил Германии новое унижение, пострашнее Версальского мирного договора, подписанного Германией после первой мировой войны. Говорилось также о собственном пути развития послевоенной Германии. В письмах к родным, дошедших до нас, осужденные говорили о большой любви к своим близким, к жизни, родине, о правильности избранного ими пути борьбы, выражали мнение, что память о них не угаснет и будет светлой.

В докладной записке Гиммлеру шеф гестапо Мюллер писал: "Как явствует из протоколов допросов, подсудимые боролись не только против национал-социализма. В своем мировоззрении они настолько отошли от идеологии Запада, который считали безнадежно больным, что видели спасение человечества только на Востоке".

Когда Гиммлер пришел к Гитлеру с приговором имперского военного суда по делу первых двенадцати осужденных, в том числе Харро и Либертас Шульце-Бойзен, Арвида и Милдред Харнак и других, в котором все приговаривались к смертной казни, кроме Милдред Харнак, осужденной на шесть лет тюрьмы, и графини Эрики фон Брокдорф, получившей десять лет тюремного заключения, Гитлер пришел в бешенство.

- И это приговор трибунала людям, недостойным называться немцами?! Нет, за их деяния - только смерть!

Гитлер вызвал стенографистку и продиктовал ей распоряжение: утвердить всем смертные приговоры - мужчин казнить на виселице, женщин - на гильотине. Дела М. Харнак и фон Брокдорф направить на пересмотр новому военно-полевому суду (обе мужественные женщины были обезглавлены в 1943 году).

Со дня первой казни и по октябрь 1943 года были казнены на виселице тридцать один мужчина и обезглавлены на гильотине восемнадцать женщин. Семь человек покончили с собой во время следствия, семь были отправлены в концлагеря, двадцать пять - на каторгу с различными сроками наказания, восемь - на фронт, несколько человек расстреляны.

Если вожди нацистского режима полагали, что арест ведущих членов "Красной капеллы" поставил точку в немецком Сопротивлении, то они жестоко ошибались. Последующие события подтвердили это. Как признавал в своих мемуарах начальник политической разведки гитлеровского рейха Шелленберг, нацистам так и не удалось добиться полного прекращения борьбы "Красной капеллы".

Подвиг антифашистов был высоко отмечен в СССР. Указом Президиума Верховного Совета СССР от октября 1969 года "группа немецких граждан за активное участие в борьбе против фашизма, помощь Советскому Союзу в период Великой Отечественной войны и проявленные при этом мужество, инициативу и стойкость" награждалась боевыми советскими орденами. Отмечены высокими наградами 32 человека, из которых 29 - посмертно. Около половины из них члены организации "Старшины" - "Корсиканца".