Первой заботой настоятеля по внутреннему духовному благосостоянию обители было установление во всем строгого порядка, согласно монастырским уставам: церковное богослужение стало совершаться в стройном чине, с величием и торжественностью, которые дополняли привлекательное хоровое пение, внятное чтение, чинное стояние, поклонения по положению и вообще благообразные движения, благочинное пребывание в трапезе, весьма приличная одежда; а опрятность и чистота во всем придавали всей обстановке вид изящества, соединенного с простотой, которые облагораживали самые нравы иноков. Настоятель вникал в келейную жизнь каждого, настраивал к спасительному препровождению времени в чтении монашеских книг, к несению посильных трудов по послушаниям, проводил дух истинного монашества в братство, располагая всякого ко вниманию, к принятию совета и назидания в нравственной жизни, к устроению себя по руководству святоотеческих писаний. Он сообщал братству свой образ мыслей и взгляды на монашество, был отцом и наставником всех, принимая к себе на откровение помыслов, для созидания и настроения духовного. Двери келлии о. Архимандрита были открыты; к нему входили свободно от престарелых монахов-священнослужителей до юных послушников, вследствие чего все братство стало составлять одну великую семью, управляемую одним отцом, связанную союзом согласия и духовного единения, одушевляемую и руководимую высоким учением отца-наставника. Особенно, говорит Чихачов, помогало деятельности настоятеля его уменье выбирать людей и его знание сердца человеческого, которым он умел привязывать людей к делу, им доверяемому. Он искал развить в человеке преданность поручаемому ему делу и поощрял ее одобрениями и даже наградами и повышениями. Окружая себя людьми со способностями и силами, он быстро достигал своих целей и приводил намерения свои в точное исполнение.

Много было трудов, препятствий, неудач, скорбей и искушений как для самого настоятеля, так и для окружавшей его пришедшей с ним братии; самое неудобство местоположения монастыря, стоящего на бойком перепутье загородных жилищ столицы, было для них тяжелым внутренним крестом, незримым для очей мира. Здесь архимандрит Игнатий, опытно обучая своих духовных чад внутреннему крестоношению, которое бывает уделом всякого благочестивого христианина, а тем более инока, сам служил для них примером благодушного терпения и безропотного несения креста своего, в чем, при содействии благодати, достиг столь великой духовной силы, что такое крестоношение во многих случаях было для него любезно. Так, продолжая вышеприведенную статью «Плача», он говорит о себе: «Здесь Милосердый Господь сподобил меня познать невыразимые словом радость и мир души; здесь сподобил Он меня вкусить духовную любовь и сладость в то время, как я встречал врага моего, искавшего головы моей, и соделалось лицо этого врага в глазах моих как бы лицом светлого Ангела. Опытно познал я таинственное значение молчания Христова пред Пилатом и архиереями иудейскими. Какое счастье быть жертвою, подобно Иисусу! Или нет! Какое счастье быть распятым близ Спасителя, как был некогда распят блаженный разбойник, и вместе с этим разбойником, от убеждения души, исповедовать: «Достойно по делом моим приемлю: помяни меня, Господи, во Царствии Твоем [30]. В «Слове утешения к скорбящим инокам» духовный крестоносец так поучает тому предмету, который, можно сказать, составляет насущный хлеб истинного монашеского жительства: «Последуем Христу! Смиримся подобно Ему! Подобно Ему не откажемся прослыть льстецами и умоисступленными, — не пощадим чести нашей, не отвратим лица от заплеваний и ланит от заушений; не будем искать ни славы, ни красоты, ни наслаждений, принадлежащих миру сему; совершим земное странствование, как странники, не имеющие где главу подклонить; примем, примем поношения, уничижения и презрение от людей, как неотъемлемые принадлежности избранного нами пути; будем явно и тайно бороться с помыслами гордыни, всеусильно низлагать эти помыслы нашего ветхого человека, ищущего оживить свое «я» под различными правдоподобными предлогами. Тогда Сын Божий, сказавший вселюся в них и похожду [31], явится в сердце нашем и дарует нам власть и силу связать крепкого, расхитить сосуды его, наступить на аспида и василиска, попрать их.

Отвергнем ропот, отвергнем жалобы на судьбу нашу, отвергнем сердечную печаль и тоску, от которых слабые души страдают более, нежели от самых скорбей. Отвергнем всякую мысль о мщении и воздаянии злом за зло. Мне отмщение, Аз воздам [32], — сказал Господь.

Хочешь ли переносить скорби с легкостию и удобством? Смерть за Христа да будет вожделенна тебе. Эта смерть да предстоит непрестанно перед очами твоими. Умерщвляй себя ежедневно воздержанием от всех греховных пожеланий плоти и духа; умерщвляй себя отвержением своей воли и отвержением самооправданий, приносимых лжеименным разумом и лукавою совестию ветхого человека; умерщвляй себя, живо представляя себе и живописуя неминуемую смерть твою. Нам дана заповедь последовать Христу, взяв крест свой. Это значит, что мы должны быть всегда готовы с радостию и веселием умереть за Христа»…

«Желающий умереть за Христа, какой напасти, какого оскорбления не претерпит великодушно?» [33]

Вместе с необходимыми постройками и учреждением порядков внутри обители настоятель архимандрит Игнатий должен был обратить свою деятельность и на другие отрасли ее благоустройства, именно на поземельную собственность и сельское хозяйство. По вступлении в управление монастырем он не нашел ни одного межевого знака на монастырской земле. По делопроизводству обители оказалось, что всей землей, которая была приобретена покупкой еще основателем пустыни, пользовались незаконно экономические крестьяне деревни Подмонастырской слободы, монастырь же имел лишь 25 1/2 десятин, занимаемых огородом и покосом, — и что все хлопоты монастыря о восстановлении его прав на эту землю, несмотря на неоспоримость его документов, остались безуспешными. В 1835 году архимандрит вошел с прошением о восстановлении на монастырской земле межевых знаков и о скорейшем разборе прав на владение землею, неправильно присвоенной крестьянами, а также о наделе монастыря лесным участком, согласно объявленному 4 июня 1835 года Высочайшему повелению, в силу которого монастыри, в видах поддержания их в способах существования, должны быть наделены для устройства земледельческого хозяйства примерно от 100 до 150 десятин земли. Спорное с крестьянами дело о земле решено в 1836 году тем, что хотя земля признана принадлежащей монастырю, но в видах затруднения выселиться с нее крестьянам, основавшимся на ней с 1765 года, положено, по соглашению с настоятелем, разделить землю на две части: восточную сторону, на которой стоит монастырь, по линии от севера к югу — отдать ему, а западную, на которой поселились крестьяне, уступить им. Согласие на эту уступку прекрасно выражено настоятелем в письме его к бывшему статс-секретарю о принятии прошений князю А. Н. Голицыну. «Ваше Сиятельство, — писал архимандрит, — обычное снисхождение ваше внушает мне смелость беспокоить вас покорнейшею просьбою, впрочем, весьма для вас легкою; она состоит в следующем: наша обитель давно ведет процесс о земле, по купчим, плану и межевой книге генерального межевания ей принадлежащей, но оспариваемой казенными крестьянами, которые самовольно на ней населились. Министр финансов, рассмотрев дело, хотя и нашел, что земля по всей справедливости принадлежит Сергиевой пустыне, однако, затрудняясь переселением крестьян, положил землю разделить так: сторону, на коей стоит монастырь, отдать монастырю, а на коей поселились крестьяне — крестьянам. Сие мнение его поступило в Комитет министров. Думаю, что преподобный Сергий лучше бы согласился уступить часть достояния своего, чем причинить огорчение крестьянам переселением их, чему простые сии люди не иначе повинуются, как предаваясь неутешной печали и горьким слезам. Посему и я, поверенный преподобного Сергия, как в сем деле, так и в прочих, до обители его касающихся, должен соображаться с благоутробием своего Настоятеля и решением министра финансов быть довольным. Поддержите сие решение в Комитете министров. Вот в чем состоит вся просьба к вашему Сиятельству от поверенного обители преподобного Сергия».