Грамота была послана русским послам, находившимся у Сигизмунда, но без имени патриарха, что позволило им отказаться от исполнения боярского приказания. Гермоген стал открытым врагом поляков. Он рассылает по всем городам грамоты с заклинанием сопротивляться иноземцам и ни на какой сговор с ними не идти. И здесь начинается самая трагическая страница противостояния патриарха и бояр.

Когда к Москве подошло ополчение Захара Ляпунова, поляки и бояре потребовали от патриарха подписать приказ ополчению разойтись. В противном случае Гермогену угрожали смертью. Когда тем не менее патриарх отказался, его подвергли особо тяжелому заключению в подвалах Чудова монастыря.

В следующий раз Гермоген отказался подписать бумагу о согласии с провозглашением царем сына Марины Мнишек Ивана. Более того, неистовый патриарх умудряется послать в Нижний Новгород грамоту против действий казачьих атаманов, поддерживавших Марину: «Отнюдь Маринкин на царство не надобен: проклят от святого собора и от нас».

Противостояние завершилось очень скоро. Грамота Гермогена ускорила формирование народного ополчения в Нижнем Новгороде, будучи предварительно разослана по многим русским городам. Узнав о начавшихся приготовлениях к походу на Москву, бояре и польские военачальники еще раз потребовали подписи патриарха: он должен был убедить нижегородцев оставаться верными присяге, которую они принесли королевичу Владиславу.

Гневный ответ Гермогена когда-то в предреволюционные годы стоял во всех школьных учебниках: «Да будет над ними (ополченцами) милость от Бога и благословение от нашего смирения! А на изменников да излиет гнев Божий и да будут они прокляты в сем веке и в будущем».

Кончина Гермогена наступила от голода: ему перестали давать еду и воду.

В Чудовом монастыре нашел свой светский конец «боярский царь» Василий Шуйский. Постриженный в монахи, он в 1610 году вместе с тремя своими братьями был вывезен в Польшу гетманом Жолкевским, причем гетман распорядился снять с Василия монашеское платье и облачить в царские одежды. Польскому королю должен был быть представлен не смиренный инок, а русский царь.

В годы правления императрицы Елизаветы Петровны Чудов монастырь приобретает новый статус. С учреждением самостоятельной Московской епархии монастырь отдается с июня 1744 года в полное распоряжение и владение для жительства епархиальному архиерею с наименованием кафедральным монастырем.

Первым епархиальным архиереем стал Иосиф Вичанский, почти сразу же умерший и похороненный в Чудовом монастыре. Второй архиерей, Платон Малиновский, поселился в чудовских палатах, куда перевел и Духовную Консисторию. Платон прославился великолепным чудовским хором певчих, которых он собирал по всей Москве и в других городах вплоть до Малороссии. Он был погребен в церкви Чуда, как и его прямые преемники: киевский митрополит Тимофей Щербацкий, Амвросий Зертис-Каменский, убитый во время так называемого чумного бунта 1771 года, Платон Левшин.

Особую страницу в истории монастыря представляли погребения в его стенах и храмах. Многие ложились здесь в землю, отпетые самим патриархом, настолько знатными были их семьи. «У церкви Благовещения, на полуденной стороне» покоился с 1565 года прах казанского царя Едигера, захваченного при взятии Казани и получившего в крещении имя Симеона Касаевича. Патриарх отпел в 1667 году воспитателя царя Алексея Михайловича боярина Бориса Ивановича Морозова. Здесь были Салтыковы, Собакины, Куракины, Одоевские, Засецкие, Пушкины, Оболенские, Колтовские, Стрешневы, Хованские, Трубецкие...

Многие годы продолжалось поминание писателя Епифания Славинецкого. Он был вызван в 1649 году из Киева для обучения детей греческому языку и особенно для перевода церковных книг. Жил он сначала в Андреевском, затем в Чудовом монастыре и на Крутицах и умер в 1675 году, оставив после себя значительное состояние, которое было целиком роздано на помин. Характерны сами по себе расходы на погребение.

Обошлось оно в 90 рублей и 18 золотых, из которых 15 поднесено патриарху, два Симеону Полоцкому и один духовнику Новодевичьего монастыря. На сорокоуст роздано около 70 рублей. Небольшими суммами деньги поступали в немногие церкви Чудова, Вознесенского и Знаменского монастырей, а также в приходские – на неделю по алтыну. В «третины», «девятины», «полусорочины» и в «сорочины» в Чудов монастырь на стол братии по 5 рублей. Нищим и в тюрьмы, и богадельни роздано более 70 рублей, а также в Тиунскую избу подначальным церковникам около 5 рублей. На вечный помин покойного по указу патриарха особенно много роздано в Киевские монастыри – 500 золотых и 200 ефимков (талеров).

Шестьдесят копеек было выдано дьякону Путивльского Молчинского монастыря, выдающемуся просветителю и писателю Кариону Истомину. В 1692 году Карион издал свой Лицевой букварь, а ранее воспевал в стихах царевну Софью. Известна его многословная поэма на брак Петра I с Евдокией Лопухиной. Скончался Карион монахом в 1722 году. Его надгробие находилось в южной стене храма Чуда, рядом с надгробием известного московского юродивого Тимофея Архипова, жившего сначала при дворе царицы Прасковьи Федоровны, невестки Петра I, а затем ее дочери царевны Прасковьи Иоанновны. Это ему принадлежали ставшие крылатыми слова, сказанные в начале 1730-х годов: «Нам, русским, не надобен хлеб: мы друг друга жрем, и тем сыты бываем».

В соборном храме Чудова монастыря завершается бурная история патриарха Никона, «собинного друга», как долгие годы величал иерарха царь Алексей Михайлович. Решив удалить патриарха от своего двора главным образом из-за его честолюбия, властолюбия и откровенного стремления поставить церковь выше государства, более того – лишить его сана, Алексей Михайлович долгое время не решается принять окончательное постановление. К тому же вселенские патриархи, к которым царь обращался за советом, поддерживали Никона, советовали помириться с ним.

После долгих и очень трудных для Алексея Михайловича препирательств и с самим Никоном, и с многочисленными его врагами среди придворной знати удалось дождаться приезда в Москву самих вселенских патриархов для рассмотрения дела Никона. В декабре 1666 года начался суд в присутствии царя, который предъявил обвинения и объяснения. В конце концов Собор признал Никона виновным в том, что он произносил хулы на царя, «называя его латиномудренником и мучителем, и на всю русскую церковь, говоря, будто она впала в латинские догматы». В вину Никону было поставлено и то, что он низверг Коломенского епископа Павла, был жесток с подчиненными, наказывал их палками и даже пытал огнем.

12 декабря 1666 года суд совершился в чудовской церкви Благовещения, где вселенские патриархи Паисий Александрийский и Макарий Антиохийский сняли с Никона патриарший сан, клобук и панагию. Одновременно ему был прочтен приговор и перечисление вин.

Все это происходило в тайне от москвичей, горой стоявших за патриарха из-за его широкой благотворительности и суровой справедливости независимо от богатства и положения судимого им человека. Чтобы вывезти бывшего патриарха в ссылку, пришлось прибегнуть к хитрости и обмануть толпы народа, ждавшего появления возка с осужденным. Для этого Никона вывезли через Троицкие ворота, да еще и ночным временем. По Москве прошел слух, будто наложил Никон проклятие на Чудов монастырь, сказал, что судьба обители исчезнуть без следа и на земле, и в памяти человеческой.

С 1775 года к Чудову монастырю был приписан подмосковный Николо-Перервинский общежительный монастырь. До 1764 года ему принадлежало около 18 600 душ крепостных крестьян. До 1818 года обители принадлежал и Малый дворец, служивший местопребыванием московских митрополитов, который после рождения в нем будущего царя Александра II был переведен во Дворцовое ведомство.

Перед Октябрьским переворотом обитель носила название Чудов – Алексеевский – Архангело-Михайловский кафедральный монастырь. Среди хранившихся в нем ценностей были знамена, бунчуки и ключи от крепостей, взятых русскими войсками в Персидскую войну 1826–1828 годов (в Алексеевской церкви), в библиотеке – многочисленные рукописи, такие как «Слово об Антихристе» святого Ипполита, Папы Римского (XII в.), «Толкование на Псалтирь» святого Федорита, епископа Каирского, собственноручное завещание святителя митрополита Алексея, им же переписанный перевод «Нового Завета» и другие.