Вариант так называемой Львовской летописи представляется более убедительным. Согласно ему, великий князь Василий III чуть ли не каждый день приходил к старой раке святого и к гробу святого Петра Чудотворца, «лобызая со слезами святые мощи, особо наедине, по вся дни и нощи с теплою верою призывает их, да помогут ему ходатайством к Богу и к Пречистой Его Матери о прижитии чад и обеты свои пред ними в сердце своем полагает... И родися ему сын Иван ... и радостною душею обеты сердца исполняя, повелевает делать раки святым их мощам со всяким царским устроением: святому Петру раку золотую с его образом златым, а стороны раки серебряные; и камением дорогим повелел ее украсить. А святому Алексею раку серебряную всю и на раке образ святого и столбцы позлатить».

Львовская летопись утверждает, что начали раки делать в 1531 году, а раку святого Алексея доделали в феврале 1535-го. Переложение мощей действительно состоялось 11 февраля при архимандрите Ионе, присутствовали же вместе со всеми боярами царь Иван с младшим братом, слабоумным Георгием-Юрием.

Десяти лет от роду будущий Иван Грозный лишился матери, попав в зависимость от отравивших великую княгиню Елену бояр и от ее крутых нравом родственников – князей Глинских. Правда, благодаря Глинским смог он венчаться на царство и почти сразу сыграть свадьбу с молодой женой Анастасией Романовной.

Но первая семейная радость обернулась страшным горем. В Москве вспыхнул очередной, поглотивший в огненном море почти весь город пожар, от которого молодой царь с супругой бежал в село Воробьево. Туда же двинулись за ним разгневанные москвичи, обвинившие в поджоге Москвы царскую бабку – княгиню Анну Глинскую. Дядя царя Юрий Васильевич Глинский был убит ими в одном из кремлевских соборов. Старую княгиню москвичи заподозрили в колдовстве.

И вот в этот страшный пожар 1547 года Чудов монастырь выгорел дотла. Нетронутыми остались только мощи святителя. Между тем в огне погибли восемнадцать старцев, пятьдесят монастырских слуг и весь продовольственный запас.

Именно к Чудову монастырю Грозный всю жизнь будет испытывать особую привязанность. Когда в 1556 году у него родится дочь, царевна Евдокия, он будет ее крестить в Чудовом монастыре и прикажет построить над задними вратами монастыря обетную церковь во имя Иоанна Лествичника с приделом Евдокии Мученицы.

Через восемь месяцев церковь была закончена и освящена. На торжестве присутствовали сам Грозный, царица Анастасия, царевич Иван и царский брат Георгий-Юрий Васильевич, а также митрополит из Царьграда Кизитский Иосаф и старцы Святыя Горы, жившие в Чудовом монастыре. Совершал освящение митрополит Макарий «со всем собором».

У этой маленькой церковки Иоанна Лествичника оказалась совершенно особая судьба. Она в царствование первых Романовых вошла в число бедных церквей, которым периодически давалась царская милостыня. Так случилось и в 1649 году, когда случайно разбился один из «верховых» нищих, которых привечал и содержал при дворце царь Алексей Михайлович. В церковь, связанную с дочерью Грозного, были переданы деньги «на панихиды и обедни».

Во многом стараясь подражать Ивану Грозному, Борис Годунов, в свою очередь, заказывает новую, еще более дорогую и пышную раку для мощей святителя Алексея, якобы задуманную еще царем Федором Иоанновичем. «Рака, скованная из серебра, была украшена златом и многоценными бисерами и каменьем драгим; в верху ее образ Святого изображен, и так великолепно была устроена, что не можно было и достойно описать ее». При Борисе и состоялось переложение мощей.

Очередной великий пожар начался 3 мая 1626 года в Китай-городе и от верха Василия Блаженного перешел сначала на Вознесенский, а там и на Чудов монастырь. На этот раз сгорела соборная Алексеевская церковь, иначе называвшаяся «Чудо Михаила Архангела».

Но и новая царская династия – Романовых в отношении Чудова монастыря следовала традиции Рюриковичей. В Алексеевской церкви крестит своих сыновей, Иоанна и Федора, Иван Грозный и своего единственного ребенка – царевну Федосью царь Федор Иоаннович. Михаил Федорович Романов крестит в Чудовом всех своих детей, а царь Алексей Михайлович – своего погибшего в младенчестве царевича Дмитрия, позднее – будущего Петра I и его сестру царевну Наталью Алексеевну. В ХIX веке к этому обычаю вернется император Николай I для единственного своего ребенка – будущего царя-освободителя Александра II.

Чудовская обитель становится предметом постоянных забот юного Федора Алексеевича. Сначала, в 1677 году, он передает монастырю обширный двор покойного воспитателя царя боярина Бориса Ивановича Морозова – пространство, которое позднее было занято Малым кремлевским дворцом, – не скупится на постоянные взносы, но главное – сам выступает здесь в качестве архитектора.

Созданный Федором Алексеевичем план перестройки Алексеевской церкви, прилегающих к ней трапезной, палат и монастырских служб под ними начал осуществляться в 1680 году, при архимандрите Андриане, последнем патриархе Московском. Ранняя смерть царя – Федора Алексеевича не стало через два года – никак не сказалась на строительстве. Пришедшая к управлению государством царевна Софья Алексеевна берет все расходы на себя.

20 мая 1686 года, в день памяти Обретения мощей святителя, новый храм во имя Алексея Митрополита был освящен. Но этому событию накануне предшествовало великое торжество перенесения святых останков, примечательное к тому же по той роли, которую определила себе на нем правительница.

По описанию современников, 19 мая в старом храме Чуда Михаила, где хранились мощи, была совершена малая вечеря в присутствии обоих царей – Петра и Иоанна Алексеевичей, царевны Софьи и самого патриарха, который «шел в карете в передние монастырские ворота». Затем последовал молебен. «Святые мощи были поставлены посреди церкви и потом подняты на головы самим патриархом и царями, один по правую сторону, другой по левую и позади архиерей; и понесли из церкви в южные двери, вынесли на паперть, откуда в преднесении хоругвей, крестов и икон, со звоном вовся на Иване Великом и в монастыре, архиерей, архимандриты, игумены, протопопы понесли святыню в новый храм. Патриарх шел позади святыни, а за ним цари и царевна. Несли на главную южную лестницу мимо алтарей новой церкви и взошли на большой рундук, принесли в церковь и поставили на уготованное место сам патриарх со властьми. После молебна цари и царевна отбыли в свой царский дом, а за ними и патриарх в свой архиерейский дом».

Но на следующий день – на освящение церкви прибыл один царь Иоанн Алексеевич. Все эти богослужения совершал архимандрит Адриан, хотя еще в марте он был посвящен в митрополиты Казанские. Патриарх Иоаким разрешил подобное отступление от правил, отмечая исключительное участие Адриана в строительстве.

Впрочем, проект царя Федора Алексеевича еще не был полностью осуществлен. Не удалось закончить отделку другого храма, построенного рядом с Алексеевским, – его патриарх Иоаким освятил 28 ноября, в один день со вторым храмом во имя Апостола Андрея Первозванного, с западной стороны Алексеевской церкви.

Создание Алексеевской церкви было особенно знаменательным для царствующего дома и для Московского государства. Есть основания считать, что связано оно с «замирением» стрельцов после событий 1682 года. Использованные для воцарения Иоанна Алексеевича, то есть дома Милославских, а вместе с братом и царевны Софьи, стрельцы под именем «надворной пехоты» превратились в неуправляемую и слишком опасную для правительства силу. На руках у них осталось оружие, с которым они не расставались и на улицах Москвы. Стрельцы сами проводили свои сборы, с Пушечного двора развезли по полкам все пушки, из казны разобрали по рукам порох. Какие-то орудия ввезли в Кремль. По всему городу расставили свои караулы.

На деле государство оказалось без правительства. Вся царская семья находилась в Троицком монастыре, куда стрельцы никого не пропускали. Едва ли не единственное исключение представлял архимандрит Чудова монастыря Адриан, который по поручению оставшегося в Москве патриарха Иоакима возил его письма «царям» и передавал их ответы. Царевна Софья все надежды возлагала на одного патриарха. От Иоакима зависело, сумеет ли он помирить «царей» со стрельцами.