Долгое время спорным оставалось местонахождение Вифсаиды. В древности это была небольшая рыбацкая деревушка, расположенная рядом с местом впадения реки Иордан в Галилейское море. В настоящее время руины Вифсаиды (городище эт-Тель) находятся в 1,5 км от берега — очертания береговой линии с тех пор сильно изменились в результате геологических катаклизмов. Раскопки здесь начались в 1987 г. Городище превращено в археологический заповедник. Один из раскопанных здесь домов назван условно «домом рыбака» — в нем были найдены рыболовные крючки, якорь и игла для плетения сетей, оттиск печати с изображением корабля, с которого два человека забрасывают сеть. В другом доме, «доме виноторговца» (или «доме Саломы», условно названного так по имени матери апостолов Иакова и Иоанна), найден винный погреб с пифосами, жернов и очаг. В 30 г. Филипп, сын Ирода, даровал Вифсаиде статус города и назвал его Юлией, в честь Юлии-Ливии, матери императора Тиберия. Ей, вероятно, был посвящен и найденный при раскопках римский храм. Вифсаида была разрушена землятресениями во II и III вв. и с тех пор была покинута населением. Камни римского храма использовались при строительстве синагоги V в. в Хоразине, в 5 км от Вифсаиды. На них сохранился прежний растительный орнамент и даже изображение римского орла.

В X в. до Р.Х. Вифсаида была столицей Гессура, независимого царства, с которым долго и безуспешно боролись вожди израильтян. Гессур впервые упоминается в дипломатической переписке XIV в. до Р.Х. из Амарны. В X в. до Р.Х. Гессур вступил в союз с царем Давидом, в IX в. был аннексирован Арамом, а в VIII в. до Р.Х. вошел в состав Ассирийской империи — тогда его древняя столица была разрушена Тиглатпаласаром III. Вновь Вифсаида была заселена только в эллинистическое время.

Еще одно исследованное недавно место — Назарет. Раскопки в Назарете показали, что во времена Иисуса это был очень маленький поселок, в котором жило не более 35 семейств (в настоящее время это город с населением около 60 000). Найдены остатки домов, двух террас на склоне холма, на которых были разбиты виноградники, следы оросительных канав, давильня вина. Разработан план реконструкции библейского Назарета недалеко от современного города.

Однако точное местоположение Капернаума окончательно не установлено. Большинство географов XVII—XIX вв. отождествляли его с развалинами, носящими название Хан-Минье, на северо-западном берегу Галилейского моря. В 1905 г. начались раскопки в местечке Тель-Хум, находящемся севернее. Здесь были открыты и частично реставрированы останки красивой синагоги. Считается, что это место лучше соответствует древним свидетельствам о Капернауме, нежели Хан-Минье. О синагоге в Тель-Хуме в свое время нередко говорили как о месте, которое посещалось Иисусом. К сожалению, археологи пришли к выводу, что она была построена много позже и ее следует датировать примерно 200 г. Более древние руины I столетия могут находиться либо ниже, либо где-то поблизости. В любом случае, без проведения дальнейших раскопок мы этого не узнаем.

В настоящее время местоположение Капернаума установлено. Это не Хан-Минье, как предполагали ученые XIX в., который оказался руинами замка Омейядского времени, а Кефар Наум (или Талхум, как его называют арабы. Последнее название образовано от искаженного имени похороненного неподалеку рабби Танхума — его иногда ошибочно интерпретируют как Телль-Хум, «Холм-Горшок») на северо-западном берегу озера Киннерет в Галилее, примерно в 16 км от Тивериады и в 5 км от реки Иордан. «Кефар Наум» переводится как «селение Наума» (Ориген, рассматривая Nahum не как имя собственное, а как существительное, интерпретировал это название как «поселок утешения» — от еврейского nhm — «утешение», а св. Иероним — как «прекрасный город» — от еврейского n'm — «красота»). Кто был этот Наум, в честь которого назвали Капернаум, теперь установить невозможно. В греческих рукописях Евангелий встречаются две транскрипции этого названия:. Древнее поселение было оставлено жителями около тысячи лет назад. В настоящее время около 2/3 территории городища принадлежит ордену францисканцев, остальное — Греческой Православной Церкви.

В 1838 г. городище посетил Э. Робинсон. Он застал там только несколько арабских семейств, живших в шатрах. Робинсон интерпретировал руины большого общественного здания в центре города как синагогу. В 1866 г. английский археолог Чарльз Уилсон заложил на территории синагоги несколько шурфов и уточнил ее план. Поскольку синагога активно разрушалась местными бедуинами, в 1894 г. Францисканский орден собрал средства, чтобы выкупить у них эти руины и значительную часть территории древнего городища. Францисканцы огородили свою собственность стеной и засыпали развалины синагоги землей, чтобы предотвратить их дальнейшее разрушение. В 1905 г. синагогу обследовали немецкие ученые г. Коль и К. Ватцингер, в последующие годы (1906-1915) ее раскопки были продолжены францисканцем Венделином фон Менденом, который открыл также восьмиугольную церковь ранневизантийского времени к югу от синагоги. Планомерные раскопки Капернаума проводились с 1968 г. францисканцами Виргилио Корбо и Станислао Лоффереда.

Место это было заселено с эпохи ранней бронзы (около 2000 г. до Р.Х.). Сохранились следы домов и улиц раннего среднего и позднего бронзового века. Между 1200 и 500 гг. до Р.Х. следов обживания не найдено. Новое поселение было основано, вероятно, только в ахеменидское (персидское) время.

Капернаум римского времени был небольшим, но процветающим городом, стоявшим на важной торговой магистрали (Беф-Сан — Дамаск). Площадь его равна примерно 6 га (300 на 200 м), он вытянут с запада на восток вдоль берега озера. Население его в лучшие годы едва ли превышало полторы тысячи человек (для сравнения: население Магдалы в I в. от Р.Х. достигало 40 тысяч). Жители занимались рыболовством (озеро и по сей день изобилует рыбой), сельским хозяйством и торговлей. Императорская дорога на Дамаск проходила вдоль северного края поселения. Здесь был найден мильный камень с латинской надписью, поставленный в правление Адриана (117-138 гг.). В городе, последнем населенном пункте на границе с тетрархией Ирода Антипы, в I в. от Р.Х. имелась таможня — в Евангелии от Марка упоминается сборщик пошлин (Мк. 2:13-15). Примечательно, что, судя по находкам монет и предметов импорта, городская торговля была ориентирована в основном на северные районы: Галилею, Сирию, Малую Азию. Связи с центральной и южной Палестиной почти не прослеживаются.

Население Капернаума пользовалось определенным достатком, резкой имущественной дифференциации не было. Добротные одноэтажные дома строились из местного вулканического базальта, без фундамента и без раствора. Легкие плоские крыши представляли собой ряды деревянных балок, покрытых слоем смешанной с соломой глины (саманом). Из внутреннего двора, вокруг которого располагались жилые помещения, на крышу обычно вела каменная лестница. Все окна открывались во внутренний двор, из которого на улицу вела единственная дверь. Проложенные по линии север-юг главные улицы и перпендикулярные им переулки образовывали жилые кварталы, insulae.

До IV в., по словам св. Епифания, Капернаум был населен исключительно иудеями: «Обычай, запрещающий людям какой-либо другой расы жить среди них, особенно строго соблюдается в Тивериаде, в Диокесарии, в Назарете и в Капернауме». В «Мишне» есть упоминание о том, что в первые века от Р.Х. население Капернаума делилось на две четко различавшиеся антагонистические группы: правоверных иудеев и миним — еретиков, очевидно иудео-христиан. В начале II в. капернаумские миним обратили в свою веру посетившего их рабби Ханину, племянника известного рабби Иисуса (Midrash Qoh Rabba I:8). К началу IV в. иудео-христиане составляли в городе абсолютное большинство, в связи с чем кесарийский рабби Исси проклял «сынов Кефар Наума» как вероотступников. Трудно сказать точно, когда среди иудео-христианского населения Капернаума появились православные христиане. Несомненно только, что восьмиугольная церковь середины V в. была выстроена уже ими. Иудеи продолжали жить в городе и в византийское время, но христиане тогда уже составляли большинство населения (практически во всех раскопанных кварталах среди находок этого времени встречаются привозные керамические чаши с изображением креста).