Помпеи не успел в спешке вывезти государственную казну, и теперь она попала в руки победителя. Когда один из народных трибунов, ссылаясь на закон, пытался запретить ему взять деньги, Цезарь воскликнул: "Разве ты не знаешь, что оружие не считается с законами!"
Подчинив Италию, Цезарь отправился в Испанию, где были расположены главные силы Помпея, так как боялся, что эти войска будут угрожать ему с тыла, когда он двинется против соперника. После короткой, но жестокой борьбы Цезарь принудил испанскую армию Помпея к капитуляции.
Осенью Цезарь вернулся в Рим, где был провозглашен диктатором. Вслед затем с отборным отрядом кавалерии и пятью легионами он направился на юго-восток Италии в Брундизий, а оттуда отплыл в Грецию. Переправить на Балканский полуостров сразу всю армию Цезарь не мог из-за отсутствия транспортных средств. С имеющимися силами Цезарь не только не мог перейти в наступление против Помпея, собравшего к этому времени значительную армию, но и сам попал в затруднительное положение. Увидев, что оставшиеся в Италии войска медлят, так как в Адриатическом море господствовал флот Помпея, Цезарь решил лично сам возглавить и ускорить переправу. Тайно от всех был снаряжен небольшой быстроходный корабль, на который поднялся человек в одежде раба с закрытым лицом. Экипаж корабля не догадывался, кто этот молчаливый путник. Знай помпеянцы, что на судне находится сам Цезарь, им не составило бы особого труда захватить его в открытом море.
В этот день на море разыгралась буря. Убедившись, что маленький корабль не выдержит далекого плавания, кормчий приказал повернуть назад. Услыхав команду. Цезарь схватил его за руку и сказал: "Не трусь! Ты везешь Цезаря и его счастье". Узнав полководца, матросы забыли про бурю и, как бы приросши к веслам, гребли с величайшим усердием. Однако плыть дальше стало невозможно, и Цезарь вынужден был вернуться.
Наконец, Антоний, командовавший оставшейся в Италии армией, переправился в Грецию и соединился с Цезарем. Вскоре после этого в Северной Греции при Шарсале произошло решающее сражение. Новобранцы Помпея не устояли против закаленных в боях с галлами ветеранов Цезаря. Остатки армии Гнея Помпея капитулировали, а сам он бежал в Египет, где был предательски убит.
После смерти Помпея Цезарь отправился в Египет. Здесь он собирался взыскать с жителей для своего войска 10 млн. сестерциев. В это время наибольшим влиянием в стране пользовался один из царедворцев, правивший от имени малолетнего царя Птолемея. Чтобы не делить ни с кем власть, он изгнал из столицы, города Александрии, старшую сестру царя Клеопатру. Этот правитель, боясь за свое положение, сразу стал проявлять враждебность к римлянам. Солдатам Цезаря он отпускал только старый, залежавшийся хлеб, говоря, что людям, которые едят чужое, нечего привередничать. Цезарь располагал в Египте слишком незначительными силами, чтобы начать войну. В поисках опоры среди местного населения он решил вернуть из изгнания Клеопатру. Молодая царица села в маленькую лодку и под покровом ночи, имея лишь одного спутника, подплыла ко дворцу, занятому Цезарем. Боясь попасть к врагам, она спряталась в матрасный мешок и таким образом была доставлена в покои Цезаря. Восхищенный смелостью и красотой царицы Цезарь возвел ее на престол, вступив с ней в брак.
Вмешательство во внутренние дела Египта и поборы пришельцев вызвали восстание местного населения, и небольшой отряд римлян попал в опасное положение. Враги отрезали Цезаря от кораблей, и, чтобы спастись, римляне подожгли город. Во время пожара сгорела знаменитая Александрийская библиотека. Спасаясь от разъяренных жителей, Цезарь укрылся в александрийской гавани на маленьком острове Фаросе. Однажды, когда Цезарь плыл, чтобы соединиться со своими войсками, египтяне окружили лодку и, чтобы спастись, ему пришлось броситься в воду. Со всех сторон на него сыпались стрелы, однако Цезарь упорно плыл к берегу. Самое удивительное даже не то, что он сумел спастись от смертельной опасности, а то, что и в воде он не выпустил из рук своих дощечек с записями, с которыми никогда не расставался.
Несмотря на все опасности, римлянам удалось продержаться до прибытия вызванных из Сирии легионов, и восстание было подавлено. В это время на Востоке сын понтийского царя Митридата VI Евпатора, Фарнак, начал войну против Рима. Ему удалось занять значительную часть Малой Азии. Цезарь выступил против Фарнака с тремя легионами. Победа досталась так легко, что, сообщая о ней в Рим, Цезарь ограничился всего тремя словами: "Пришел, увидел победил!".
Остатки легионов Помпея собрались в Африке. Во главе их встал давний враг Цезаря Катон. К помпеянцам присоединился нумидийский царь Юба. Неспокойно было и в Испании, где в римских гарнизонах находилось много ветеранов Помпея. Казалось, гражданская война готова вспыхнуть с новой силой. Цезарь поспешил в Африку. Около города Тапса противники встретились. Судьба, как и раньше, была благосклонна к Цезарю: в течение трех часов он захватил три вражеских лагеря. Потери помпеянцев, по слухам, достигали 50 тыс.; сам же Цезарь потерял только 50 воинов. Катон понял, что дело его проиграно, и покончил жизнь самоубийством. Цезарь вернулся в Рим, где отпраздновал триумф в честь всех одержанных им побед: в Галлии, Египте, Малой Азии и в Африке. Воинам Цезарь роздал подарки, а народу устроил богатое пиршество. На 22 тысячах столов было выставлено угощение для всех граждан. Гладиаторские бои на суше и на море довершили празднество.
Вскоре после этого Цезарь, в четвертый раз выбранный консулом, отправился в Испанию, где против него подняли восстание сыновья Помпея Гней и Секст. При городе Мунде произошло ожесточенное сражение. Солдаты Цезаря, измученные бесконечными войнами, страдая от нехватки продовольствия, дрались неохотно, и победа была достигнута ценой больших потерь. Говорят, что, вспоминая эту битву, Цезарь сказал: "Раньше я дрался с врагами за победу, на этот раз мне пришлось сражаться за жизнь". В битве при Мунде погибли последние вожди помпеянцев; только младшему сыну Помпея - Сексту удалось скрыться. Эта война была последней, которую вел Цезарь.