С началом реформ прекратились гонения на раскольников, в 1862 году в Москве был создан «духовный совет», нечто вроде старообрядческого синода (потому-то П. Мельников и заявил в 1862 году в «Северной пчеле», что раскольники не заключают в себе ничего опасного для государства), а в 1863 году русские раскольники порвали с Белокриницким митрополитом и возвели своего архиепископа в сан «митрополита Московского и всея России».
Теперь раскол как государственная проблема П. И. Мельникова перестал интересовать, хотя он по-прежнему интересуется и расколом, и раскольниками, но то уже интерес не чиновника, а историка и писателя. В 1864–1865 годах П. И. Мельников работает редактором внутреннего отдела газеты министерства внутренних дел «Северной почты». В апреле 1864 года он был произведен в действительные статские советники, а в августе 1866 года вышел в отставку и переехал в Москву. В следующем году в «Русском вестнике» опубликовал историческую повесть «Княжна Тараканова и принцесса Владимирская». Отныне он живет только литературным трудом. В 1868 году Мельников-Печерский приступил к работе над романом «В лесах».
Надо сказать, Павел Иванович Мельников был человеком неторопливым, несуетным, но твердым. Неудачным по молодости оказался его литературный дебют, и он «замолчал» на двенадцать лет; в тридцатидвухлетнем возрасте вновь дебютировал («Красильниковы»), его как писателя заметили, но внешние обстоятельства не благоприятствовали занятию литературным трудом, и он «замолчал» еще на пять лет; потом за десять лет написал много рассказов, очерков, статей, работал редактором… Выйдя в отставку, попробовал служить в «Русских ведомостях», но вскоре оставил это занятие и принялся за главный труд своей жизни — романы «В лесах» и «На горах». А ему тогда уже исполнилось пятьдесят лет. Как и в пору своей молодости, когда он замыслил написать большой роман, его вновь одолело желание дать широкую картину русской жизни.
В 1872 году Мельников-Печерский писал жене Елене Андреевне: «Талант заключается только в том, что человек умеет взяться за работу и имеет такт. Главное же — труд, труд и труд. Не только обыкновенные смертные, к числу коих принадлежу и я, все берут главнейшим образом трудом, но даже и гений есть не что иное, как труд. Но для беллетристического труда, если не нужно небывалого вдохновения, то необходимо спокойствие духа, сосредоточенность, замкнутость… Оттого и у нас и за границею все эти вещи пишутся почти всегда не в городах, а в деревнях, в уединении».
Теперь Мельников-Печерский зимой обычно живет и работает в Москве, а летом — в небольшом имении жены, в Ляхове, расположенном верстах в восьми от Нижнего Новгорода.
В 1874 году роман «В лесах» был закончен. Новое произведение вновь заставило заговорить об Андрее Печерском как о первоклассном беллетристе, а сам писатель сразу же принимается за новый труд — роман «На горах», работа над которым займет пять лет. Заканчивал свое последнее произведение Мельников-Печерский, будучи уже очень тяжело больным человеком. Не в состоянии сам писать — он диктовал жене.
Дилогия Мельникова-Печерского сразу же привлекла внимание широкого читателя, однако личность самого автора всегда как бы пребывала в тени. В одном из своих писем он поведал такой курьезный факт: после публикации романа «В лесах» ему как-то довелось ехать в Нижний Новгород в компании генерала Ганецкого, долго говорили о расколе и раскольниках. Потом Ганецкий расскажет о встрече с П. И. Мельниковым нижегородскому губернатору Кутайсову.
«— Какой интересный человек этот Мельников, — заметит генерал Ганецкий, — только одно я за ним заметил и сказал бы ему, да мало знаком с ним, неловко. Именно, выдает за свое то, что явно вычитал из такой книги, которую все читают, а я так автору хоть свечку готов поставить. Хотел было ему сказать: «Да ведь это вы вычитали из романа «В лесах» Печерского?!»
Кутайсов на это ему ответил:
— Да ведь Мельников-то и есть Печерский; он же это и написал».
В 1881 году Павел Иванович переезжает на постоянное жительство в родной Нижний Новгород, и там, в доме на Петропавловской улице, 1 февраля 1883 года он и скончался. Похоронили его на кладбище при женском Крестовоздвиженском монастыре.
Пройдет четверть века, и критик А. Измайлов в своем предисловии ко второму Полному собранию сочинений Мельникова-Печерского напишет: «В лесах» и «На горах» давно стали одним из тех фундаментальных для русского человека сочинений, без которых не может быть полного литературного образования».
Минул уже век, как ушел из жизни Павел Иванович Мельников, произведения его живут полнокровной жизнью, но личность его продолжает оставаться в тени. Судьба его оказалась как бы неподвластна времени.