Для улучшения разведывательной работы была сформирована комиссия по выработке «Общих положений о разведывательной и контр-разведывательной службе», в которую вошли: ее председатель С. А. Кузнецов[35] (ВГШ), врид начальника ВСО А. В. Станиславский и его сотрудники (врид начальника разведчасти А. Л. Нолькен, начальник разведотделения Н. Н. Шварц, врид начальника регистрационной службы (контрразведки) А. А. Чернявский; от Высшего военного совета — помощник начальника Оперативного управления по разведке Б. М. Шапошников; от Оперода Наркомвоена — начальник Отдела военного контроля (контрразведки) М. Г. Тракман, представители штабов военных округов, от ВЧК — Я. Г. Блюмкин (единственный человек не из военного ведомства).[36]

В этом документе, состоящим из трех глав: 1) о разведывательной работе; 2) о контрразведывательной службе и 3) об ассигнованиях на разведку и контрразведку, утверждалось, что «руководство всей разведкой, в смысле разграничения районов деятельности различных органов разведки и постановки задач принадлежит Всероссийскому Главному штабу». В статье 2 главы 1 говорилось: «Всероссийский Главный штаб ведает: а) заграничной агентурной разведкой как в мирное время, так и в период мобилизации и во время войны;

б) разработкой после окончания работ общего мирного конгресса всех вопросов, связанных с «мобилизацией» разведки, обеспечивающей ее непрерывность с объявлением войны и соответствие заграничной агентурной сети военным коалициям держав, в) разграничением районов разведки и постановкой разведывательных задач всем органам, ведущим разведку на территории Российской Республики и общим руководством этой работой в соответствии со ст. 1-й и примечаниями 1-м и 2-м той же статьи, г) окончательной разработкой и систематизированием сведений, добываемых нашими разведывательными органами».[37]

Вместо расформированного Высшего военного совета и его штаба были образованы Революционный военный совет Республики (РВСР) и его штаб, начальником разведывательного отдела штаба был назначен Б. М. Шапошников, начальником разведывательного отделения этого отдела — Ф. Л. Григорьев.

1 ноября 1918 г. председателем Реввоенсовета Республики (РВСР) Э. М. Склянским, главкомом И. И. Вацетисом и членом РВСР К. Х. Данилешевским был утвержден штат Полевого штаба (ПШ) РВСР, начальником его назначили бывшего офицера царской разведки, члена РВСР, члена Реввоентрибунала Республики, комиссара ПШ РВСР Семена Ивановича Аралова (1880–1969),[38] который впоследствии отсидел в ГУЛАГе до 1953 г. В его структуре было предусмотрено Регистрационное управление (Региструпр), на которое было возложено объединение всех органов агентурной разведки и военной контрразведки. Состоял Региструпр из двух отделов: 1-го — отдела военного контроля (т. е. контрразведки), сокращенно Отвоенкон, и 2-го — агентурного, в котором по штату числилось 39 человек (включая техперсонал). При Региструпре имелись Курсы разведки и военного контроля. Региструпру и курсам было приказано разместиться в Москве на улице Пречистенка в домах № 35, 37 и 39, где раньше находился Оперод Наркомвоена. Большинство сотрудников пришло вместе с Араловым из Оперода, который он возглавлял с мая 1918 г. По штату после начальника следовали: консультант Г. И. Теодори (он же начальник Курсов разведки и военного контроля); начальник агентурного отдела В. Ф. Тарасов, однако через несколько дней он отбыл на фронт и его обязанности стал исполнять Г. Я. Кутырев; комиссар отдела В. П. Павулян, вскоре ставший заместителем Аралова; начальник агентурного отделения Г. Я. Кутырев, которого после перемещения в агентурное отделение сменил В. А. Срывалина.[39] Отвоенкон возглавляли М. Г. Тракман и его помощник латыш В. Штейнгарт, ранее руководившие Отделом военного контроля Оперода Наркомвоена. Однако в ведении Региструпра Отвоенкон был всего два месяца, а затем он был передан в ВЧК с изменением его названия и руководства (Особый отдел ВЧК во главе с М. С. Кедровым).

В докладе 1-го отделения 1-го отдела Региструпра Срывалина, где подводились итоги работы органа агентурной разведки за 10 месяцев, говорилось, что «правильная организация разведки должна считаться столь же необходимой, как и организация вооруженных сил Государства и должна быть неотъемлемым их дополнением, иначе армия явится лишь слепым организмом». «Разведка не может быть делом импровизации и кустарничества, ибо она основывается на деятельности сети мелких тайных агентов, которые должны быть выбраны с большим разбором, — писал Срывалин, — затем подготовлены и натасканы и, наконец, еще испытаны, раньше чем считать возможным довериться их донесениям, которые нередко должны лечь основанием важных военных операций. Разведка должна вестись настойчиво и непрерывно, и связь с агентами должна быть надежной. Работа тайной организации за границей должна быть обставлена строжайшей тайной, и агентура должна быть так организована, чтобы арест или измена одного агента не влекли за собой провала всей организации. Количество агентов должно быть достаточно велико, чтобы путем многочисленных засечек иметь возможность проверить правдоподобность донесений агентов».[40] В документе подчеркивалось, что недостает людей, желающих заниматься агентурной работой, что очень невысок коэффициент (ниже 35 % от общего числа поступивших на службу) полезных лиц из партийных работников. В докладе сообщалось о низком образовательном уровне состава агентуры (у 66 % агентов уровень городского училища или церковноприходской школы), 50 % агентуры по профессии рабочие и 90 % агентов никогда не занимались не только тайной военной разведкой, но даже нелегальной партийной работой. Среди прочих недостатков агентуры Срывалин отмечал отсутствие стремления к методической и кропотливой работе и необъективность. Подводя итоги, автор доклада среди недостатков называл: 1) малочисленность агентуры, 2) сильную текучесть в личном составе, 3) отсутствие выбора и подбора кадров, 4) плохую связь, 5) «власть на местах» («В многочисленных докладах, составивших целое дело и представленных в течение последних 3-х месяцев, приводится много фактов о препятствиях в работе агентуры, встречаемых начиная от ЧК и кончая командармами»).[41] В качестве примера можно привести «дело» Георгия Ивановича Теодори. 1 марта 1919 г. ближайший помощник Аралова в Опероде Наркомвоена и Региструпре Теодори был командирован в Литву, Латвию, на Северный и другие фронты для выполнения особых заданий РВСР по агентурной разведке. 12 марта он был арестован особистами в Двинске и этапирован в Москву, где по подозрению в шпионаже и участии в контрреволюционной организации содержался в Бутырской тюрьме и в Особом отделе ВЧК до 4 января 1921 г. После освобождения служил на различных должностях в РККА до своего ареста и расстрела в апреле 1937 г. (реабилитирован в 1957 г.).[42]

В декабре 1918 г. ВЧК отобрало у военного ведомства контрразведку (отдел военного контроля), входившую в состав Региструпра Полевого штаба РВСР, и полностью сменило его руководство, уже накопившего определенный опыт работы. Усилиями Дзержинского Совет Труда и Обороны принял в ноябре 1920 г. постанволение за личной подписью Ленина о подчинении Региструпра (военной разведки) помимо РВСР еще и ВЧК на правах отдела.[43] Но решение это не было исполнено.

19 июня 1919 г. впервые было принято положение о Региструпре, согласно которому он определялся как «центральный орган тайной агентурной разведки», который подчиняется непосредственно РВСР (минуя начальника ПШ РВСР). В Региструпре имеется три основных подразделения: 1-й — сухопутный агентурный, 2-й — морской агентурный, 3-й — военно-цензурный. Агентурный (сухопутный) отдел состоял из четырех отделений: Северного, Западного, Ближневосточного и Дальневосточного, включавшего Сибирь, Китай и Японию. Его начальником назначался Н. М. Чихиржин (Назаров). Однако в те годы руководство постоянно менялось. Так, уже в июле Аралов передал свои дела как военкома ПШ РВСР новому члену РВСР С. И. Гусеву, а в самом начале 1919 г. сдал и должность члена РВСР. Сергей Иванович Гусев (1874–1933) стал начальником Региструпра. В дальнейшем он был начальником Политуправления Реввоенсовета Республики, в 1924–1933 гг. работал в аппарате ЦК ВКП(б) и ИККИ. После Гусева в январе—феврале 1920 г. управление возглавил Г. Л. Пятаков, с февраля — Владимир Христианович Ауссем (1879–1937).[44] В июле 1920 г. Ауссема сменил Ян Давыдович Ленцман.[45]