Государственная власть во всех субъектах РФ организована на основе принципа разделения власти, который предполагает не только распределение властных полномочий между органами различных ветвей государственной власти, но и взаимное уравновешивание ветвей власти, невозможность ни для одной из них подчинить себе другие, исключение сосредоточения всех полномочий или большей их части в ведении одного органа государственной власти или должностного лица.
Система органов государственной власти субъекта РФ в общем плане включает:
1) законодательный (представительный) орган государственной власти;
2) высшее должностное лицо субъекта РФ (глава региона);
3) высший исполнительный орган государственной власти;
4) иные органы государственной власти.
Функционирующие на территории субъекта РФ территориальные органы федеральных органов государственной власти (исполнительных, судебных) в систему органов государственной власти субъекта РФ не входят.
Законодательный орган государственной власти в субъекте РФ один (высший и единственный). Он является постоянно действующим, хотя часть депутатов может работать и на непостоянной основе. Название законодательного органа определяется субъектом РФ самостоятельно — это может быть совет (государственный, верховный, областной и пр.), собрание (государственное, законодательное, народное и пр.), дума (краевая, областная, окружная, городская, губернская, государственная), хурал, суглан, парламент и т. п. Количественный состав законодательных органов субъектов РФ может значительно различаться от, например, 15 до несколько сотен депутатов (в последнее время наметилась тенденция к сокращению численного состава парламентов субъектов РФ например, в Татарстане, Башкортостане, Чувашии, Кабардино-Балкарии и др., Чувашии, Кабардино-Балкарии и др.). Структура региональных парламентов в основном однопалатная, но есть и двухпалатные (бикамеральные) законодательные органы (на региональном уровне — в Башкортостане, Кабардино-Балкарии и др. — также наметилась тенденция отказа от бикамеральности).
В двухпалатных парламентах одна из палат (обычно называемая верхней) формируется, как правило, из представителей территориальных единиц субъекта РФ, причем в отличие от другой (нижней) палаты здесь возможно отступление от принципа равного представительства. Однако в этом случае полномочия палат должны быть сбалансированы таким образом, чтобы решения нижней палаты, представляющей непосредственно население региона (формируемой путем выборов по избирательным округам с примерно равным числом избирателей), не блокировались верхней палатой, формируемой без обеспечения равного представительства (от территорий).
Формируются законодательные органы субъектов РФ исключительно путем выборов депутатов населением региона, при этом не менее 50 % депутатов парламента (или одной из его палат) должны избираться по пропорциональной избирательной системе (по партийным спискам), но при условии, что в данном субъекте РФ зарегистрированы региональные отделения не менее чем трех политических партий. Срок полномочий региональных парламентов не может превышать пяти лет. В некоторых субъектах РФ предусмотрена ротация (обновление) части состава через определенный срок после избрания. Полномочия законодательного органа субъекта РФ достаточно широки и направлены на реализацию основных его функций: представительства, законодательной и контрольной.
В отличие от законодательной власти исполнительную власть в субъекте РФ осуществляет система органов, включающая высший исполнительный орган государственной власти (правительство, администрацию) и иные органы исполнительной власти (министерства, департаменты, комитеты, управления и т. п.). Система исполнительных органов государственной власти устанавливается законом субъекта РФ, а их структура в соответствии с конституцией (уставом) субъекта РФ и указанным законом определяется главой региона. В отличие от федеральной схемы институциональной организации государственной власти высшее должностное лицо субъекта РФ (глава региона) однозначно определен в качестве главы (руководителя) высшего исполнительного органа государственной власти соответствующего субъекта.
После внесения изменений в федеральный закон «Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов РФ» в декабре 2004 года (Федеральный закон от 11.12.2004 № 159-ФЗ) существенно изменился статус высшего должностного лица субъекта РФ. Теперь он не избирается населением региона, а наделяется полномочиями законодательным органом субъекта РФ по представлению Президента РФ на срок до 5 лет (при этом исключен запрет занимать должность главы региона одному и тому же лицу более двух сроков подряд). Порядок рассмотрения кандидатур на должность высшего должностного лица (руководителя высшего исполнительного органа государственной власти) субъекта РФ установлен Указом Президента РФ от 27.12.2004 № 1603. В новой схеме наделения властными полномочиями глав субъектов РФ определяющая роль отведена Президенту РФ, так как в случае трехкратного (а в отдельных ситуациях — двукратного) отклонения региональным парламентом представленных главой государства кандидатур (представленной кандидатуры) Президент РФ вправе распустить законодательный орган субъекта РФ и назначить временно исполняющего обязанности высшего должностного лица региона своим указом.
Высший исполнительный орган субъекта РФ формируется главой региона, но законодательством субъекта РФ может быть установлена необходимость получения согласия на назначение некоторых должностных лиц парламента субъекта РФ. Однако ситуация, при которой весь состав регионального правительства формируется с участием законодательного органа, недопустима. Полномочия высшего исполнительного органа государственной власти субъекта РФ являются традиционными исходя из того, что он является органом общей компетенции и осуществляет управление всеми основными сферами жизнедеятельности на региональном уровне.
Говоря об организации судебной власти в субъектах РФ, необходимо иметь в виду следующее. Собственно судами субъектов РФ являются только конституционные (уставные) суды и мировые судьи. Исходя из того, что мировые судьи (являющиеся судьями общей юрисдикции субъектов РФ) лишены возможности участвовать в разрешении публично-правовых споров (они рассматривают только определенные категории уголовных и гражданских дел), в реализации принципа разделения власти на региональном уровне участвуют только конституционные (уставные) суды, которые созданы пока далеко не во всех субъектах РФ. В тех субъектах РФ, где отсутствуют собственные конституционные (уставные) суды, баланс властей обеспечивают федеральные суды, функционирующие на территории этих субъектов, к юрисдикции которых отнесено в том числе разрешение споров публично-правового характера с участием региональных органов государственной власти.
Система органов государственной власти субъекта РФ может включать и иные органы. В частности, в отдельных субъектах РФ учреждены надпарламентские органы, например, Великий Хурал в Тыве, Конституционное собрание в Дагестане. В некоторых субъектах РФ предусмотрены органы государственной власти на уровне ниже регионального: в районах, городах и т. п. Конституционный Суд РФ признал допустимым создание таких органов государственной власти, но при обязательном соблюдении ряда условий, а именно: эти органы не могут быть подчинены региональным органам государственной власти, они должны формироваться путем выборов населением соответствующей территории и обладать собственными полномочиями, они не могут наделяться полномочиями органов местного самоуправления, равно как и делегировать свои полномочия данным органам: делегировать государственные полномочия может только законодатель, а законодательный орган в субъекте РФ один, поскольку представительные органы государственной власти территориальных единиц субъекта РФ законодательными органами не являются. В Дагестане предусмотрен коллегиальный орган исполнительной власти — Государственный Совет, функционирующий наряду с правительством республики. В некоторых субъектах РФ создаются государственные органы, которые трудно отнести к какой-либо традиционной ветви власти (Государственный контрольный комитет в Башкортостане, Комитет по национальным отношениям в Кабардино-Балкарии, Совет губернаторов в Тюменской области, согласительные палаты и т. п.).