Прибыв в Могилев, генерал Алексеев арестовал и отправил Корнилова и других путчистов в тюрьму города Быхова под охрану надежных частей. 11 сентября Михаил Васильевич подал в отставку новому Верховному Главнокомандующему Керенскому рапортом, в котором значилось: "Страдая душой, вследствие отсутствия власти сильной и деятельной, вследствие происходящих отсюда несчастий России, я сочувствую идее генерала Корнилова и не могу пока отдать свои силы на выполнение должности начальника штаба". Алексеев сдал свою должность новому начштаба Верховного генералу Духонину, снова уехал в Смоленск. Оттуда в начале октября Алексеева пригласили в Петроград для участия в работе Предпарламента — Совета российской республики. На петроградских заседаниях Михаил Васильевич окончательно убедился, что эта власть в своей политике неспособна провести коренные перемены, необходимые для оздоровления армии.

16 октября 1917 года генерал Алексеев начал в Петрограде создавать подпольную военную организацию, так и называвшуюся позже Алексеевской. Крупнейший военный теоретик воодушевленно вложил в свое детище опыт и оставшийся пыл. У него, как и у соратников во главе с Корниловым за быховскими решетками, с какими наладилась постоянная связь, все ответы на малахольный российский вопрос: что делать? — были готовы. Личным адъютантом генерала стал ротмистр Алексей Генрихович Шапрон дю Ларре: бывший командир эскадрона лейб-гвардии Кирасирского Его Величества полка.

Алексеев создавал офицерские «пятерки», во главе которых, как он писал в записной книжке, становились "наиболее твердые, прочные, надежные и дельные руководители". В них он видел базу будущей новой армии, которую назовут Добровольческой. Генерал рассчитывал на осознающих свой долг офицеров, чтобы перебрасывать их на Дон и начинать битву после неминуемого разгрома керенщины. В алексеевские ряды в обоих столицах вступали и юнкера, кадеты старших классов. 60-летний Михаил Александрович неутомимо трудился, ежедневно мотался из общежития на Галерной улице на заседания Предпарламента в Мариинский дворец, посвящая всю остальную часть суток сплачиванию Белой гвардии.

Переправлять добровольцев на юг подпольщикам помогала так же основанная при участии Алексеева организация "Белый Крест", для будущего Белого дела шел сбор средств в финансовых и промышленных кругах Петрограда и Москвы по инициативе "Совещания общественных деятелей". Национальная общественность стала понимать, что в России, по сути, две партии: «развала» — Керенского и «порядка» — Корнилова, которого все больше считали спасителем России.

Интеллигенция мало принимала большевиков в расчет, но именно они затеяли свой переворот в Петрограде 25 октября 1917 года. Только начавшая здесь формироваться Алексеевская организация не в силах тогда была им противостоять. Кроме того, Алексеев, как и многие военные, не хотел защищать Керенского, готовил своих офицеров на Дон, чтобы оттуда очищать стремительно красневшую Россию.

В роковые октябрьские дни Михаил Алексеевич все же не смог отсидеться. Когда большевистские силы устремились к Зимнему дворцу, генерал отправился туда. Он в открытую прошел через красное оцепление, попытался разобраться в действенности дворцовой охраны. Правительственные начальники призывали офицерство на свою защиту, не имея чем его вооружить. Алексеев убедился в несерьезности затеянной здесь обороны, но что-то предпринимать было уже поздно. Ему осталось лишь высказать срочные рекомендации и окончательно "уйти на дно" в забушевавшем городе, предоставив первое жалкое демократическое правительство России его участи. Алексеев перебрался на квартиру члена его организации инженера С.С. Щетинина. Отсюда уже в красном Питере Алексеев продолжил сколачивать ядро белых офицеров. Бывший Верховный, старый штабист, привыкший опираться на мощнейшие аппараты армии, отлично проявил себя в совершенно новых для него условиях конспирации. 30 октября Алексеев убыл из Петрограда по подложному паспорту на имя отца жены Щетинина, которая была сестрой милосердия Кауфманской общины Красного Креста. Путь генерала пролег через воспламененную Россию на столь благодатный издали Дон, в Новочеркасск.

Оттуда, со страниц новочеркасской газеты "Вольный Дон" генерал обратился к офицерам, призывая их "спасти Родину", провозглашая:

"Русская государственность будет создаваться здесь. Обломки старого русского государства, ныне рухнувшего под небывалым шквалом, постепенно будут прибиваться к здоровому государственному ядру юго-востока". В начале ноября 1917 года в столице донского казачества многие видели скромно одетого в шататское пожилого «очкаря», напоминающего профессора, который находился в постоянных хлопотах, особенно часто бывал в атаманском дворце у Донского атамана генерала А.М.Каледина. Это Алексеев, получивший в свое распоряжение от атамана бывший госпиталь на Барочной улице, также собирал у себя военную молодежь и беседовал с офицерами.

Один из помощников Алексеева Л.В. Половцов в своих воспоминаниях "Рыцари тернового венца" так рассказывает о рождении Добровольческой армии:

"Ближайшими сотрудниками ген. Алексеева были в то время: его адъютант рот. Шапрон, начальник штаба полк. Веденяпин, подп. Лисовой и кап. Шатилов; начальник строевой части, бежавший из быховской тюрьмы ген. инф. И.Г. Эрдели; начальник хозяйственной части — член Госуд. Думы Л.В. Половцов; по политическим вопросам — член Госуд. Думы Н.Н.Львов, С.С.Щетинин и А.А.Ладыженский.

В Ростове и Таганроге работал председатель общества заводчиков и фабрикантов В.А.Лебедев.

Для сбора добровольцев с фронта в Киеве была создана особая организация, во главе которой стоял ген.-кав. А.М. Драгомиров и член Госуд. Думы В.В.Шульгин. На первый призыв ген. Алексеева отозвалось около 50 офицеров и юнкеров, бежавших в Новочеркасск из Петрограда и Москвы после октябрьских стычек с большевиками. Из них были составлены кадры первых воинских частей: офицерского и юнкерского батальонов. Прибывали добровольцы и из соседних местностей — обор- ванные, без белья, без сапог, в каких-то опорках. Их надо было разместить, одеть, обуть и кормить, а денег было мало.

Получив самые широкие обещания денег со стороны различных общественных организаций в Москве и Петрограде, ген. Алексеев приступил к выполнению своего плана, имея в кармане 10 ООО руб., занятых им у частного лица. На эти 10000 руб. и жили несколько дней кадры будущей армии. Постепенно стали поступать в кассу местные пожертвования, но в ничтожных размерах. Наконец наступил момент, когда стало ясным, что завтра надо бросить все дело, потому что денег больше нет. Помочь делу решили сами добровольцы. Наиболее состоятельные из них, не имея сами наличных денег, воспользовались своими кредитоспособными именами и выдали векселя. По учете векселей, при содействии Н.Н.Львова, в местных банках получилась сумма около 350 000 руб., которые и спасли дело на некоторое время. Одному Богу известно, какие мучительные часы переживали Алексеев и его сотрудники в это время. Поставив на карту все — и доброе имя, и жизнь, и все свое прошлое, увидав полную возможность осуществления своей мечты о великом деле, ген. Алексеев мог оказаться в самом ужасном положении. Ведь от великого до смешного один только шаг. А разве не смешно было бы для бывшего верховного главнокомандующего собрать армию — в 50 человек и затем распустить ее. Но ген. Алексеева эта мысль не пугала. Он хлопотал, про- сил, умолял и, хотя с величайшими затруднениями, но армия создавалась и увеличивалась". После большевистского переворота в Петрограде атаман Каледин вводил на территории Области войска Донского военное положение. 26 октября донские большевики, захватив власть в Ростове-на-Дону, предъявили атаману ультиматум сдать его пост. После этого Каледин со своими казаками начал готовиться выбить красных из Ростова, а с появлением Алексеева и при помощи его первого добровольческого отряда — погнать местных большевиков из Донбасса. 2 декабря калединские казаки вместе с алексеевцами заняли Ростов и двинулись на Донбасс, но там наткнулись на ожесточенное сопротивление. 6 декабря в Новочеркасске появился сбежавший из быховской тюрьмы Корнилов, и агенты Алексеевской организации созвали сюда генералов, прибывших из центра, пока скрывавшихся на Кубани и Кавказе. Дон бурлил. Казаки, напоровшись на отчаянность красных в Донбассе, заговорили о сепаратизме своих земель. Казакам-фронтовикам, уставшим на войне, воевать с Москвой за идеи бывших царских генералов не хотелось. Они косо поглядывали на формирующихся добровольцев. А в бывшем госпитале на Барочной под командой Алексеева уже находилось три сотни офицеров и юнкеров.