Подсистема органов экологического управления специальной компетенции имеет более сложную структуру и выполняет более разнообразные функции. Ее образуют многочисленные органы федеральной исполнительной власти и их территориальные (и межрегиональные) органы.

В соответствии с Указом Президента РФ от 9 марта 2004 г. федеральное министерство:

– является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в установленной актами Президента РФ и Правительства РФ сфере деятельности;

– самостоятельно осуществляет правовое регулирование в установленной сфере деятельности, за некоторыми исключениями;

– осуществляет координацию и контроль деятельности находящихся в его ведении федеральных служб и федеральных агентств.

Федеральная служба:

– является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в установленной сфере деятельности, а также специальные функции в области обороны, государственной безопасности, защиты и охраны Государственной границы РФ, борьбы с преступностью, общественной безопасности. Может иметь статус коллегиального органа;

– в пределах своей компетенции издает индивидуальные правовые акты.

Федеральное агентство:

– является федеральным органом исполнительней власти, осуществляющим в установленной сфере деятельности функции по оказанию государственных услуг, по управлению государственным имуществом и правоприменительные функции, за исключением по контролю и надзору. Федеральное агентство может иметь статус коллегиального органа;

– в пределах своей компетенции издает индивидуальные правовые акты;

– ведет реестры, регистры и кадастры.

Данная подсистема включает в себя также межведомственные, правительственные и ведомственные комиссии.

Головным в системе органов управления в сфере охраны окружающей среды продолжает оставаться Министерство природных ресурсов РФ, которое в соответствии с постановлением Правительства РФ от 6 апреля 2004 г. № 160 является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере природопользования, охраны окружающей среды и обеспечения экологической безопасности, включая:

– управление государственным фондом недр и лесным хозяйством;

– использование и охрану водного фонда;

– использование, охрану, защиту лесного фонда и воспроизводство лесов;

– эксплуатацию и обеспечение безопасности водохранилищ и водохозяйственных систем комплексного назначения, защитных и других гидротехнических сооружений.

Министерство природных ресурсов РФ на основании и во исполнение Конституции РФ, федеральных конституционных законов, федеральных законов, актов Президента РФ и Правительства РФ самостоятельно осуществляет правовое регулирование, а также разрабатывает и представляет в Правительство РФ проекты федеральных конституционных законов, федеральных законов и актов Президента РФ и Правительства РФ по следующим вопросам:

– геологическое изучение, рациональное использование и охрана недр;

– использование, охрана, защита лесного фонда и воспроизводство лесов;

– использование и охрана водных объектов;

– эксплуатация водохранилищ и водохозяйственных систем комплексного назначения, защитных и других гидротехнических сооружений (за исключением судоходных гидротехнических сооружений) и обеспечение их безопасности;

– охрана, использование и воспроизводство объектов животного мира и среды их обитания;

– особо охраняемые природные территории;

– охрана окружающей среды и обеспечение экологической безопасности;

– охрана атмосферного воздуха;

– обращение с отходами производства и потребления (за исключением радиоактивных);

– совершенствование экономического механизма регулирования природопользования и охраны окружающей среды.

Министерство природных ресурсов РФ осуществляет координацию и контроль деятельности находящихся в его ведении Федеральной службы по надзору в сфере экологии и природопользования, Федерального агентства водных ресурсов, Федерального агентства лесного хозяйства и Федерального агентства по недропользованию.

Министерство природных ресурсов РФ осуществляет лицензирование деятельности по обращению с опасными отходами, принимает решение о предоставлении или отказе в предоставлении лицензии (разрешения).

Министерство природных ресурсов РФ в сфере экологопользования и охраны окружающей среды не вправе осуществлять функции по контролю и надзору, правоприменительные функции, а также функции по управлению государственным имуществом, кроме случаев, установленных указами Президента РФ.

Министерство природных ресурсов РФ осуществляет возложенные на него полномочия либо непосредственно, либо через свои территориальные органы. Свою деятельность оно осуществляет во взаимодействии с другими органами федеральной исполнительной власти, исполнительной власти субъектов РФ, местного самоуправления и с общественными организациями.

В соответствии с постановлениями Правительства РФ от 6 апреля № 161 и от 22 июля № 370 Федеральная служба по надзору сфере природопользования является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим государственный контроль и надзор в сфере природопользования, уполномоченным государственным органом в области экологической экспертизы в установленной сфере деятельности.

Федеральная служба по надзору в сфере природопользования находится в ведении Министерства природных ресурсов РФ. Она осуществляет свою деятельность непосредственно и через свои территориальные органы во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов РФ и органами местного самоуправления.

Основными функциями Федеральной службы по надзору в сфере природопользования являются:

1) государственный контроль за геологическим изучением, рациональным использованием и охраной недр;

2) государственный контроль за использованием, охраной, защитной лесного фонда и воспроизводством лесов;

3) государственный контроль за использованием и охраной водных объектов;

4) государственный контроль за безопасностью гидротехнических сооружений (соблюдением норм и правил безопасности), кроме гидротехнических сооружений промышленности, энергетики и судоходных гидротехнических сооружений;

5) государственный контроль в области охраны, использования и воспроизводства объектов животного мира и среды их обитания в пределах своей компетенции;

6) государственный земельный контроль в пределах своей компетенции в отношении земель водного фонда, лесного фонда, земель лесов, не входящих в лесной фонд и особо охраняемых природных территорий;

7) надзор за соблюдением законодательства РФ в отношении объектов животного мира, отнесенных к объектам охоты, и водных биологических ресурсов в особо охраняемых природных территориях в пределах своей компетенции;

8) надзор за соблюдением законодательства РФ и международных норм и стандартов в отношении объектов морской среды и природных ресурсов внутренних морских вод, территориального моря и в исключительной экономической зоне;

9) государственный контроль в области организации и функционирования особо охраняемых природных территорий федерального значения в пределах своей компетенции;

10) организация и проведение государственной экологической экспертизы;

11) выдача и аннулирование разрешений и лицензий в соответствии с компетенцией Службы, в частности: