Другим очень важным колониальным морским портом, несмотря на ряд его недостатков, одним из которых была незащищенность бухтой, являлся город Акахутла. Судовая верфь, построенная там в начале 1530-х годов, вскоре начала сдавать свои позиции в пользу верфи Реалейи. Затем порт Акахутла сделался загрузочным пунктом торговых судов, курсировавших между Мексикой и Перу и перевозивших какао (шоколад), который в изобилии рос в окрестностях города. Это был главный тихоокеанский порт всей провинции Гватемала, включая территорию, которая в наши дни носит название Эль-Сальвадор. Вблизи Акахутлы находился испанский город под названием Ла-Сантисима-Тринидад-де-Сонсонат, а в некотором отдалении от него - города Санта-Ана и Сан-Сальвадор. Помимо основного вида деятельности - сбора бобов какао, - довольно большая часть населения занималась натуральным сельским хозяйством и животноводством. Согласно документу, датированному 1562 годом, ежегодно из Акахутлы в Мехико перевозилось 50000 каргас какао.

Побережье между Амапалой и Гуатулько было лишено защищенных мест для якорной стоянки судов, по недалеко от морских берегов находилось несколько испанских городов, среди которых были Чикимула, Хуэхуэтлан и Теуантепек.

Порт Гуатулько, или Хуатулько, который активно использовали испанцы, был первым морским портом, основанным ими на мексиканском тихоокеанском побережье. Он находился в очень удобном и защищенном заливе, который идеально подходил для судов, используемых в течение всего колониального периода, и был самой лучшей естественной гаванью на протяжении 900 миль между Амапалой и Акапулько, о чем можно найти свидетельство в "Навигационном руководстве" гидрографического общества. Карта гидрографического общества приводит старое название залива Порт-Гуатулько, хотя местные жители называют этот залив Бахиа-де-Санта-Круз. Соседний же залив, находящийся восточнее, в наши дни носит название Бахиа-Чагуей. Залив был удобным местом для якорной стоянки судов, имел пологие и гладкие берега для подхода лодок, и на его прибрежной части имелась пресная вода. Тропа, пролегающая через горные хребты в глубь материка на 125 миль, соединяла Гуатулько с Оахакой и далее сливалась с главной дорогой, ведущей в Мехико. На расстоянии 9 миль к северо-западу от порта находилась индейская деревня Санта-Мария-Хуатулько, у которой порт и позаимствовал свое название. Деревня Санта-Мария-Хуатулько в XVIII столетии была переселена на 18 миль в глубь страны, на место, где она сейчас и находится.

Порт Гуатулько, несмотря на его значительную удаленность от столицы, испанцы начали использовать гораздо раньше, чем Акапулько, потому что было намного проще несколько улучшить существующую индейскую тропу, ведущую из Оахаки в Мехико, чем прокладывать новую дорогу через труднопроходимую пересеченную местность между Куэрнавакой и Акапулько. Таким образом, Гуатулько на самом раннем этапе колонизации тихоокеанских берегов Центральной Америки стал самым крайним северным пунктом судоходства между Новой Испанией и Перу. Город также активно развивал местную торговлю с различными городами Центральной Америки. Между 1537-м и 1540 годами Гуатулько начали заселять испанские судостроители, торговые агенты, владельцы магазинов и государственные чиновники. В порту работало много индейцев-чернорабочих, а на выстроенной судовой верфи было все необходимое для постройки и переоборудования судов. К 1542 году поселение приобрело настолько важное значение, что уже имело своего коррехидора (позже алькальд-мэра). В поселении была церковь, большая таможня, склады и несколько сотен плетеных хижин.

Расцвет Гуатулько пришелся на период с 1540-го по 1575 год. Обычно ежегодно между Гуатулько и Перу курсировало три или четыре крупных судна и множество мелких судов, занятых в местной торговле с разными городами Центральной Америки. Торговля в основном заключалась в бартерном обмене товарами: одежду, домашний скот и черных рабов, которых везли из Новой Испании, обменивали на плоды какао, доставляемые из Акахутлы. Корабли, покидающие Гуатулько и направлявшиеся в Перу, везли разнообразный мексиканский товар, а возвращались с серебром и ртутью, экспортируемыми из Перу. К 1562 году через порт Гуатулько ежегодно проходил товарообмен на сумму 400 тысяч песо.

После того как приблизительно в 1574 году Акапулько стал главным портом вице-королевства в Южном море, Гуатулько стал терять былое значение. Порт Акапулько, собственно, и был основан для ведения через Тихий океан торговли со странами, где происходила конечная перегрузка товаров с одних судов на другие с последующей дальнейшей транспортировкой. Какое-то время суда, курсирующие между Перу и Центральной Америкой, продолжали заходить в порт Гуатулько, но их число неуклонно сокращалось, и к 1586 году денежные поступления в таможенную службу порта снизились до 1000 песо в год. К тому же в 1579 году Гуатулько подвергся нападению Дрейка, а в 1587-м был разграблен Кавендишем. Они увезли с собой все ценности, найденные в городе. Кавендиш же, покидая Гуатулько, поджег город, который сгорел дотла. Эти нападения стали возможны потому, что город был лишен каких бы то ни было фортификационных укреплений и защиты, если не считать небольшого количества испанцев, которые могли там находиться. Возможно, для того, чтобы лишить пиратов подобного соблазна, в 1616 году вице-король приказал разрушить порт Гуатулько, снести все постройки, а индейскому населению было приказано переселиться в глубь страны, в Санта-Марию. Возможно, именно с того времени порт Гуатулько и прекратил свое официальное существование.

Насколько нам известно, порт с тех пор оставался наброшенным, но его изредка посещали случайные рыбаки и небольшие суда, курсирующие вдоль побережья Центральной Америки, а некоторые источники, дошедшие до наших дней, сообщают, что после 1616 года Гуатулько использовался для транспортировки китайских контрабандных товаров в Перу. Несколько пиратских экспедиций в поисках убежища и с целью пополнения запасов воды наведывались в Гуатулько. Когда в 1685 году английские капитаны Сван и Тоунлей вошли в порт, он был уже покинут и они не нашли никаких следов прежнего города, кроме небольшой часовни, стоящей среди деревьев, приблизительно в 200 шагах от моря. В 1959 году на берегах залива проживало только одно семейство, занимавшееся рыбной ловлей.