Как и в Гуатулько, те немногие испанцы, проживающие в городе, среди которых были государственные чиновники и ремесленники, большую часть года проводили вне Акапулько, приезжая в порт лишь на период с ноября по апрель. Наивысшим должностным лицом был представитель короля Испании в Акапулько. Он также имел титул генерал-лейтенант побережья Южного моря и нес персональную ответственность за все части и подразделения военно-морского флота Испании на всем тихоокеанском побережье. Личный состав гарнизона, постоянно расквартированного в порту, варьировал от сорока до ста солдат с двумя или тремя офицерами. Во время же прибытия и нахождения в порту манильских судов численность гарнизона увеличивалась до двухсот или более солдат. В начале XVIII столетия в городе также действовала гражданская милиция, которую набирали из негров, мулатов и китайцев крепкого телосложения и по расовым признакам делили на группы.

Порт Зихуатенейо, также известный как Чекетан - хорошо защищенная гавань к западу от Акапулько, - совсем не использовался испанцами. И в колониальный период здесь не было никаких поселений. Это обстоятельство позволило пиратам превратить гавань в удобное место для кренгования своих судов, пополнения запасов воды и древесины, а также ожидания прибытия манильских судов. (Фаннелл в "Вояже вокруг света" говорит о поселении в Зихуатенейо, состоящем из сорока домов, но к тому времени, когда Ансон посетил это место в 1742 году, поселения там уже не было.)

Следующим, находящимся недалеко от устья реки Бальзас (или реки Мекскала), был порт Закатула. В 1522 году Кортес построил там судовую верфь, вокруг которой начало расти испанское поселение, но несколько лет спустя люди покинули его. Это место было малопригодным для якорной стоянки судов, поэтому они редко заходили в него. Между Закатулой и Колимой была расположена область Мотинес, которая обезлюдела после раннего периода добычи золота с 1523-го по 1535 год.

Порты-близнецы Сантьяго и Салагуа находятся в северной части залива, который сейчас носит название Мансанильо. Поселение, возможно основанное в Салагуа до 1527 года, вскоре было покинуто людьми, тем не менее, две просторные и хорошо защищенные гавани активно использовались испанскими исследователями и ловцами жемчуга. На берегах залива Салагуа имелся ручей с пресной водой, и там же брали свое начало дороги, ведущие к городам Гвадалахара и Колима, а в северо-западном направлении - к порту Навидад. Обе гавани зачастую служили убежищем для манильских галеонов. А к середине XVII столетия манильские суда, плывущие с востока в Акапулько, стали регулярно заходить в Салагуа, хотя позднее предпочтение стали отдавать порту Навидад. Алькальд-мэр Колимы держал там сторожевой пост, который постоянно снабжался свежими фруктами для людей, пораженных цингой и сошедших на берег после нескольких месяцев утомительного плавания. Если не считать наблюдательного поста и случайных рыбаков, заходивших в залив, берега Салагуа в течение всего колониального периода были необитаемы, но они довольно активно использовались манильскими галеонами для доставки и разгрузки контрабандных товаров, ввозимых с Востока. Современный порт Мансанильо начал развиваться лишь с середины XIX столетия. Колима была основным центром по производству какао.

Очень небольшой, но хорошо защищенный залив, известный как Пуэрто-де-ла-Навидад, находящийся на 19°14' северной широты, был открыт испанцами в 1523 году и вскоре стал важным перевалочным пунктом для экспедиций, направляющихся в сторону Калифорнии и выше. Судовая верфь, находящаяся у входа в лагуну в восточной части залива и строящая суда, принадлежащие испанской короне, была возведена здесь еще до 1550 года. Суда эскадры Андреса де Урданета, который в 1564 году совершил плавание к Филиппинским островам, были построены именно там. Одно время даже рассматривался вопрос о превращении залива Навидад в конечный пункт прибытия торговых судов, идущих с Востока, но позднее предпочтение было отдано Акапулько. Однако залив Навидад продолжали использовать исследователи и ловцы жемчуга, плывущие в сторону Калифорнии.

С 1585 года залив стал базой пополнения запасов продовольствия и питьевой воды, а также южной границей сферы деятельности серьезной монополии, специализирующейся на ловле жемчуга. Навидад был самой северной тихоокеанской гаванью в Новой Испании; далее шли берега, подпадающие под юрисдикцию аудиенции Гвадалахары. Самой важной функцией залива Навидад было предоставление прибежища манильским судам. С середины XVII до конца XVIII столетия эти суда почти всегда делали короткий привал у берегов заливов Салагуа или Навидад, которые находились непосредственно по курсу их следования к Акапулько.

Обычно суда прибывали к берегам Центральной Америки в ноябре или декабре. Алькальд-мэр Аутлана нес персональную ответственность за поддержание порядка в Навидаде, он также должен был следить за передвижениями пиратов в этом регионе и заранее уведомлять власти о прибытии манильских судов. Больным членам команд торговых экспедиций разрешалось сходить здесь на берег, а серьезно больным или инвалидам дозволялось оставаться в поселении до полного выздоровления либо следовать сухопутным путем в Мехико. Одним из офицеров или пассажиров торговых судов был так называемый королевский курьер, в чьи обязанности по прибытии входило следить за почтовыми станциями и наличием сменных лошадей для отправки из Навидада в столицу дипломатических и официальных посланий. Так же как и Салагуа, Навидад был пунктом разгрузки контрабандных товаров, ввозимых из Китая.

Еще одной якорной стоянкой судов был порт Чамела, находящийся на координате 19°32' северной широты. Порт со всех сторон был надежно защищен скалами и островами от всех неблагоприятных погодных воздействий, кроме редких в этих местах южных ветров. Это был самый южный порт в Нуэва-Галисии, в колониальный период имевший на своих берегах небольшую рыбацкую деревушку. От поселения шла тропа к старому городу Ла-Пурификасьен, находящемуся от него на удалении около 40 миль в глубь страны.