Совершенствование уголовно-исполнительного законодательства продолжается и в настоящее время. С момента принятия УИК РФ и по октябрь 2007 г. в него 28 раз вносились изменения и дополнения. Кодекс был дополнен ст. 77.1 и 77.2, в новой редакции изложены одиннадцать статей, корректировке подверглось более 100 статей, восемь статей и приложение были исключены. На значительную гуманизацию исполнения уголовных наказаний направлены новации законодательных актов, принятых в последние годы.

Системные изменения в уголовно-исполнительное законодательство и практику его применения были внесены Федеральным законом от 8 декабря 2003 г. № 161-ФЗ «О приведении Уголовно-процессуального кодекса Российской Федерации и других законодательных актов в соответствие с Федеральным законом „О внесении изменений и дополнений в Уголовный кодекс Российской Федерации“». Этим Законом были изменены 53 статьи УИК РФ, пять его статей даны в новой редакции, восемь статей и Приложение 1 исключены.

Общей направленностью Закона на дальнейшую гуманизацию и демократизацию процесса исполнения уголовных наказаний пронизано большинство изменений норм Общей части УИК РФ. В первую очередь это касается расширения прав осужденных. Так, второе предложение ч. 2 ст. 12, в котором содержится запрет на жестокое или унижающее человеческое достоинство обращение с осужденными, дополнено словами «или взысканию». Подобная редакция не только в большей мере соответствует формулировке ст. 7 Международного пакта о гражданских и политических правах, но и гарантирует, что теперь и дисциплинарные взыскания, налагаемые на осужденных, могут применяться только в строгом соответствии с Законом. Статья 12 УИК РФ также дополнена ч. 6.1, закрепляющей право осужденных на психологическую помощь, оказываемую сотрудниками психологической службы исправительного учреждения и иными лицами, имеющими право на оказание такой помощи. Тем самым на законодательном уровне урегулировано фактическое положение, которое сложилось в местах лишения свободы после создания полноценной психологической службы УИС. При этом предписание закона о том, что участие осужденных в мероприятиях, связанных с оказанием психологической помощи, осуществляется только с их согласия, является важным условием соблюдения этого субъективного права в отношении конкретного осужденного.

Некоторые изменения внесены в ст. 14 УИК РФ, обеспечивающую свободу совести и вероисповедания осужденных. Так, в связи с распространением экстремизма в России, в том числе и религиозной направленности, предлагается ограничить доступ представителей подобных организаций в исправительные учреждения и арестные дома, для чего первое предложение ч. 4 дополнено словами: «принадлежащие к зарегистрированным в установленном порядке религиозным объединениям, по выбору осужденных». Упростить порядок реализации права на свободу совести и вероисповедания для осужденных, содержащихся в одиночных камерах, штрафных и дисциплинарных изоляторах, помещениях камерного типа исправительных учреждений, призвано исключение из ч. 5 рассматриваемой статьи и дополнение ст. 118 УИК РФ ч. 2.1, которая предусматривает посещение этих осужденных по их просьбе священнослужителями, принадлежащими к зарегистрированным в установленном порядке религиозным объединениям, по выбору осужденных.

Признание осужденных субъектом права позволяет им не только иметь субъективные права и юридические обязанности, но и способность независимо их осуществлять, в том числе путем подачи предложений, заявлений, ходатайств и жалоб по всем интересующим их проблемам в любые инстанции. Поэтому законодатель изъял из ч. 1 ст. 15 УИК РФ положения, предусматривающие возможность обращений осужденных только по вопросам, связанным с нарушением их прав и законных интересов.

Важные изменения внесены в нормы, регламентирующие порядок осуществления контроля за деятельностью учреждений и органов, исполняющих уголовные наказания. В частности, на суды возлагается обязанность рассматривать жалобы осужденных и иных лиц на действия администрации учреждений и органов, исполняющих наказания, не только в специальных случаях, предусмотренных законом, а по общим правилам в соответствии с законодательством РФ. Такой порядок предусмотрен гл. 25 ГПК РФ, регламентирующей производство по делам об оспаривании решений, действий (бездействия) органов государственной власти, органов местного самоуправления, должностных лиц, государственных и муниципальных служащих.

В последние годы в связи со становлением правового государства и гражданского общества происходит расширение круга субъектов контрольной деятельности в сфере исполнения уголовных наказаний. Это требует отчетливого и своевременного закрепления их контрольного статуса в уголовно-исполнительном законодательстве. Правом беспрепятственного посещения учреждений и органов, исполняющих наказания, и, соответственно, контроля закон наделил Уполномоченного по правам человека в Российской Федерации и Уполномоченных по правам человека в субъектах РФ, а также членов общественных наблюдательных комиссий, для чего внесены соответствующие изменения в ст. 24 УИК РФ.

С учетом Постановления Конституционного Суда РФ от 26 ноября 2002 г. № 16-П «По делу о проверке конституционности положений статей 77.1, 77.2, частей первой и десятой статьи 175 Уголовно-исполнительного кодекса Российской Федерации и статьи 363 Уголовно-процессуального кодекса РСФСР в связи с жалобой гражданина А. А. Кизимова» изменен порядок представления осужденного к условно-досрочному освобождению, установленный ст. 175 УИК РФ. Правом ходатайствовать перед судом об условно-досрочном освобождении наделяются непосредственно осужденный, отбывший установленный УК РФ минимальный срок, а также его адвокат (законный представитель).

Ряд норм Федерального закона направлен на совершенствование механизма реализации отдельных прав и законных интересов осужденных. Так, теперь даже в обстановке режима особых условий в исправительных учреждениях не может ограничиваться деятельность медико-санитарных служб, тем самым осужденным гарантируется право на оказание медицинской помощи (ч. 2 ст. 85 УИК РФ). В ч. 4 ст. 89 УИК РФ конкретизирован порядок осуществления осужденными к лишению свободы права на получение юридической помощи. Для этого предусматривается предоставление свиданий с адвокатами или иными лицами, имеющими право на оказание юридической помощи, без ограничения их числа продолжительностью до четырех часов. По заявлению осужденного свидания с адвокатом предоставляются наедине, вне пределов слышимости третьих лиц и без применения технических средств прослушивания.

В ч. 2 ст. 91 УИК РФ внесены изменения, предоставляющие осужденному возможность бесцензурной переписки не только с судом, прокуратурой, вышестоящим органом УИС и Уполномоченным по правам человека в РФ, но и с уполномоченным по правам человека в субъекте РФ, общественной наблюдательной комиссией, Европейским судом по правам человека.

Закон предоставляет всем осужденным к лишению свободы более широкую возможность использования телефонной связи для общения с близкими (ст. 92 УИК РФ), устанавливает минимальные стандарты обеспечения осужденных индивидуальными средствами гигиены (ст. 99 УИК РФ), обеспечивает выдачу осужденному при освобождении паспорта (ст. 173 УИК РФ). Теперь в срок нахождения осужденных в обычных условиях (в строгих условиях) исправительных учреждений засчитывается время содержания осужденного под стражей в следственном изоляторе, если к нему применялась соответствующая мера пресечения и не применялось дисциплинарное взыскание в виде водворения в карцер (ст. 122, 124, 127, 130, 132 УИК РФ).

В Законе расширены права и заметно гуманизированы условия отбывания лишения свободы для отдельных категорий осужденных, в частности в отношении осужденных женщин (ч. 1 ст. 98, ч. 4ст. 100, ч. 7 ст. 117, ч. 3 ст. 121 УИК РФ), а также несовершеннолетних осужденных (ч. 9 ст. 74, ч. 3 ст. 141 УИК РФ).