При переходе в неолитическую эпоху с освоением земледелия и скотоводства человек активно включил в круг своих хозяйственных интересов и собаку, что сразу же отразилось на ее внешнем виде и положило начало породообразованию. В отличие от природных популяций, где относительное однообразие поддерживается механизмом стабилизирующего отбора, отсеивающего, устраняющего генетические и, соответственно, фенотипические отклонения, в популяциях собак включился новый механизм, названный Д.К. Беляевым, дестабилизирующим отбором, снимающим ограничения на формообразовательный процесс. Понятно, что человек при отборе собачьего потомства руководствовался его практической полезностью, и под его опекой сохранялось то, что в дикой природе элиминировалось. Причиной же формообразовательного процесса является и накопленный груз мутаций, доставшийся от дикого предка, и новообразующиеся мутации. У дикого вида накопившиеся мутации могли быть лишь рецессивными и существовать в гетерозиготном состоянии. Естественно, что доминантные мутации, скажем, бесшерстность, в природе были обречены на летальный исход. В популяциях домашних собак весьма высок коэффициент инбридинга, да и человек для получения полезных результатов сознательно применял близкородственное скрещивание. В этих условиях накопленный груз рецессивных мутаций предка выщепляется в гомозиготном состоянии и проявляется фенотипически. Проводимый человеком отбор, закрепляя новые мутации и активизируя те, что накоплены предковым видом, создает такое сочетание генов в геноме, которое ведет к его дестабилизации и к изменению самого проявления и выражения мутаций, результатом чего является вспышка формообразования.

Уже для неолита на территории Европы выделено семь ископаемых форм домашней собаки.

1 — Canis familiaris inostranzem Anuczin . Собака Иностранцева. Найдена проф. А. А. Иностранцевым на стоянке древнего человека в районе Ладожского озера при прокладке обводного канала и описана зоологом Д. Н. Анучиным. Крупное животное, похожее на волка, с более короткой мордой и сильными челюстями. Находка датируется 3-4 тысячью лет до н. э.

2 — Canis familiaris putiatini Studer . Найдена в окрестностях Бологое. Возраст собаки Путятина около 6 тысяч лет. Череп по строению близок к черепу динго.

3 — Canis familiaris leineri Studer . Лейнерова собака описана Штудером из раннего неолита в окрестностях Бодмана.

4 — Canis familiaris palustris Rutimeyer . Нашел и описал Руйтимер в свайных постройках швейцарских озер. Он назвал ее торфяниковой (торфяной) собакой. Короткая узкая лицевая часть похожа на таковую у шпица, поэтому данную форму иногда называют торфяниковым шпицем. Останки такой собаки найдены в свайных постройках Мюнхена, пещерах Бельгии, на побережье Ладожского озера и в других местах. Возраст около 4 тысяч лет.

5 — Canis familiaris matris optima Seittels . Бронзовая собака, возраст около 3 тысяч лет. Обнаружена в Чехии, России. Крупная собака с клиновидным черепом, длинной узкой мордой, с хорошо выраженным гребнем затылочной кости. Возраст 4-5 тысяч лет. Предполагается, что использовалась как пастушья собака для охраны стада.

6 — Canis familiaris intermedius Woldricu . Пепельная или зольная собака, названная так в связи с тем, что ее костные останки находят в золе жертвенных костров на территории от Австрии до Амура. Латинское название переводится как промежуточная, что говорит о промежуточном положении ее черепа между черепами торфяниковым шпицем и бронзовой собаки. Форма черепа похожа на череп современных гончих собак с тупой мордой и обостренным переходом к мозговой части черепа.

7 — Canis familiaris decumanus Nehring . Кости этой собаки найдены Нерингом под Берлином. Крупная собака, череп близок к черепу собаки Иностранцева. Отдельными признаками напоминает догообразных.

Сложность проблемы породообразования, да и классификации пород, определяется тем, что этот процесс обусловлен двумя группами факторов: биологическими и социальными.

1. Биологические факторы включают изменчивость, наследственность и естественный отбор. При этом, создавая породы, человек использовал заложенную в геноме псовых изменчивость по росту, свойствам шерстного покрова и его окрасу и даже по уродливым, аномальным для дикой природы мутациям типа акромик-рии (укорочение костей лицевого отдела черепа), акромегалии (удлинение костей лицевого отдела черепа и костей конечности), хондродистрофии (резкое отставание в росте костей конечностей и, как следствие, непропорционально короткие ноги), карликовости (малые размеры тела при сохранении пропорциональности). В породообразовании человек добивался закрепления в ряду поколений вполне определенных экстерьерно-конституциональных и поведенческих свойств. Селекция на желаемые свойства неизбежно сопровождалась утратой каких-то, присущих виду Canis familiaris, свойств в целом. Именно поэтому никакая дрессировка не заставит борзую сидеть на блокпосту и охранять склад, а сенбернара — ловить зайца.

2. Социальные факторы — это и различные события, и повороты истории человечества, и социальный заказ: практические и духовные потребности человека. Феномену породы нет аналогов в дикой природе, т. к. порода — это достаточная по численности группа животных, имеющая общее происхождение, обладающая специфическими экстерьерно-конституциональными и социально-экономически полезными свойствами, которые стойко передаются по наследству В силу этого в большинстве классификаций пород собак лежат как биологические принципы (происхождение, родство, т. е. генетическая связь), так и принцип пользовательных свойств. Однако последовательно выдержать оба эти принципа в классификации пород собак так, чтобы не возникало противоречий, вряд ли возможно. В частности, общепринятая в настоящее время классификация пород собак, разработанная Международной кинологической федерацией (FCI), не свободна от таких противоречий. Прекрасный пример, демонстрирующий затруднения в выяснении общности происхождения и построения системы пород, приводит А.Д. Поярков. Так, эрдельтерьер происходит от скрещивания оттерхаунда, бультерьера, других терьеров. Кроме того, вполне возможны сеттер, колли. Т. е. эрдельтерьер несет в себе кровь догообразных, гончих, легавых и, возможно, овчарок, но согласно классификации FCI эрдельтерьер относится к группе терьеров. Очень многие современные породы имеют сходную по неоднозначности родословную.