Вскоре, 15 июля, между Краем и Моро было заключено перемирие и военные действия в Германии также приостановились; за это время Моро успел дойти до реки Инн. Мир не мог быть заключен так скоро, хотя перемирие было продлено. Австрия обещала Англии не заключать отдельного мира до февраля 1801 года. Англия не признала условий перемирия в отношение военных действий за морем, так как считала французов уже своими пленниками в Египте, и, собравшись с силами, обе стороны возобновили военные действия. Против армии Моро на место отозванного Края главнокомандующим был поставлен восемнадцатилетний принц императорского дома, эрцгерцог Иоанн, которому придали военного ментора в лице фельдцейхмейстера Лауера. Ни одна военная история не представляет такого множества отзывов главных начальников, как австрийская! Лауер начал свою деятельность очень неудачно; его смелый план, но плохо выполненный, довел до сражения при Гогенлиндене, селении близ Мюнхена, где Моро нанес тяжелый удар императорским войскам: австрийцы потеряли 12 000, а баварцы 5000 человек. Войско заметно убывало, французы преследовали их, и дорога на Вену была открыта. В Италии война возобновилась, и вся линия по Минчио пропала, как в Германии линия по Инну. Командование слишком поздно вновь доверило командование эрцгерцогу Карлу; он не мог посоветовать ничего лучшего, как перемирие, и в эрцгерцогстве Штирии, 27 декабря, заключил перемирие, бывшее собственно уже мирным договором, по которому войска поставлены были на пограничной линии в таком виде, что в случае возобновления военных действий, французские войска имели выгодную позицию: большая часть наследственных земель до Инна, весь Тироль, некоторые части Штирии были отданы в их руки.

Однако военные действия не возобновились. 9 февраля 1801 года в Лотарингии, в Люневиле, бароном Кобенцелем и Иосифом Бонапартом был подписан мир между Французской республикой и императором Францем. Французы ручались и за свои подвластные республики, а император за Германскую империю. Бонапарт указал своему брату Рейн и Этч, как пограничную линию при переговорах, что для Австрии было бы, в сущности, миром при Кампо-Формио. Весь левый берег Рейна был уступлен республике, так что вся долина Рейна, от истока в Швейцарии по течению до Голландии, должна была образовать будущую границу. Вознаграждение тем наследственным князьям, владения коих находились на левом берегу, должна была предоставить Империя.

Тогда началось трудное, грустное, для нашего самолюбия до сих пор крайне мучительное и постыдное, дело. Collectivemen, совместно, как одно целое, или как бы ни передавали это слово, государство обязывалось исполнить это вознаграждение. Кто-нибудь должен же развязать кошель, когда следует уплатить по счету; конечно, знали, кому этот убыток будет менее чувствителен и кто будет менее всех сопротивляться. При массе затруднений, затрагивавших разнообразные интересы и при страшно медленном и тяжелом образе действий сейма в Регенсбурге, дело тянулось очень долго. В силу необходимости остановились на том, что решение о новом устройстве Германии, по случаю уступки левого берега Рейна, будет принято в Париже. В Петербурге тогда началась беготня и суетня заинтересованных; взвешивание убытков и возможных вознаграждений; подкупы, лесть, раздоры доведены были до омерзения и ясно показали, как глубоко пал цвет народа, благородное дворянство и князья, считавшие за счастье, когда бывшие якобинцы, ныне великие люди и великие дипломаты, снисходили до принятия от их посланников табакерки, наполненной луидорами. Для официального обсуждения вопроса, крайне перепутанного с конституцией и частными правами, была избрана имперская депутация, по восемь членов от Богемии, Бранденбурга, курфюршеств Майнцского и Саксонского, Баварии, Вюртемберга, Бадена, а также и от курфюршества Гессен-Кассельского (ноябрь 1801 г.). 25 февраля 1803 года выработанный под влиянием разных мнений и, в сущности, написанный под диктовку иностранцев, новый план был представлен на заключение имперского депутатского собрания, потом Регенсбургским сеймом принят, имперским главой в ратификационном декрете одобрен и 27 апреля там же, в Регенсбурге, утвержден.

Революция, начавшаяся в 1789 году, глубоко захватила и Германию. Старый порядок вещей был разрушен, в силу революции, совершенной князьями в свою пользу, в отношение духовных владений и их властителей. Исключая гроссмейстера немецкого ордена и Иоаннитского приорства, только один курфюрст, великий канцлер Майнцский, господин фон Дальберг, ловко и с непонятным оптимизмом примирившийся с этим тяжелым временем, удержался в своем княжеском положении и был вновь наделен всем необходимым. Остальные исчезли; они послужили материалом для вознаграждения; из имперских городов осталось только шесть; с пустыми руками ушли обездоленные имперские графы, а имперские рыцари сделались жертвами нового революционного государственного строя. Непосредственно и правами они не поплатились по заключению имперского депутатского собрания, но на деле они могли выгадать себе лишь небольшую отсрочку перед насильственными мерами того, кто был теперь здесь хозяином: за выпадением некоторых основных столбов, рухнуло и все старое здание.

Следует заметить, однако, что при секуляризациях и медиатизированиях соблюдалась умеренность и частные лица, потерпевшие при этом, не оставались без всякого покровительства. Новые территориальные владетели должны были принимать на себя точные обязательства в этом отношении. Вознаграждения княжеских домов зависели тоже от подкупов в Париже и от родственных связей с могущественными державами — так, например, баденский двор опирался на Россию — или от других причин, с которыми сообразовалась и щедрость воздаяния. Довольно позорно было то, что даже совершенно посторонние князья из габсбургской родни получали вознаграждения за счет Германского государства; так, великий герцог Тосканский получил архиепископство Зальцбург, пробство Берхтесгаден и некоторые части епископств Пассауского и Эйхштадского. В общем итоге оказалось, что самые большие и просто большие владетели ничего не потеряли; Австрия была вознаграждена тоже вполне; Пруссия, Баден, Бавария, Брауншвейг, Гессен-Дармштадт, Вюртемберг и другие получили — в большей или меньшей степени — тоже гораздо более, нежели теряли по левую сторону Рейна. Пруссия, например, потеряв 48 кв. миль со 117 000 жителей и 1,5 млн. дохода, получила в вознаграждение 230 кв. миль с 500 000 жителей и 4 млн. дохода. Франция поступала с расчетом, сея возможный раздор между Австрией и Пруссией, о бок с которыми находилась остальная, третья Германия, государства которой стремились оградить теперь свою независимость от них обеих, вдвойне ценную при новом порядке вещей, и должны были, как бы поневоле, искать французского протектората. Они добывали его, и лишь в конце XIX века последние из этих покровительствуемых Францией владетелей были вынуждены покинуть немецкую землю.

При этом положении, понятным образом, национальный характер государственного строя, служивший единственным политическим выражением национального единства Германии, терял всякое значение, что хорошо понимали в тех немногочисленных кругах, которые еще озабочивались государственной политикой. Германский сейм, понятным образом, совершенно изменился вследствие этой уступки левого берега Рейна и всяких секуляризации, вознаграждений, медиатизирования. Старые формалисты и знатоки прежнего государственного права были сбиты с толку уже тем, например, что совет курфюрстов состоял теперь из шести евангелических (Баден, Гессен-Кассель и Вюртемберг получили теперь титул курфюршества) и лишь четырех католических членов; в совете князей, вместо прежних 55 католических голосов против 43 протестантских, находились теперь 52 протестантских против 29 католических, а все города были сплошь протестантскими. И особенно глубокой патриотической скорби не замечалось: каждый был слишком поглощен своими личными интересами; но самое отсутствие сколько-нибудь сильной реакции патриотизма при столь резких переменах, когда само совершение их с иноземной помощью должно было бы оскорблять национальное чувство, указывает на то, что, в общем, эти перемены были спасительны; и это доказывается еще в большей степени их последствиями. Государственное сознание могло проявиться лишь в какой-либо из крупных германских единиц; Бавария, Вюртемберг, Баден, Гессен оставались все же «государствами», чем не могли считать себя какие-нибудь пробство Эльванген или аббатство Цвифальтен, или графство Гогенберг.