"Роман - возмущение рабочих. Обществу нанесен удар, от которого оно трещит; словом, борьба труда и капитала. В этом - все значение книги; она предсказывает будущее, выдвигает вопрос, который станет наиболее важным в XX веке".
Золя в этом романе, как ранее в "Западне", значительное место отводит картинам тяжелых условий труда и жизни рабочих. С многочисленными подробностями рассказывает он о физической деградации обитателей поселка в Монсу. Поставив в центре романа типичную шахтерскую семью Маэ, Золя с возмущением говорит о том, как долгие годы труда и лишений искалечили ее представителей: Захария - тощий, неуклюжий, с длинным лицом и реденькой бородкой, с белесыми волосами, малокровный, как и вся семья; Жанлен маленький, с тонкими руками и ногами, распухшими в суставах от золотухи; Альзира - девятилетняя чахлая девочка, маленькая горбунья; старик Бонмор превращающийся постепенно в идиота; Катрина с ее физической недоразвитостью, - все здесь изуродовано непосильным физическим трудом и постоянным полуголодным существованием. Интересы этой семьи, так же как и интересы других шахтеров, не идут дальше забот о пропитании. Кабан и покрытые угольной пылью окрестности поселка - единственные места шахтерского досуга. Стыд и стеснения исчезают, остаются только животные вожделения и животные потребности. Труд шахтера доведен до высшей степени унизительности, это труд лошади, труд животного.
В представлении Золя даже возмущение рабочих не может их возвысить до сознательного протеста против своих врагов. Это толпа, действующая в силу инстинктивного протеста, действующая слепо и стихийно. Подчеркивая "обесчеловеченность" рабочих, низведение .их буржуазным обществом до полуживотного состояния, Золя, по существу, отрицает возможность сознательного движения. Отсюда его пренебрежительное отношение к политической борьбе, ироническое изображение всех персонажей, которые желали бы привнести в это движение элемент сознания. Все массовые сцены, в которых выступают рабочие, подчинены единой цели - показать грозную, но слепую в своем возмущении силу обезумевшей толпы - "поток варварского нашествия". Золя одновременно любуется этой разбушевавшейся стихией и испытывает страх перед нею. Кто может обуздать и повести за собой эту толпу? Золя не находит таких партий и таких людей, которые были бы на это способны.
В романе представлены гедисты, поссибилисты и анархисты, но Золя одинаково равнодушен как к Плюшару, Раснеру, так и Суварину. Он отдает предпочтение Этьену, потому что этот последний пока еще не связал себя ни с одной из партийных догм.
Однако и Этьен, по мнению Золя, есть некое чужеродное тело, случайный возбудитель шахтерской массы.
Несмотря на искренность своих побуждений, Этьен честолюбив и тщеславен. В романе все время подчеркивается буржуазное перерождение Этьена.
"Он поднялся ступенью выше, он вступил в мир ненавистной буржуазии и, не давая самому себе отчета, находил какое-то удовлетворение в ее интеллигентности и достатке". Так случилось и с Раснером, бывшим шахтером, а теперь владельцем кабака, то же случилось с Плюшаром, бывшим рабочим.
Уходя из поселка, отправляясь в Париж, Этьен думает о теории Дарвина, о том, что все, по существу, сводится к борьбе сильных и слабых. Превратится или нет Этьен в Плюшара, сила, заложенная в шахтерской массе, будет жить независимо от него. Эта сила подобна семенам, почкам, завязи. Золя верит, что по причине какого-то общего закона природы она должна пробудиться к жизни сама собой, без помощи Раснера или Этьена, Плюшара или Суварина.
Восхищение и преклонение перед силой рабочего движения и одновременное толкование этой силы как некоего бессознательного, животного начала проходят через весь роман. Массовые сцены "Жерминаля" великолепны своей эпической грандиозностью, хотя в них изображена только толпа, действующая сама по себе, без вожаков и руководителей. Но как ни бессознательно движение шахтеров, оно полно пафоса борьбы, пафоса возмущения. И Золя признает за этой силой всемирно-историческую роль. "Красный призрак революции" кладет свою печать на все события и сцены романа.
Даже мир буржуа, изображенный в "Жерминале", как бы преломлен через правду труда, череп правду пролетариев. Характерна в этом отношении семья Грегуаров. Грегуары - честные и порядочные люди. Но они собственники и потому недостойны никакого сочувствия. Их правда собственников меркнет перед открытой правдой социальных низов.
Всю ответственность за беды и тяжелое существование шахтеров шахтовладельцы возлагают на таинственную "Компанию", дороги к которой теряются где-то в далеком Париже. Акционерная компания вместе с тем дает право и рабочим делать невольное обобщение, видеть своего угнетателя не в одном отдельном капиталисте, а в многоликом классе собственников. Проблема "мощного капитала", так же, как и вся проблема "имущих", преломляется в "Жерминале" через проблему труда, через правду "неимущих "и обездоленных. Соответственно с этим композиция романа исключает непосредственное изображение "Акционерной компании". Она представляется "вроде святилища бога живого и пожирающего во мраке рабочих" ("Наброски").
Изобразив в ряде романов серии различные формы "аппетитов", "вожделений", всевозможные виды эгоизма и своекорыстного интереса, грубые инстинкты собственников, в которых нет ничего такого, что бы возвышало человека над прозой буржуазного существования, Золя находит в обесчеловеченном рабочем настоящую человечность, чувства и страсти, недоступные миру ненавистных ему буржуа.
Через весь роман проходит тема трудовой солидарности как отрицание того черствого и грубого себялюбия, которое характеризует классы имущих. Золя последовательно изображает рождение этой солидарности в глубине шахт, в долгие часы совместного, сближающего труда, он рисует развитие этой солидарности в сценах собраний и сходок бастующих рабочих, в сценах спасения засыпанных землею товарищей.
В ряде эпизодов Золя показывает волнующую красоту и человечность этого чувства. После грандиозного обвала, устроенного анархистом Сувариным, весь поселок превращен в коллективного героя, решившего пожертвовать всем, но спасти тех, кто не успел вовремя выбраться из-под земли. "Они забыли про забастовку, не справлялись даже о заработной плате; можно было и совсем им не платить, они добровольно рисковали своей шкурой ради товарищей, которым угрожала смерть".