В 1868 году Золя задумывает большой цикл романов, посвященный Второй империи, и незадолго до событий франко-прусской войны печатает в газете "Век" первые главы "Карьеры Ругонов". В продолжение многих лет Золя все свои силы посвящает созданию большой социальной эпопеи - "Ругон-Маккары".
В первые годы работы над "Ругон-Маккарами" Золя по-прежнему испытывает немалые материальные лишения, так как постоянно находится в кабале у издателей. Неожиданная поддержка и помощь приходят из России. В 1872 году Золя знакомится с И. С. Тургеневым, и тот, желая материально помочь талантливому французскому романисту и вместе с тем познакомить русского читателя с его произведениями, берет на себя посредничество между автором "Ругон-Маккаров" и русскими издателями. Начиная с 1875 года Золя становится постоянным парижским корреспондентом журнала "Вестник Европы" и сотрудничает в нем в течение шести лет. Связи с русской литературой и журналистикой, несомненно, сыграли значительную роль в творческой биографии Золя. Это признавал и сам писатель: "Да будет мне позволено публично выразить всю мою благодарность великой нации, которая согласилась приютить и усыновить меня в момент, когда ни одна газета в Париже не желала дать места моим писаниям, не прощая мне моей литературной борьбы".
1877 год принес Золя долгожданную материальную независимость. В этот год вышел роман "Западня" - одно из лучших произведений писателя, в котором правдиво изображалась трагическая судьба социальных низов. Золя бросил вызов "благопристойным" буржуазным вкусам, и буржуазная пресса решила жестоко отомстить автору "Западни". Тем не менее роман расходился с небывалой быстротой и в небывалом количестве. Успех был несомненен, и Золя впервые почувствовал материальную свободу. Поселившись в Медане, расположенном неподалеку от Парижа, Золя редко куда-либо выезжает. Его труд размерен и хорошо организован. Прежде чем приступить к созданию очередного произведения, Золя подолгу изучает место действия романа, знакомится с огромным количеством документов. Он разработал целую систему предварительных планов, набросков, зарисовок. И в тиши своего кабинета Золя постоянно ощущает себя живым участником событий.
В течение двадцати пяти лет Золя работал "ад созданием социальной эпопеи "Ругон-Маккары" и завершил ее в 1893 году романом "Доктор Паскаль". Окончив свой многолетний труд, писатель приступил к созданию новой серии романов - "Три города" ("Лурд", "Рим", "Париж").
В ноябре 1897 года журналист Бернар Лазар представил Золя документы, относящиеся к делу капитана Дрейфуса, которого военный трибунал ложно обвинил в государственной измене. Золя заинтересовался этим делом и после внимательного изучения документов пришел к выводу, что Дрейфус невиновен. 13 января 1898 года в газете "Заря" появилось письмо Золя к президенту республики Феликсу Фору, известное под названием "Я обвиняю". Золя обвинял французскую военщину, французский суд в тяжелых преступлениях, а также разоблачал стоящих у власти реакционеров: "Я совершаю революционный акт, направленный к тому, чтобы приблизить торжество правды и справедливости". Выступление Золя произвело огромное впечатление на передовую общественность Франции и других стран. Мужество, честность и политическая активность Золя высоко были оценены многими выдающимися его современниками.
За свое выступление в газете "Заря" Золя был привлечен к суду, приговорен к одному году тюремного заключения и денежному штрафу. Не дожидаясь приведения приговора в исполнение, Золя покинул Францию и поселился в Лондоне. Здесь, в Лондоне, он задумывает новую серию романов "Четыре Евангелия". Первый роман этой серии, "Плодовитость", опубликован в 1899 году, после возвращения Золя в Париж; второй роман. "Труд", вышел в свет в 1901 году. В 1902 году началось печатание третьего романа - "Истина", но Золя не удалось увидеть своего произведения изданным полностью. В ночь на 29 сентября Золя скончался от угара на своей парижской квартире.
Первоначально Золя предполагал ограничить свою социальную эпопею десятью романами, однако грандиозность замысла потребовала значительного расширения программы. К 1875 году Золя говорит уже о двадцати произведениях, которые должны составить "Ругон-Маккары". Приступая к работе над своим многотомным произведением, Золя, страстный приверженец теории наследственности, главное внимание уделил биологическим мотивам, перенесению проблем физиологии в сферу художественного творчества. В плане, представленном издателю А. Лакруа (1869), уже были подробно разработаны основные персонажи произведения, на характеры которых, по мнению Золя, должны воздействовать как фатализм законов наследственности, так и окружающая их среда. Важно, что уже в этом наброске Золя ставит перед собой как бы две цели: художественную иллюстрацию физиологических и социальных законов. Хотя на протяжении всей своей работы над "Ругон-Маккарами" Золя продолжает интересоваться как физиологическим, так и социальным планом, второй план, план социальный, приобретает для него все большее и большее значение. Важную роль в появлении этой тенденции сыграли события 1870-1871 годов: падение Второй империи и Парижская Коммуна. В предисловии к роману "Карьера Ругонов" Золя с удовлетворением мог сказать: "...падение Бонапарта, которое нужно было мне как художнику и которое неизбежно должно было по моему замыслу завершить драму... дало мне жестокую и необходимую развязку". Исторические рамки "Ругон-Маккаров", таким образом, определились сами собой, и надо отдать должное мужеству Золя, который начал подводить итоги бесславному существованию Второй империи в момент, когда власть Наполеона III еще казалась достаточно прочной.
В окончательном своем варианте эпопея Золя получила следующий подзаголовок: "Естественная и социальная история одной семьи в эпоху Второй империи". В общем, этот подзаголовок соответствовал целям, которые ставил перед собой Золя на протяжении всей работы. В каждом из двадцати романов серии мы встречаемся с представителем той или иной ветви Ругон-Маккаров, но, за редким исключением, история "одной семьи" служит чисто сюжетным целям, помогая писателю связывать разрозненные части эпопеи в единое целое.