Провал работ по самолетам-снарядам грозил крупными неприятностями не только руководству НИИ-885, но и самому Челомею, если бы дело дошло до разбирательства у Сталина. Смерть Сталина сняла угрозу расправы, но работы постепенно прекратились.

В 1955 году Челомею удалось воссоздать коллектив энтузиастов крылатых ракет в организации под наименованием ОКБ-52.

Руководители ВМФ, в отличие от ВВС, проявили к самолетам-снарядам больше внимания. Челомей приложил немало усилий, чтобы вооружить подводные лодки крылатыми ракетами — так теперь стали называть самолеты-снаряды. Челомею за место для своих ракет на подводных лодках пришлось выдержать жестокую конкуренцию с именитыми конструкторами авиационной промышленности — Микояном, Ильюшиным и Бериевьм. Ракета П-5, созданная в ОКБ-52, обладала существенными преимуществами. Основным была автоматическая система раскрытия крыла. Ракета со сложенными крыльями компактно умещалась на подводной лодке в пусковом контейнере. Для запуска включались два мощных твердотопливных ускорителя. Сразу после вылета ракеты из контейнера автомат раскрывал крылья, ускорители сбрасывались и полет продолжался с помощью маршевого турбореактивного» двигателя со скоростью, превышающей скорость звука. Крылатые ракеты с автоматически раскрывающимися крыльями были изобретением, которое позволило качественно опередить американцев по вооружению подводных лодок. Подводные лодки с ракетами П-5 были приняты на вооружение в 1959 году — через три года после принятия на вооружение подводных лодок, вооруженных баллистическими ракетами Р -11ФМ Королева — Макеева. Крылатые ракеты Челомея и баллистические — Макеева имели один общий недостаток: для пуска ракеты подводная лодка должна была всплывать. В США подводные лодки, вооруженные крылатыми ракетами, появились раньше, чем у нас. Но они не выдержали конкуренции с системой баллистических ракет подводного старта «Поларис».

В начале пятидесятых годов Челомею с помощью НИИ-885 не удалось довести до реализации систему телеуправления крылатой ракетой с самолета-носителя. Примерно через 10 лет Челомей сдал на вооружение систему, в которой самолет-носитель был заменен на подводную лодку. Крылатая ракета после надводного старта осуществляла радиолокационный контакт с подводной лодкой вплоть до обнаружения целей радиолокационной головкой самонаведения ракеты. Радиолокационное изображение транслировалось на подводную лодку, где офицер-оператор производил выбор наиболее важной цели в морском соединении. После этого с подводной лодки подавалась команда на захват выбранной цели, и в дальнейшем ракета управлялась по сигналам своей системы самонаведения. Эта комбинированная система управления была создана в НИИ-49.

Безусловной заслугой Челомея бьио создание крылатых ракет подводного старта. В 1968 году на вооружение была принята система крылатых противокорабельных ракет «Аметист» с дальностью полета 80 километров. В 1969 году, используя богатый опыт и задел, ОКБ-52 разработало противокорабельные ракеты дальнего действия «Гранит», которые были сданы на вооружение в 1983 году.

Идея универсальности использовалась Челомеем не только для баллистических ракет. В 1976 году ОКБ-52, называвшееся уже ОКБ общего машиностроения, начинает работы над универсальной морской крылатой ракетой «Метеорит-М» большой дальности. В результате многих неудач при испытаниях работы были прекращены. Однако, несмотря на загрузку тематикой боевых баллистических «соток», носителями «Протон» и орбитальными станциями «Алмаз», коллектив Челомея в течение восьмидесятых годов продолжал создавать новые поколения крылатых ракет.

Среди всех «великих» главных и генеральных только Челомей работал над стратегическими крылатыми и баллистическими ракетами одновременно.

История разработок стратегического ракетного оружия насыщена своими большими и маленькими трагедиями. Соревнование с США в стремлении завоевать превосходство в ракетно-ядерном вооружении затруднялось внутренними противоречиями, борьбой технических идеологий и стратегических концепций. Инициатива разработок боевых ракетных комплексов, как правило, исходила не от военных заказчиков, а от конструкторских школ Королева, Янгеля, Челомея и, позднее, Надирадзе. Каждый выступал со своей концепцией, а стратеги Министерства обороны, разрабатывавшие различные тактико-технические требования, ориентировались то на одного, то на другого главного конструктора. Это теперь легко анализировать ошибки прошлого. «Издали виднее», — говорят историки. Тогда сделать правильный выбор было действительно очень трудно.

В последние годы правления Хрущева споры по поводу выбора системы ракетного вооружения сглаживались благодаря его постоянному вниманию и личному участию в процессе обсуждения. До октября 1964 года Хрущев так и не успел принять окончательное решение по выбору оптимального варианта межконтинентального ракетного комплекса.

Главными конструкторами, предлагавшими каждый свою перспективную систему ракетно-ядерного щита, выступали Янгель и Челомей. Королева Хрущев все же рассматривал как основную «космическую» силу, которая позволяла без «горячей войны» одерживать одну политическую победу за другой. Сравнительно небольшое число королевских космических ракет демонстрировало миру потенциальное ракетное могущество СССР, преимущество социалистической системы и давало возможность с высокой трибуны заявлять, что «мы можем выпускать ракеты, как колбасу».

Под этим, конечно, понималось производство многих сотен ракет, устанавливаемых в надежно защищенных шахтах. Расходы на такую «колбасу» во много раз будут превосходить затраты на космические проекты. Это Хрущев понимал и стремился сделать выбор, дававший еще и экономический выигрыш.

Выбирать между Янгелем и Челомеем ему было трудно. Министр обороны Малиновский не мог быть в этом деле надежным советчиком. Устинов, затративший массу энергии на становление Днепропетровского завода и создание ОКБ-586, конечно, поддерживал Янгеля. Назначенный в марте 1963 года вместо Устинова председателем ВПК Смирнов, бывший директор Днепропетровского завода, тоже был на стороне Янгеля. Для других министров — председателей госкомитетов — Челомей был фигурой в известной мере новой. Считалось, что Хрущев будет поддерживать предложения Челомея, потому что Сергей, сын Хрущева, работал в ОКБ-52 в Реутове, руководил разработкой систем управления. Слухи о влиянии Сергея на отца, по-моему, были сильно преувеличены. Ходило много разговоров о том, что родственные связи помогли в тех организационных успехах, которых добился Челомей. Прежде всего имелись в виду преобразования ОКБ-52 — передача ему бывшей организации В.М. Мясищева ОКБ-23 и перестройка завода имени М.В. Хруничева (ЗИХ) на ракетное производство. На самом деле крупнейший в авиационной промышленности конструкторско-производственный комплекс в Филях был не филиалом, а тем пальто, которое пришили к одинокой пуговице в Реутово.

В этот период разгрома авиационной тематики и появился анекдот с грифом «секретно»:

— Вы слышали, закрыли Большой театр?

— Что случилось?

— Теперь там будет красный уголок для ОКБ Челомея.

Ракетная элита была уверена, что после свержения Хрущева и назначения Устинова секретарем ЦК КПСС по оборонным вопросам звезда Челомея закатится. Но оказалось, что в аппарате ЦК, Совмина и Министерства обороны позиции Челомея достаточно сильны. Новый министр обороны Андрей Гречко однозначно высказался за принятие челомеевской «сотки» в качестве основного средства вооружения ракетных войск.

При возврате к системе министерств в 1965 году ОКБ Челомея вместе с филиалом в Филях и ЗИХом из авиационной промышленности были переданы в Минобщемаш — новое ракетно-космическое министерство. Теперь уже новый министр Афанасьев обязан был заботиться о генеральном конструкторе Челомее и вверенной ему тематике не меньше, чем о Королеве и Янгеле. Горячие споры из межведомственных стали внутриведомственными.

Решающим фактором в соревновании со школами Королева и Янгеля, способствовавшим быстрому продвижению работ Челомея, был высокий интеллектуальный потенциал, конструкторская и производственная культура авиационного коллектива в Филях. Это сказалось на технологии крупносерийного производства боевой межконтинентальной ракеты УР-100.