Пробыв несколько дней в Риме, Цезарь отправился в Грецию, против Помпея, который господствовал над всей восточной частью государства. Все военные преимущества были на стороне Помпея, и Цезарь считал необходимым прежде всего овладеть Диррахиумом в Македонии — ключом всего военного положения. Здесь Цезарь был окружен армией Помпея со стороны суши и отрезан от моря, которое находилось во власти неприятеля. Войско Помпея было гораздо многочисленней, чем войско Цезаря. Тем не менее Цезарь сумел воспользоваться первой ошибкой Помпея и одержал над ним при Фарсале блестящую победу, после которой большая часть армии Помпея перешла на сторону Цезаря.

Помпей бежал через Темпейскую долину к берегу, сел на первый попавшийся корабль и отплыл в Египет, который, хотя не был римской провинцией, но находился под римским влиянием. В это время в Египте происходила междоусобная война. Молодой Птоломей изгнал свою сестру Клеопатру, которая, согласно желанию их отца, должна была разделять престол с братом. Птоломей и Клеопатра, каждый со своей армией, находились близ Пелузия, у устьев Нила.

Прибыв в Пелузий, Помпей послал просить покровительства у юного царя и, получив от него приглашение высадиться на берег, сел в присланную за ним небольшую лодку. Но, как только Помпей вступил на берег, он был убит изменническим образом воином Птоломея и одним из своих старых воинов. Трудно решить, чем было вызвано это убийство — желанием ли угодить Цезарю или боязнью Птоломея принять такого опасного врага, который может завладеть его страною.

О характере Помпея мы знаем весьма мало, но, судя по древним известиям, он отличался честностью и справедливостью, несмотря на испорченность нравов своего времени. В римском обществе он не блистал талантами, тем более, что получил исключительно военное воспитание. В ведении войны он был осторожен и, имея в своем распоряжении время и большие силы, мог достигать больших результатов, как видно из его побед над пиратами и Митридатом. Но ему не хватало не только быстроты и изобретательности на поле боя, но и умения одушевлять людей верою в свой гений и свою судьбу, — уменья, которым в высокой степени обладал Цезарь; приверженцы Помпея всегда старались извлекать от него себе выгоду, между тем как друзья Цезаря повиновались ему с энтузиазмом. Люди чувствовали, что Помпей сам не знает, куда ведет их; Цезарь же заставлял их чувствовать себя в когтях могущественной воли. Помпей недостаточно хорошо знал людей и политику, чтобы выполнить дело, которое было в то время необходимо; в нем не было того материала, из которого создаются великие властители, хотя он три года перед началом междоусобной войны и играл роль повелителя государства, и хотя счастливый соперник с почтением относился к его памяти. Не в силах было понять потребности государственной жизни и создать систему управления, которая разрешила бы существенные проблемы управления.

Победитель поспешно последовал за побежденным в Египет, где узнал о смерти Помпея и с ужасом увидел отрубленную его голову.

У Цезаря было только небольшое войско в 3 ООО человек, но он послал за остальной армией и занялся египетскими делами в Александрии. В Александрии он пробыл девять месяцев, хотя сначала не думал там долго оставаться. Хотя некоторые историки и относят близкие отношения Цезаря и Клеопатры к позднейшим вымыслам, но едва ли можно с этим согласиться, принимая во внимание его промедление, известную красоту и ловкость очаровательной Клеопатры и рождение у нее сына Цезариона. Воздух, древность, река Египта имеют огромное обаяние для чужеземца, а когда ко всему этому присоединяются чары женщины, какой Цезарь не встречал, может быть, никогда в жизни, то мы можем допустить, что он подпал искушению, и можем поверить известному роману. В более позднее время рассказывали, что Цезарь с Клеопатрой совершили путешествие далеко вверх по Нилу и, может быть, есть доля правды в том, что победитель при Фарсале стремился открыть истоки Нила и, благодаря своей деятельной натуре, даже принял к этому меры.

Прибыв в Александрию, Цезарь стал действовать в пользу Клеопатры; овладев Египтом в марте 47 г., победитель Птоломея, утонувшего в Ниле после битвы, посадил на престол Клеопатру, у которой пробыл еще три месяца, а затем отправился в Азию заканчивать свое дело — покорение Востока.

Он поспешил в Понт, где Фарнак, сын великого Митридата, воспользовался смутным временем, чтобы восстановить независимость царства Понтийского, присоединенного Помпеем к римскому государству. Цезарь приказал Фарнаку очистить римскую территорию, а когда Фарнак вздумал затеять с ним дипломатическую игру, то вступил с ним в сражение при Зеле, где армия Фарнака была разбита наголову. Цезарь был чрезвычайно доволен быстрым успехом своего похода и после победы над Фарнаком написал своему другу знаменитые три слова: «Пришел, увидел, победил».

Из Малой Азии Цезарь вернулся на короткое время в Рим, где уже без колебаний действовал как неограниченный монарх, так как во время своего пребывания в Египте был назначен диктатором, по-видимому, без всякого срока; затем он вынужден был вести войну еще несколько лет с приверженцами Помпея в Африке, где они успели достигнуть известной организации благодаря промедлению Цезаря в Александрии, и где сторону их принял Юба, царь Мавритании. При Тамсе произошла кровопролитная битва, после которой враги Цезаря и в том числе Катон младший, последний и благороднейший защитник сената, бежали в паническом страхе в Утику, где, отчаявшись в возможности сопротивления Цезарю, он лишил себя жизни. Катон имел мало влияния на государственные дела, не обладал талантом руководителя, и все его достоинства, которые могли бы быть неоцененны в его испорченный век, не имели никакого значения из-за того, что он не обладал здравым смыслом, который заставил бы его сделать некоторые уступки. Катон считал Цезаря смертельным врагом государства, но он смешивал государство с конституцией, и готов был скорее умереть, чем отказаться от этого заблуждения.

Цезарь покинул Африку в июне 46 г., захватив с собой огромные суммы, вырученные от продажи имущества царя Юбы и от конфискаций в городах, оказывающих ему сопротивление. Цезарь начинал уже чувствовать трудности управления и тяготы победы. Легионы, покорившие ему мир, должны были получить обещанную плату, римским гражданам надо было дать почувствовать свое величие. Пышное триумфальное шествие, каким Цезарь вступил в город по священной дороге, долго оставалось в памяти народа, и много ходило о нем правдивых и ложных рассказов. Одно, впрочем, несомненно, что триумф праздновался не над римскими гражданами, но над галлами, египтянами, Фарнаком и Юбой. За колесницей победителя не следовал ни один пленный римлянин, но великолепие шествия, расходы на него, общая лесть, начинающая уже из Цезаря делать царя и полубога, все доказывало, что граждане Рима, в сущности, были пленниками, и что их повелитель знал, как с ними обращаться.

После триумфа, провозглашенный пожизненным диктатором, осыпанный всевозможными почестями, Цезарь на долгое время остался в Риме, где занялся устройством государственных дел. Ему, впрочем, пришлось отлучиться в Испанию, чтобы покончить там с партией Помпея, но это было его последней войной; в ней погибли последние сильные враги Цезаря, в том числе и сын Помпея, в отчаянном сражении при Мунде.