Относясь серьезно к обязанностям представителя городского населения, С. П. Боткин не сразу решился принять на себя звание гласного и в ответ на предложение поставить свое имя в список кандидатов в гласные городской думы выразил опасение, что прямые его занятия будут мешать ему исполнять новые обязанности. Вот что писал он бывшему председателю комиссии общественного здравия В. И. Лихачеву 21 марта 1881 года: «Долго колебался я, прежде чем решился дать согласие и не отказываться от выбора в гласные. Взять на себя еще новую обязанность при той массе занятий, которые у меня на руках, – право, нелегко, тем более что не чувствуешь в себе достаточно сил, чтобы добросовестно выполнить еще новое дело. С другой же стороны, совестно и уклониться от должности, в которой, может быть, принесешь какую-нибудь пользу». При этом Боткин счел необходимым выразить надежду, что к нему отнесутся снисходительно и дадут возможность принимать участие в общественных делах только в тех случаях, когда его содействие действительно может быть полезно.

«В 1881 году С. П. Боткин был избран в первый раз в гласные думы и затем членом и заместителем председателя комиссии общественного здравия. Вступив в состав городского управления, С. П. Боткин уже не мог не принимать горячего участия в окончательном устройстве и обзаведении городской барачной больницы и по постановлению думы 15 января 1882 года сделался ее попечителем по врачебной части. Барачная больница с того времени сделалась любимым детищем С. П. Боткина, в нее он вложил свою душу; при своих посещениях больницы, нередко лично осматривая и исследуя тяжелых больных, Сергей Петрович, одно появление которого успокаивало и ободряло страждущих, собственным примером учил, как должен относиться врач к больному человеку, для того чтобы приобрести его доверие и облегчить его страдания. Для барачной больницы Сергей Петрович не жалел ни своего дорогого времени, ни своего драгоценного труда и даже разъездные деньги, полагавшиеся ему от города как попечителю, затрачивал целиком на улучшение тех сторон научной обстановки больницы, которые для людей, не посвященных в науку, могли казаться излишней роскошью: таковы, например, лаборатория и кабинеты, не раз впоследствии доказавшие свою несомненную пользу при исследовании различных заразных начал, при исследованиях воды и прочего. Клинические методы исследования и лечение больного сделались возможными и удобоприменимыми на практике даже в городской больнице, – результаты лечения стали получаться совсем иные. Барачная больница практически решала ту задачу, которую теоретически разрешила и наметила городская комиссия общественного здравия в своем докладе о передаче больниц городу».

Далее г-н Лихачев рассказывает, как избранный в 1886 году почетным попечителем всех городских больниц и богаделен, Боткин не замедлил осмотреть больницы и, определив все, что в постановке их было неудовлетворительного, указал на многое, что необходимо было немедленно улучшить и реорганизовать, и вследствие этих указаний «в руках городского общественного управления принятые больницы в весьма короткое время заметно улучшились и результаты лечения стали получаться более успешные, хотя и при попечительном совете в среднем выводе затраты на каждого пользованного больного мало чем разнились от теперешних. Достижению такого состояния больниц и притом в короткое время весьма много содействовало участие С. П. Боткина в городском общественном управлении. Все городские деятели в его присутствии чувствовали уверенность, что больнично-санитарное дело ведется в должном направлении, и этой уверенности не могли поколебать никакие, откуда бы они ни исходили, нападки на это дело.

Санитарное дело уже по своему существу не могло быть чуждым С. П. Боткину как современному клиницисту, и он всегда охотно принимал участие в обсуждении санитарных вопросов, соприкасавшихся с врачебной помощью заболевшим. Когда в конце 1881 года врачебная община, наблюдавшая за школьно-санитарным надзором в городских училищах, решительно отказалась продолжать вести дело в 1882 году за сумму, ассигнованную на этот предмет думою, то городская училищная комиссия вынуждена была немедленно организовать свой особый школьно-санитарный надзор. Приглашены были для того пятеро женщин-врачей, так как средства были слишком скудны, и из врачей-мужчин желающих взяться за это дело не находилось. На медикаменты было ассигновано думою всего 500 рублей– сумма крайне ничтожная; на каждую школу причиталось всего по несколько рублей. В это время уже разгоралась эпидемия скарлатины и дифтерита, в особенности среди детского населения Петербурга. Необходимо было снабдить школьных врачей аппаратами для исследования горла и для применения лекарственных веществ, снабдив их в то же время ручными небольшими аптеками. Каталог медикаментов мог быть составлен только самый ограниченный, способный вызвать улыбку у врачей-практиков, привыкших выписывать лекарства сразу на несколько рублей для одного больного. Обсуждать подобный каталог медикаментов С. П. Боткин не только не отказывался, но даже принял самое живое участие в прениях, терпеливо выслушивал возражения, как бы они ни были неосновательны, только изредка делал меткие указания, в чем должно заключаться истинное призвание врачей, в особенности школьных. И после того, приняв на себя звание председателя субкомиссии по школьно-санитарному надзору, он охотно посещал ее заседания, и, несомненно, ему обязано это благое дело постановкою на правильных, разумных основаниях».

Далее в своем докладе г-н Лихачев рассказывает о борьбе с эпидемиями дифтерита и скарлатины, вспыхнувшими в Петербурге весной 1882 года; со стороны думы потребовалась широкая организация врачебной помощи низшим слоям населения, и комиссия общественного здравия выработала план такой помощи, установив повизитную плату врачам за посещение больного на дому в 30 копеек, а в ночное время – в 60. Размер такой малой повизитной платы противоречил корпоративному духу и традициям врачей-практиков и, конечно, не находил в них сочувствия. Тем не менее, Боткин согласился с основательностью доводов комиссии и присоединил свой голос в пользу проекта, подвергаясь за это несправедливым нареканиям. Ради блага нуждающегося населения он решился навлечь на себя временное неудовольствие врачей-практиков, надеясь, что думские врачи оправдают возложенные на них ожидания, что и подтвердилось на деле в весьма скором времени. Борьба с эпидемией дифтерита и скарлатины при совместных усилиях столичной администрации и городского общественного управления, при содействии практикующих в Петербурге врачей увенчалась полным успехом, а благодаря рациональному распределению врачебных сил и средств под руководством С. П. Боткина потребовала со стороны города небольшой денежной затраты.

«Во все время своего почти девятилетнего пребывания в составе городского общественного управления С. П. Боткин не переставал принимать самое горячее участие во всех вопросах, касающихся оздоровления столицы путем санитарных мероприятий и улучшения больничного дела, вникал в подробности вырабатывавшихся проектов новых больниц, следил за более целесообразным распределением больных, в особенности хроников, по лечебным заведениям, советуя при первой к тому возможности выделить хроников и неизлечимых в особую больницу, для чего он признавал наиболее подходящим главный корпус Петропавловской больницы».

Таким образом, из приведенных выдержек мы видим, что это осложнение деятельности Боткина обязанностями гласного только подтвердило, какой неистощимый запас умственной рабочей энергии хранился в нем, и, несмотря на то, что вскоре физическое здоровье его начало расстраиваться, он не только не уменьшал своего труда, а, скорее, увеличивал разнообразие его, так как количественно это сделать было вряд ли возможно за невозможностью расширить рамки трудового дня… Будучи занят как клиницист, как лучший столичный врач, как лейб-медик, как городской гласный в области вопросов его специальности, он в то же время беспрестанно участвовал в разных комиссиях, вел медицинскую газету и проч., – и везде, во всяком деле продолжал проявлять то же не слабеющее увлечение, ту же безукоризненную добросовестность, тот же свежий организаторский талант, какие поражали в нем при начале его поприща. Как видим из доклада г-на Лихачева, все эти качества ярко выразились и в его думских больничных занятиях. Городские больницы тотчас же стали близким, родным предметом его забот, особенно когда вскоре во главе их в звании старших врачей выступили Соколов, Алышевский, Нечаев, Сиротинин, Васильев и другие бывшие ученики, глубоко преданные ему и его школе, совершенно солидарные с ним во взглядах на больничное дело и знавшие истинную цену его мудрых советов и замечаний; они и теперь при всяком экстренном затруднении, медицинском или административном, шли к нему и всегда встречали в нем неизменную готовность помочь и словом и делом. Самою же любимою его из этих больниц сделалась барачная, так как он больше всего участвовал в ее устройстве и в ней, как в самой новой, осуществлялся ближе всего его идеал больницы: в ней находились все нужные приспособления для исследования, сам врачебный персонал был знакомее, потому что вербовался из молодых и недавних его учеников, в любви к делу которых он не сомневался, так что на этой больнице лежала свежая, не тронутая временем и рутиной печать его клиники и школы. Сюда он приезжал аккуратно раз в неделю не для беглого обхода, а оставался от трех до четырех часов, входя во все подробности, особенно врачебные, до того, что, как в клинике, знал всех интересных больных, следил за ходом их болезни и участвовал своими советами в лечении. И посещения как клиники, так и этой больницы он делал не во исполнение только своего формального долга, а по чувству привязанности и живого интереса к хорошо организованному больничному делу, – вот почему не раз при отъезде из барачной больницы он говаривал, что эти продолжительные посещения нисколько не утомляют его, а напротив, доставляют ему величайшее наслаждение.